第4回年会セッション1 - Revision history

Noriko.hiroi: /* 細胞環境のin silico表現に向けて--反応ネットワークの観点から */

2011-12-11T11:28:10Z

細胞環境のin silico表現に向けて--反応ネットワークの観点から

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	<br>		<br>
	'''参考文献'''<br>		'''参考文献'''<br>
	1. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15763552]<br>		1. '''Takahashi K''', Arjunan SN, Tomita M.
	2. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20133748]<br>		''Space in systems biology of signaling pathways--towards intracellular molecular crowding in silico''.
			FEBS Lett. 2005 Mar 21;579(8):1783-8.[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15763552]<br>
			2. '''Takahashi K''', Tanase-Nicola S, ten Wolde PR.
			''Spatio-temporal correlations can drastically change the response of a MAPK pathway''. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Feb 9;107(6):2473-8. Epub 2010 Jan 25.
			[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20133748]<br>
	<br>		<br>
	<br>		<br>

Noriko.hiroi: /* 細胞サイズの微小反応場における生化学反応の性状解析 */

2011-12-11T11:27:33Z

細胞サイズの微小反応場における生化学反応の性状解析

← Older revision		Revision as of 11:27, 11 December 2011
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	'''参考文献'''		'''参考文献'''
	<br>		<br>
	1. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=20131804]		1. Sunami T, Hosoda K, Suzuki H, '''Matsuura T''', Yomo T.
			''Cellular compartment model for exploring the effect of the lipidic membrane on the kinetics of encapsulated biochemical reactions''. Langmuir. 2010 Jun 1;26(11):8544-51.
			[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=20131804]
	<br>		<br>
	2. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=20108973]		2. Urabe H, Ichihashi N, '''Matsuura T''', Hosoda K, Kazuta Y, Kita H, Yomo T.
			''Compartmentalization in a water-in-oil emulsion repressed the spontaneous amplification of RNA by Q beta replicase''.
			Biochemistry. 2010 Mar 9;49(9):1809-13.[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=20108973]<br>

	===細胞環境のin silico表現に向けて--反応ネットワークの観点から===		===細胞環境のin silico表現に向けて--反応ネットワークの観点から===

Noriko.hiroi: /* 光機能性小分子による細胞内シグナル伝達の時空間制御 */

2011-12-11T11:20:56Z

光機能性小分子による細胞内シグナル伝達の時空間制御

← Older revision		Revision as of 11:20, 11 December 2011
Line 30:		Line 30:
	<br>		<br>
	'''参考文献'''<br>		'''参考文献'''<br>
	1. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15908919]<br>		1. Inoue T, Heo WD, Grimley JS, Wandless TJ, Meyer T.
	2. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20154678]<br>		''An inducible translocation strategy to rapidly activate and inhibit small GTPase signaling pathways''. Nat Methods. 2005 Jun;2(6):415-8.
	3. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21142151]<br>		[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15908919]<br>
			2. Komatsu T, Kukelyansky I, McCaffery JM, '''Ueno T''', Varela LC, Inoue T.
			''Organelle-specific, rapid induction of molecular activities and membrane tethering''. Nat Methods. 2010 Mar;7(3):206-8. Epub 2010 Feb 14.
			[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20154678]<br>
			3. Umeda N, '''Ueno T''', Pohlmeyer C, Nagano T, Inoue T.
			''A photocleavable rapamycin conjugate for spatiotemporal control of small GTPase activity''. J Am Chem Soc. 2011 Jan 12;133(1):12-4. Epub 2010 Dec 13.
			[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21142151]<br>

	===細胞サイズの微小反応場における生化学反応の性状解析===		===細胞サイズの微小反応場における生化学反応の性状解析===

Noriko.hiroi: /* 周波数変調原子間力顕微鏡による生体分子可視化の現状と展望 */

2011-12-11T11:20:09Z

周波数変調原子間力顕微鏡による生体分子可視化の現状と展望

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	<br>		<br>
	'''参考文献'''<br>		'''参考文献'''<br>
	1. [http://piezo.kuee.kyoto-u.ac.jp/en/papers/]		1. 投稿論文工学研究科論文データベース[http://piezo.kuee.kyoto-u.ac.jp/en/papers/]

	===光機能性小分子による細胞内シグナル伝達の時空間制御===		===光機能性小分子による細胞内シグナル伝達の時空間制御===

Noriko.hiroi: /* 周波数変調原子間力顕微鏡による生体分子可視化の現状と展望 */

2011-12-06T14:32:10Z

周波数変調原子間力顕微鏡による生体分子可視化の現状と展望

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 ===周波数変調原子間力顕微鏡による生体分子可視化の現状と展望===
 * 山田 啓文 (京都大学大学院工学研究科)
 ===光機能性小分子による細胞内シグナル伝達の時空間制御===

Ksugimura: /* 微小反応場における蛋白質合成反応の定量化 */

2011-12-04T15:00:56Z

微小反応場における蛋白質合成反応の定量化

← Older revision		Revision as of 15:00, 4 December 2011
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	3. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21142151]<br>		3. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21142151]<br>

	===~~微小反応場における蛋白質合成反応の定量化~~===		===細胞サイズの微小反応場における生化学反応の性状解析===
	* 松浦友亮 (大阪大学工学研究科)		* 松浦友亮 (大阪大学工学研究科)
	細胞のように脂質二重膜で区画化されている場所に存在する分子は, 区画の存在の影響を受ける. 分子は小さい区画に高い頻度で衝突するため, 区画表面の物性の影響を受けうる. 遺伝子から生成された蛋白質は区画の存在により, その拡散に制限を受ける. このような小さい区画の性質が内部の生化学反応にどのような影響を与えうるのだろうか？細胞内の混雑効果に関しては多くの実験がなされているが, サイズの効果に関しての実験は少ない. それは、細胞を生かしたまま上手にサイズを変えて内部の生化学反応を定量的に測定することが困難なためであろう. 我々は, これを人工的にサイズ調整可能な細胞サイズの区画（人工細胞）を調製することで達成した. 具体的には, water-in-oil emulsion, リポソーム, マイクロチャンバーなどを用い, 微小反応場を作成し, その内部に無細胞翻訳系など種々の生化学反応を閉じ込めることで, 区画化が生化学反応に与える影響を定量的に明らかにすることを行ってきた. 本発表では, 得られた実験データだけでなく, 理論モデルを用いたデータ解析, 実験結果と理論モデルの整合性についても紹介させていただきたい.		細胞のように脂質二重膜で区画化されている場所に存在する分子は, 区画の存在の影響を受ける. 分子は小さい区画に高い頻度で衝突するため, 区画表面の物性の影響を受けうる. 遺伝子から生成された蛋白質は区画の存在により, その拡散に制限を受ける. このような小さい区画の性質が内部の生化学反応にどのような影響を与えうるのだろうか？細胞内の混雑効果に関しては多くの実験がなされているが, サイズの効果に関しての実験は少ない. それは、細胞を生かしたまま上手にサイズを変えて内部の生化学反応を定量的に測定することが困難なためであろう. 我々は, これを人工的にサイズ調整可能な細胞サイズの区画（人工細胞）を調製することで達成した. 具体的には, water-in-oil emulsion, リポソーム, マイクロチャンバーなどを用い, 微小反応場を作成し, その内部に無細胞翻訳系など種々の生化学反応を閉じ込めることで, 区画化が生化学反応に与える影響を定量的に明らかにすることを行ってきた. 本発表では, 得られた実験データだけでなく, 理論モデルを用いたデータ解析, 実験結果と理論モデルの整合性についても紹介させていただきたい.

Noriko.hiroi: /* 細胞環境のin silico表現に向けて -- 反応ネットワークの観点から */

2011-12-02T22:53:43Z

細胞環境のin silico表現に向けて -- 反応ネットワークの観点から

← Older revision		Revision as of 22:53, 2 December 2011
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	2. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=20108973]		2. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=20108973]

	===細胞環境のin silico表現に向けて -- 反応ネットワークの観点から===		===細胞環境のin silico表現に向けて--反応ネットワークの観点から===
	* 高橋恒一 (理研・QBiC)		* 高橋恒一 (理研・QBiC)
	細胞内空間は1ミリリットルあたり数百ミリグラム以上に逹するいわゆる分子混雑の状況にあるだけでなく、細胞膜や細胞骨格、細胞内小器官、ゲノムなどにより高度に構造化され、また細胞内の分子は局在はクラスター化などの影響で不均一に存在している事が知られています。これまでの分子、細胞シミュレーションは、希薄溶液や均一系などのいわゆる理想系を前提としてきましたが、近年の1分子レベルの観察技術の急速な発展を契機に、いわゆる非理想的な細胞環境の重要性が広く認識されつつあります。予測性を持った生命科学の実現は、細胞環境下における反応ネットワーク動態の定量的な理解を基盤に据える事になると思われます。我々の研究室での取り組みのいくつかを紹介します。		細胞内空間は1ミリリットルあたり数百ミリグラム以上に逹するいわゆる分子混雑の状況にあるだけでなく、細胞膜や細胞骨格、細胞内小器官、ゲノムなどにより高度に構造化され、また細胞内の分子は局在はクラスター化などの影響で不均一に存在している事が知られています。これまでの分子、細胞シミュレーションは、希薄溶液や均一系などのいわゆる理想系を前提としてきましたが、近年の1分子レベルの観察技術の急速な発展を契機に、いわゆる非理想的な細胞環境の重要性が広く認識されつつあります。予測性を持った生命科学の実現は、細胞環境下における反応ネットワーク動態の定量的な理解を基盤に据える事になると思われます。我々の研究室での取り組みのいくつかを紹介します。

Noriko.hiroi: /* 細胞環境のin silico表現に向けて -- 反応ネットワークの観点から */

2011-12-02T03:10:38Z

細胞環境のin silico表現に向けて -- 反応ネットワークの観点から

← Older revision		Revision as of 03:10, 2 December 2011
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	<br>		<br>
	'''参考文献'''<br>		'''参考文献'''<br>
	1. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15763552<br>		1. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15763552]<br>
	2. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20133748<br>		2. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20133748]<br>
	<br>		<br>
	<br>		<br>

Noriko.hiroi: /* 光機能性小分子による細胞内シグナル伝達の時空間制御 */

2011-12-02T03:08:38Z

光機能性小分子による細胞内シグナル伝達の時空間制御

← Older revision		Revision as of 03:08, 2 December 2011
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	<br>		<br>
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	参考文献<br>		'''参考文献'''<br>
	1. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15908919]<br>		1. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15908919]<br>
	2. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20154678]<br>		2. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20154678]<br>

Noriko.hiroi: /* 微小反応場における蛋白質合成反応の定量化 */

2011-12-02T03:08:15Z

微小反応場における蛋白質合成反応の定量化

← Older revision		Revision as of 03:08, 2 December 2011
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	<br>		<br>
	'''~~references~~'''		'''参考文献'''
	<br>		<br>
	1. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=20131804]		1. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=20131804]