About us

定量生物学の会の概要

背景

現在、生命科学研究を担う多数の領域において、定量的なアプローチによる研究が分子生物学を補完する1つの方向性として浮上しつつあり、すでに萌芽的な研究例が報告されています。

「定量生物学の会」はこのような背景のもと、各領域において自ら手を動かして定量的な生命科学を模索している若手研究者により2回の準備会を経て立ち上げられた研究グループです。

会の目的

　本研究会は定量的な生命科学の方向性・問題点などを具体的に議論し、領域横断的な研究体制や連携関係をトップダウン的にではなく、最前線の研究を担う若手研究者（学生、PD、若手PI）によってボトムアップ的に模索することを目的としています。

会の活動

　メーリングリストによる情報交換（参加はコアメンバーによる紹介制）と、以下に述べます2つの目的の異なる研究会の開催を行っています。

　1つ目は「年会」と呼ばれる会です。定量的な生命科学研究に携わる・もしくは携わりたいと考えている研究者どうしが集まり、相互に情報を発信して技術的な問題や今後の研究の方向性などを模索する会です。

　2つ目は「キャラバン」と呼ばれる会です。（主に）定量生物学に携わってはいないが興味を抱いている研究者に向けて、定量的な生命科学研究の重要性や内容を発信する会です。現在準備中の「遺伝研研究会」が該当し、今後も年に複数回、様々な研究機関で開催したいと考えています。

コアメンバー・世話人

• コアメンバー・世話人の一覧

研究会のウェブサイト

　　URL: http://www.q-bio.jp

研究会の問い合わせ先

連絡先：q.biology at gmail.com （迷惑メール対策のため@をatと表示しています。at を @ に置換してください）

我々が考える定量生物学　2008

会として定量生物学とは何か？については情報を出さなければならないと思います。しかし一般的な「定量的な生物学」としてしまうと、たとえば分子モーターをやっている人や神経科学をやっている人など、様々な分野で「おれもやっているよ、でも何だで入っていないんだ？」ということになると思います。そこで、あくまで会が対象としている定量生物学である、といこと明示するために「我々が考える定量生物学」というタイトルにしてあります。また、我々が考える定量生物学も未成熟で、今後色々な人との議論で変わってゆくと思います。世話人レベルの議論では、無理をして普遍的な定義を示そうとするよりも、変わってゆく過程、外部からの意見を取り入れる姿勢、を示すという意味で、各年度ごとに定義をアップデートしてゆくのもおもしろいかと思いました。そのため２００８という日付を入れてあります。 定量は手段であって目的でないことをどこかで明記しないと！（杉村）

我々が考える定量生物学の意義・位置付け

分子生物学黎明期以前におけるQuantitative biology の復興。ルネッサンス。

なぜ定量生物学が再び注目されてきているのか？

バイオイメージングなど解析・操作技術が発展→これまでに見過ごされてきた、あるいは解析出来なかった分子レベル、細胞レベルの現象が詳細に(可視化)観察できるようになった→それと共に対象となる現象を定量的に解析するツール、数理、実験手法の必要性が認識されるようになってきた→定量生物学はこれらの問題にいどむことで生命現象の定量的アプローチを推進する学問分野である。定量は手段であって目的でないことをここで書く？（杉村）

→本会は定量生物学に携わる研究者が具体的に何をすべきか、何がわかるか、といったことを議論し、ツールなどを共有するために立ち上げられた。文章の体裁を整えれば、前多くんが書いてくれた内容でほぼOKと思うのですがどうでしょう？（杉村） →定量生物学はこれらの問題にいどむことで生命現象の定量的アプローチを推進する学問分野である。定量は手段であって目的でないことをここで書く？（杉村）

小林案

定量的な生命科学が注目されてきていることには、生命科学における異なる分野において他分野の技術や手法などが必要になってきたこと、そしてその共通項として定量的な細胞・発生レベルでの研究が認識されてきている、という背景があります。

例えば分子生物学を主要な方法としていた細胞・発生生物学では、バイオイメージングなど解析・操作技術の発展によりこれまでに見過ごされてきた、あるいは解析出来なかった分子レベル、細胞レベルの現象が詳細に可視化観察できるようになりました。それと共に対象となる現象を定量的に解析すること、そしてそのためのツールである実験手法や数理的な方法の必要性が認識されるようになってきました。このような流れは、定量解析が分子生物学成立以前に活発に行われていたことを考えると、ルネッサンス的な意味を持っていると考えられます。

一方で生物物理学においては、バイオイメージングなどを駆使した定量的な解析は継続的に行われていましたが、逆にスクリーニングなど分子生物学的な方法はイメージングと比較して集中的には行われてきませんでした。しかし最近、生物物理の方法論と分子生物学的な方法論の双方を使いこなす若手研究者が現れ、融合的な研究の機運が高まってきました。またこれまで分子と比較して比重が低かった細胞現象や発生現象に挑む研究者も現れ、このスケールにおける定量的研究が顕在してきているという背景があります。

さらに、理論系研究においては、定量的なデータがなかなか手に入らなかった時代の理論生物学のスタイルから脱却した、定量的なデータを取り入れた現代的な理論生物学の方向性が求められています。またインフォマティクスでは分子生物学の発展に立脚したオミクス情報を対象とした研究だけでなく、定量的なデータという新しい情報を対象としたインフォマティクスの可能性を探る試みがなされてきています。

このように定量的な生物学は、様々な分野における流れが結びついた異分野融合の交差点的な状況になっていると考えられます。しかし研究会としては、定量的な研究はあくまで手段であって、我々の最終的な目的はこれまで明らかにされていない生命現象の謎にあると考えています。

ほんのすこし手を加えました。（まえだ）

我々が現在想定している定量生物学の研究対象

• 過去に定量的な方法論を使っていたにもかかわらず、分子生物学的なアプローチの台頭によって、定量的な思考や方法論が衰退してしまった分野。
• 生物物理学における細胞ダイナミクスの解析など、定量的な解析手法の適用範囲の拡張と捉えられる分野。
• 対象は分子から個体までを含むが、細胞・組織が中心である。分子、個体においては、それぞれ、より高次・低次の現象との関係を意識したものを扱う。
• 特に画像データから定量性の高い時空間情報を抽出することを重視している。従って、画像解析は定量生物学の柱となる要素技術である。
• NOT: １分子のみ、電気生理、マイクロアレイ、網羅的解析のみ（理由：すでに定量的な解析がかなり成熟しているから。忘れ去られたような状況ではないから）

我々が定量的な解析が真価を発揮すると考える生命現象

• 力（直接眼に見えない）
• 情報伝達（情報量、というものは物理系では定義できるわけですが、生命現象ではどうでしょうか。あるいは単に上流と下流へのシグナル変換。）
• 比率制御
• 時空間配置
• ゆらぎ（たくさんのサンプルを計って初めて意味のある量が得られる）
• リズム現象（周期性があるもの、分子ではなく力学系で理解すべし）

ここに挙げられていないものを対象にしているひとたちをひよらせそうなので、当座除いてよいかも。（杉村） 例として示す分には良いのではないでしょうか。無いからといってひよる人もそんなにいないと思いますし。（まえだ）

我々が分野横断で目指すもの

かならずしも、「実験と理論の融合」だけを目指しているわけではない。 様々な分野間での融合があり得る。FAQの"生物物理"参照とか？（杉村） 若手の連携、情報の交換、ツールの交換、ノウハウの交換