Difference between revisions of "2019 caravan session3"
From Japanese society for quantitative biology
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*中川 真一（北大・薬学） | *中川 真一（北大・薬学） | ||
| − | * | + | *要旨：ヒトやマウスなどの高等真核生物のゲノムからはタンパク質をコードしないノンコーディングRNAが大量に転写されており、その大半が長さが200塩基以上の、いわゆる長鎖ノンコーディングRNAによって占められている。長鎖ノンコーディングRNAの機能解析は、RNAサイレンシングに関わる「小さなRNA」に比べると大きく出遅れていたが、近年の解析によって、エピゲノム制御に関わるもの、構造体の骨格として働くもの、分子スポンジとして働くもの、転写産物そのものには機能がなくその領域が転写されることが重要なもの、といったグループに分けられることが明らかとなりつつある。とはいえ、個体レベルでの生理機能や動作原理については依然として不明な点が多く、実際、細胞レベルで確認された分子機能が機能欠失個体を用いた解析では全く確認できない、という困った事態にしばしば遭遇するのも事実である。本講演では、「何かおかしいのは確実だけれども具体的にどこがどうおかしいのかさっぱりわからない」Neat1のノックアウトマウスを例にとり、どのような解析が足りないのか、どのような考え方をすれば一見矛盾する結果を「定量的に」説明することができるのか、ということを議論していきたい。 |
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Revision as of 05:58, 14 August 2019
セッション3「定量生物学最前線(仮)」11/7午後
14:00-16:30
Chair: TBA
14:00-14:30 「定量的な考え方は長鎖ノンコーディングRNAの謎を解くか」
- 中川 真一（北大・薬学）
- 要旨：ヒトやマウスなどの高等真核生物のゲノムからはタンパク質をコードしないノンコーディングRNAが大量に転写されており、その大半が長さが200塩基以上の、いわゆる長鎖ノンコーディングRNAによって占められている。長鎖ノンコーディングRNAの機能解析は、RNAサイレンシングに関わる「小さなRNA」に比べると大きく出遅れていたが、近年の解析によって、エピゲノム制御に関わるもの、構造体の骨格として働くもの、分子スポンジとして働くもの、転写産物そのものには機能がなくその領域が転写されることが重要なもの、といったグループに分けられることが明らかとなりつつある。とはいえ、個体レベルでの生理機能や動作原理については依然として不明な点が多く、実際、細胞レベルで確認された分子機能が機能欠失個体を用いた解析では全く確認できない、という困った事態にしばしば遭遇するのも事実である。本講演では、「何かおかしいのは確実だけれども具体的にどこがどうおかしいのかさっぱりわからない」Neat1のノックアウトマウスを例にとり、どのような解析が足りないのか、どのような考え方をすれば一見矛盾する結果を「定量的に」説明することができるのか、ということを議論していきたい。
- 参考文献
- 1.
14:30-15:00
- 山口 良文（北大・低温科学研究所）
- 要旨：
- 参考文献
15:00-15:30 「ヌクレオソーム分解能でのゲノム３次元構造の定量解析」
- 谷口 雄一（理研・BDR）
- 要旨：生命の遺伝情報を担うゲノムは、細胞内において、160〜200塩基対毎にヒストン８量体に巻きついて形成される“ヌクレオソーム”を最小構造単位として存在している。しかしながら、実際の細胞内でこのヌクレオソームがどのように並んで存在しているのかは、これまでの研究ではあまりよくわかっていなかった。そこで我々は、ゲノムの３次元構造をヌクレオソーム分解能で決定する手法の開発に取り組み、最近これに成功した[1]。この開発のため、従来の次世代シーケンサーを用いた実験法（Hi-C法）の高分解能化を行うと共に、ゲノム内の全てのヌクレオソームを３次元モデリングする新たな計算法の開発を行った。実験法の開発では、ゲノム上の各ヌクレオソームのDNA巻きつき開始・終了点間の近接関係をそれぞれ解析できる方法を構築した。これに対し計算法の開発では、大規模な分子動力学計算をスーパーコンピューター上で実験データに基づいて行い、各ヌクレオソームの位置と配向を含む全ゲノムの３次元分子構造を決定する方法を構築した。開発した技術は、”Hi-C” with nucleosome “O”rientationの略からと、さらに「配向」が解析できる特徴から、「Hi-CO」法と名付けた。結果、１つ１つのヌクレオソームのレベルから全染色体のレベルに至る、ゲノムの階層構造が初めて実験的に明らかになった。面白いことに、出芽酵母のゲノム構造の解析を行ったところ、これまで規則的に並んでいると考えられていたヌクレオソームの配列が、実は２通りのヌクレオソーム配列（正四面体型とひし形型）の組み合わせによって成り立っていることが見えてきた。タンパク質の折り畳み構造の基本構造であるαヘリックス・βシートにちなんで、両者をαテトラへドロン・βロンバス構造と命名した。さらには、ヌクレオソームの配置構造が、遺伝子の発現制御の性質と密接に関連して有意に変化していることを見つけた。この結果は、細胞がどのようにして分化や発生などの際に、それぞれの遺伝子の発現をコントロールしているか、その分子機序を知るための重要な基礎となると考えられる。今後、ヒトを含む様々な生物種に解析を拡張することにより、ヌクレオソーム配置構造とゲノム機能のさらなる詳細な相関性や、ゲノム構造による遺伝子発現の制御原理、疾患や薬剤存在下におけるゲノム構造の可変性などが明らかになってくると期待される。
- 参考文献
- Ohno, M., et al., Sub-nucleosomal Genome Structure Reveals Distinct Nucleosome Folding Motifs, Cell 176, 520-534 (2019)
15:30-16:00 「遠心偏光顕微鏡CPMを用いた細胞内の力の定量化」
- 木村 暁 （遺伝学研究所）：
- 要旨：
- 参考文献
16:00-16:30
- 村田 隆（基礎生物学研究所）
- 要旨：
- 参考文献
北海道キャラバン2019ウェブサイト
