Japanese society for quantitative biology - User contributions [en]

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2025-08-10T10:48:07Z

Tsuzuki:

news!(19/10/2015)
 
We will hold 
'''''NIG International Symposium 2016 + ROIS Event''''' 
and '''''Toyoda Physical & Chemical Research Institute Workshop''''' 
 on Jan 8th ~ 13th, 2016.
='''Japan q-bio week''' (Jan/8/2016~Jan/13/2016)=
We have a series of international symposiums and workshops (Japan q-bio week) 8/Jan/2016 to 13/2016 instead of the annual meeting of the Japanese Society for Quantitative Biology. Most of them will be held as NIG International Symposium 2016. All these symposiums and workshops are organized by the core-members of Japanese Society for Quantitative Biology.


*'''Tokyo Workshops'''
** Date: Jan/8/2016
** Site:Institute of Industrial Science, Bld. S , the Univ. Tokyo, Komaba
***[http://symposium.crmind.net/bridging_thr_exp/Home.html NIG International Symposium 2016 satellite workshop (9:00 - 12:00)] '''Bridging Theory & Experiment'''
***[http://symposium.crmind.net/EIC2015/Home.html Toyoda Physical & Chemical Research Institute Workshop (13:00 - 18:00)] '''Entropy, Information & Control''' 

*'''[[IIS_Sympo|NIG International Symposium - Tokyo Symposium: Force, Information and Dynamics: X factors shaping living systems]]'''
** Date:Jan/9/2016~Jan/11/2016
** Site:Institute of Industrial Science, Bld. An, the Univ Tokyo Komaba
* '''[http://www.nig.ac.jp/labs/CelArchi/nigsymposium2016/MishimaSympo.html ROIS Event - Mishima Symposium:Quantitative Biology - force, information and dynamics]'''
** Date:Jan/12/2016~Jan/13/2016
** Site:National Institute of Genetics

== What is the Japanese Society for Quantitative Biology (Q-BioJP)? ==
The '''Japanese Society for Quantitative Biology''' ('''Q-BioJP''') is a non-profit organization founded in 2008 that is dedicated to the advancement of the field of quantitative biology. 
The mission of the '''Q-BioJP''' is to
* bring together the various fields of biological research that will benefit from quantitative analysis
* provide an interdisciplinary forum for research, and to provide opportunities for collaboration in quantitative biology
* promote the field of quantitative biology and to advance our understanding of biological systems.
[[Main_Page|Japanese "Main Page"]]
 

== Background of the foundation ==
'''A PERIOD OF TRANSITION''' 
Biology is in a period of transition, from being a mostly descriptive and qualitative discipline towards being more analytical and quantitative. It is hoped that this change in emphasis will produce insights, and also new technologies. These approaches will be carried out by a new kind of biologist who can deal with the requirements of this new field. 
'''A FUTURE GOAL OF BIOLOGY''' 
While most of modern biology was focused on the properties of individual molecules, a future goal will be to understand their dynamics, and will require finding new ways of thinking and analysing these processes at a level beyond the individual components and their static properties. For solutions to these comprehensive questions, biology is now looking to other disciplines. Systems Biology has built strong links between Biology, Computer Sciences, and Mathematics to develop integrated approaches to deal with recent explosive increase in biological knowledge. 
'''HOW TO APPROACH THE PRINCIPLES''' 
Now to approach the principles that underlie their dynamical behaviors, the Physical and Chemical Sciences may provide a useful precedent. We also notice biological systems may have design principles that can be understood from an Engineering point of view. 
[[About_us|Japanese "About us"]]
 

== The Aim of the Q-BioJP ==
'''TO PROMOTE SPONTANEOUS ACTION''' 
Our purpose is to promote spontaneous action of each scientist for the development of quantitative biology. 
'''TO ESTABLISH AN INTERDISCIPLINARY ENVIRONMENT''' 
To achieve this objective we plan to establish an interdisciplinary research environment; such an environment will accelerate the natural convergence of different but related fields, and the expansion research into at the interface of different areas of research. 
The interactions fostered by us will transcend the boundaries between Biology and Physics, Chemistry, Engineering, Mathematics and Computational sciences. 
'''TO FORM A COMMUNITY FOR DEVELOPMENTS OF THE FIELD''' 
Above all, we aim to form a community that will be nourished by, and contribute to, the new developments which arise from the interdisciplinary research environment, and will provide the means for people with different approaches to related problems to come together and find novel and interesting solutions. 
[[About_us|Japanese "About us"]]
 

== Targeting Subject ==
We explore techniques and methods to quantify the physical properties that determine the dynamics of biological phenomena. Our main focus is on '''cellular-level biology''', but we are also concerned with the structure and organization of cells. The behavior of cells is influenced by events at '''a molecular level''' and upwards to '''the tissue and organism level'''. A new-generation model of Q-BioJP can take initiatives at '''medical sciences''' such as pharmacokinetics and cancer research. Q-BioJP will strive to understand the various levels of biological systems and the relationships that exist between them. 
[[About_us|Japanese "About us"]]
 

== Agenda ==
To these ends, we operate the following three strategies:
====1. An annual meeting to - foster excellence in research and education -====
We organize an annual scientific meeting which consists of technical tutorials and sessions focused on selected topics. 
* '''target audience''': Scientists that have already begun a research in the field of quantitative biology or have concrete plans to start.
* '''objective''': The meeting provides a program for the interdisciplinary community of quantitative biologists to promote sharing of information to solve technical problems in their research, and to promote discussions of our future direction.
The 5th Annual Meeting will be held on 23rd - 25th November 2012 at the Convention Hall in Institute of Industrial Science, the University of Tokyo. 
 
[[5th_Annual_Meeting|5th Annual Meeting]] 
[[Events|Japanese Events]]

====2. Caravan - scholarly dissemination of research -====
* '''target audience''': researchers who are interested in quantitative biology but require guidance in starting a research program in this area “quantitative biology”.
* '''objective''': To showcase exciting examples of quantitative biology with an emphasis on the importance of the quantitative point of view in biology.

====3. Mailing list====
* '''objective''' : exchanging information on topics relating to quantitative biology.
* '''members in the list''': '''There is no condition to participate our mailing list except your motivation'''. You can join anytime via a direct invitation by a core member. (This mailing list is basically managed in Japanese.)
 

===All are welcome who would strive together to ensure the future of this new basic scientific field!===
 
 
==== Links in English on q-bio.jp ====
*[http://www.iis.u-tokyo.ac.jp/What_e/What_e.html Institute of Industrial Science, the University of Tokyo][[Events|in "Events"]]
*[http://www.med.osaka-u.ac.jp/index-e.html Graduate School of Medicine/Faculty of Medicine, Osaka University][[Events|in "Events"]]
*[http://www.nig.ac.jp/index-e.html National Institute of Genetics][[Events|in "Events"]]
*[http://www.jsbi.org/en Japanese Society for Bioinformatics][[Events|in "Events"]]
*[http://www.springer.com/physics/book/978-3-540-40824-6 Synergetics by Hermann Haken][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.elsevierdirect.com/ISBN/9780123497031/Differential-Equations-Dynamical-Systems-and-an-Introduction-to-Chaos| Differential Equations Dynamical Systems and an Introduction to Chaos by Dr. Morris W. Hirsch, Dr. Stephen Smale and Dr. Robert Devaney][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.perseusbooks.com/perseus/book_detail.jsp?isbn=0738204536 Nonlinear Dynamics And Chaos With Applications To Physics, Biology, Chemistry, And Engineering by Steven H. Strogatz][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://press.princeton.edu/titles/112.html Random Walks in Biology by Howard C. Berg][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.cambridge.org/us/catalogue/catalogue.asp?isbn=0521783372 Biological Physics of the Developing Embryo by Gabor Forgacs and Stuart A. Newman][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.springer.com/mathematics/mathematical+biology/book/978-0-387-75846-6 Mathematical Physiology by James Keener, James Sneyd][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.garlandscience.com/textbooks/0815341636.asp Physical Biology of the Cell by Rob Phillips, Jane Kondev, Julie Theriot][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/bookUri.html An Introduction to Systems Biology - Design Principles of Biological Circuits by Uri Alon][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.micro-manager.org/| micromanager][[Documents|in "Documents", image processing tools]]
*[http://www.mathworks.com/products/image/demos.html MathWorks Image Proecssing Toolbox][[Documents|in "Documents", image processing tools]]
*[http://homepages.inf.ed.ac.uk/rbf/HIPR2 image processing learning resources][[Documents|in "Documents", image processing tools]]
*[http://q-bio.jp/wiki/News#Biology.2FGenetics.2FEvolution_Postdoctoral_Fellow_Position.2C__Fred_Hutchinson_Cancer_Research_Center_.28091006.29_New.21.21 Biology/Genetics/Evolution Postdoctoral Fellow Position, Fred Hutchinson Cancer Research Center (091006)][[News|in "News", Job opportunity]]

==Core members==
*'''Kazuhiro Aoki''' (Kyoto University)
*'''Hiroshi Ito''' (Kyushu University)
*'''Seiichi Uchida''' (Kyushu University)
*'''Hiromasa Oku''' (Gunma University)
*'''Shinji Kajita''' (Fukui University)
*'''Takanobu A Katoh''' (The University of Tokyo)
*'''Akatsuki Kimura''' (Cell Architecture Laboratory, National Institute of Genetics)
*'''Katsuyuki Kunida''' (Fujita Health University)
*'''Tetsuya J. Kobayashi''' (Institute of Industrial Science, the University of Tokyo)
*'''Kaoru Sugimura''' (Graduate School of Science, the University of Tokyo)
*'''Takao K Suzuki''' (Juntendo University Graduate School of Medicine)
*'''Madoka Suzuki''' (Osaka University)
*'''Hiroaki Takagi''' (Department of Physics, School of Medicine, Nara Medical University)
*'''Jun-nosuke Teramae''' (Kyoto University)
*'''Yuki Tsukada''' (Division of Biological Science, Graduate School of Science, Nagoya University)
*'''Itoshi Nikaido''' (RIKEN, Tokyo Medical and Dental University)
*'''Koji Noshita''' (Kyushu University)
*'''Shigenori Nonaka''' (NIBB)
*'''Kayo Hibino'''(National Institute of Genetics)
*'''Tsuyoshi Hirashima''' (MBI)
*'''Noriko Hiroi''' (KAIT & Keio University School of Medicine)
*'''Akira Funahashi''' (Department of Biosciences and Informatics, Keio University)
*'''Yusuke T. Maeda''' (Kyoto University)
*'''Kazumitsu Maehara''' (Kyushu University)
*'''Takashi Murata''' (KAIT)
 
 
tentatively away: 
*'''Yukinobu Arata''' (RIKEN, Advanced Science Institute)
*'''Rinshi S. Kasai''' (Institute for Integrated Cell-Material Sciences,Kyoto University)
*'''Shuji Ishihara''' (Meiji University)
*'''Kazuhisa Kinoshita''' (RIKEN Advanced Science Institute)
*'''Hiroshi Kimura''' (Department of Mechanical Engineering, Tokai University)
*'''Satoshi Sawai''' (Graduate School of Arts and Sciences, University of Tokyo)
*'''Hidekazu Tsutsui''' (JAIST)
*'''Takahiro Harada'''
*'''Yutaka Matsubayashi''' (Bournemouth University)

== Acknowledgement ==
We are grateful to Dr. Aitor Gonza ́ lez (Institute for Virus Research, Kyoto University, Japan) , Dr. Jonathan James Ward (Cellular architecture Group, Cell Biology and Biophysics Unit, EMBL-Heidelberg, Germany), Kris Popendorf (Bioinformatics Laboratory, Department of Bioscience and Informatics, Keio University, Japan) for kindly editing of the English manuscript of this webpage with helpful comments.

コアメンバー世話人一覧

2025-08-10T10:45:51Z

Tsuzuki:

==定量生物学の会コアメンバー一覧 ==
発生生物学・細胞生物学・分子生物学・生物物理学・1分子生物学・数理生物学・バイオインフォマティクス・バイオイメージング・生命工学などの、各分野を牽引してゆくポテンシャルと熱意を秘めていると思われる研究者が広く集まっています。

*青木　一洋 (基礎生物学研究所、京都大学)
*粟津　暁紀 (広島大学大学院統合生命科学研究科)
*伊藤　浩史 (九州大学芸術工学府デザイン人間科学コース)
*内田　誠一 (九州大学大学院システム情報科学研究院)
*奥　　寛雅 (群馬大学)
*梶田真司　 (福井大学)
*加藤孝信　 (東京大学)
*木村　暁　 (国立遺伝学研究所)
*国田　勝行 (藤田医科大学)
*小林　徹也 (東京大学生産技術研究所)
*杉村　薫　 (東京大学理学系研究科)
*鈴木　誉保 (順天堂大学医学部)
*鈴木　団　 (大阪大学)
*高木　拓明 (奈良県立医科大学医学部)
*塚田　祐基 (慶應義塾大学理工学部)
*寺前　順之介 (京都大学)
*二階堂　愛 (理化学研究所東京医科歯科大学)
*野下　浩司 (九州大学)
*野中　茂紀 (基礎生物学研究所)
*日比野　佳代 (国立遺伝学研究所)
*平島　剛志 (MBI)
*広井　賀子 (神奈川工科大学創造工学部 & 慶應義塾大学医学部)
*舟橋　啓　 (慶應義塾大学理工学部)
*本田　直樹 (広島大学大学院統合生命科学研究科)
*前多　裕介 (京都大学)
*前原　一満 (九州大学)
*村田　隆 (神奈川工科大学応用バイオ科学科)
*渡邊　千穂 (広島大学大学院統合生命科学研究科)
 
休部中:
*荒田　幸信 (理化学研究所基幹研究所)
*石原　秀至 (東京大学大学院総合文化研究科)
*笠井　倫志 (京都大学再生医科学研究所)
*木下　和久 (理化学研究所基幹研究所)
*木村　啓志 (東海大学機械工学科)
*澤井　哲　 (東京大学大学院総合文化研究科)
*筒井　秀和 (北陸先端大学)
*原田　崇広
*松林　完　 (Bournemouth University)
 

==定量生物学の会世話人一覧 ==
*小林　徹也 (東京大学生産技術研究所)
*杉村　薫　 (東京大学理学系研究科)
*高木　拓明 (奈良県立医科大学医学部)
*舟橋　啓　 (慶應義塾大学理工学部)

コアメンバー世話人一覧

2022-04-26T07:44:46Z

Tsuzuki:

==定量生物学の会コアメンバー一覧 ==
発生生物学・細胞生物学・分子生物学・生物物理学・1分子生物学・数理生物学・バイオインフォマティクス・バイオイメージング・生命工学などの、各分野を牽引してゆくポテンシャルと熱意を秘めていると思われる若手研究者が広く集まっています。

*青木　一洋 (基礎生物学研究所)
*荒田　幸信 (独立行政法人理化学研究所基幹研究所)
*伊藤　浩史 (九州大学芸術工学府デザイン人間科学コース)
*内田　誠一 (九州大学大学院システム情報科学研究院)
*奥　　寛雅 (群馬大学)
*木村　暁　 (国立遺伝学研究所)
*国田　勝行 (奈良先端科学技術大学院大学)
*小林　徹也 (東京大学生産技術研究所)
*杉村　薫　 (京都大学 iCeMS)
*鈴木　誉保 (東京大学大学院新領域創成科学研究科)
*鈴木　団　 (大阪大学)
*高木　拓明 (公立大学法人奈良県立医科大学医学部)
*塚田　祐基 (名古屋大学大学院理学研究科)
*寺前　順之介 (京都大学)
*二階堂　愛 (独立行政法人理化学研究所)
*野中　茂紀 (基礎生物学研究所)
*日比野　佳代 (国立遺伝学研究所)
*平島　剛志 (京都大学)
*広井　賀子 (慶應義塾大学)
*舟橋　啓　 (慶應義塾大学理工学部)
*前多　裕介 (九州大学)
*村田　隆 (基礎生物学研究所)
 
休部中:
*石原　秀至 (東京大学大学院総合文化研究科)
*笠井　倫志 (京都大学再生医科学研究所)
*木下　和久 (独立行政法人理化学研究所基幹研究所)
*木村　啓志 (東海大学機械工学科)
*澤井　哲　 (東京大学大学院総合文化研究科)
*筒井　秀和 (北陸先端大学)
*原田　崇広
*松林　完　 (King’s College London)
 

==定量生物学の会世話人一覧 ==
*小林　徹也 (東京大学生産技術研究所)
*杉村　薫　 (京都大学 iCeMS)
*高木　拓明 (公立大学法人奈良県立医科大学医学部)
*舟橋　啓　 (慶應義塾大学理工学部)

English

2021-02-14T06:11:30Z

Tsuzuki: /* Core members */

news!(19/10/2015)
 
We will hold 
'''''NIG International Symposium 2016 + ROIS Event''''' 
and '''''Toyoda Physical & Chemical Research Institute Workshop''''' 
 on Jan 8th ~ 13th, 2016.
='''Japan q-bio week''' (Jan/8/2016~Jan/13/2016)=
We have a series of international symposiums and workshops (Japan q-bio week) 8/Jan/2016 to 13/2016 instead of the annual meeting of the Japanese Society for Quantitative Biology. Most of them will be held as NIG International Symposium 2016. All these symposiums and workshops are organized by the core-members of Japanese Society for Quantitative Biology.


*'''Tokyo Workshops'''
** Date: Jan/8/2016
** Site:Institute of Industrial Science, Bld. S , the Univ. Tokyo, Komaba
***[http://symposium.crmind.net/bridging_thr_exp/Home.html NIG International Symposium 2016 satellite workshop (9:00 - 12:00)] '''Bridging Theory & Experiment'''
***[http://symposium.crmind.net/EIC2015/Home.html Toyoda Physical & Chemical Research Institute Workshop (13:00 - 18:00)] '''Entropy, Information & Control''' 

*'''[[IIS_Sympo|NIG International Symposium - Tokyo Symposium: Force, Information and Dynamics: X factors shaping living systems]]'''
** Date:Jan/9/2016~Jan/11/2016
** Site:Institute of Industrial Science, Bld. An, the Univ Tokyo Komaba
* '''[http://www.nig.ac.jp/labs/CelArchi/nigsymposium2016/MishimaSympo.html ROIS Event - Mishima Symposium:Quantitative Biology - force, information and dynamics]'''
** Date:Jan/12/2016~Jan/13/2016
** Site:National Institute of Genetics

== What is the Japanese Society for Quantitative Biology (Q-BioJP)? ==
The '''Japanese Society for Quantitative Biology''' ('''Q-BioJP''') is a non-profit organization founded in 2008 that is dedicated to the advancement of the field of quantitative biology. 
The mission of the '''Q-BioJP''' is to
* bring together the various fields of biological research that will benefit from quantitative analysis
* provide an interdisciplinary forum for research, and to provide opportunities for collaboration in quantitative biology
* promote the field of quantitative biology and to advance our understanding of biological systems.
[[Main_Page|Japanese "Main Page"]]
 

== Background of the foundation ==
'''A PERIOD OF TRANSITION''' 
Biology is in a period of transition, from being a mostly descriptive and qualitative discipline towards being more analytical and quantitative. It is hoped that this change in emphasis will produce insights, and also new technologies. These approaches will be carried out by a new kind of biologist who can deal with the requirements of this new field. 
'''A FUTURE GOAL OF BIOLOGY''' 
While most of modern biology was focused on the properties of individual molecules, a future goal will be to understand their dynamics, and will require finding new ways of thinking and analysing these processes at a level beyond the individual components and their static properties. For solutions to these comprehensive questions, biology is now looking to other disciplines. Systems Biology has built strong links between Biology, Computer Sciences, and Mathematics to develop integrated approaches to deal with recent explosive increase in biological knowledge. 
'''HOW TO APPROACH THE PRINCIPLES''' 
Now to approach the principles that underlie their dynamical behaviors, the Physical and Chemical Sciences may provide a useful precedent. We also notice biological systems may have design principles that can be understood from an Engineering point of view. 
[[About_us|Japanese "About us"]]
 

== The Aim of the Q-BioJP ==
'''TO PROMOTE SPONTANEOUS ACTION''' 
Our purpose is to promote spontaneous action of each scientist for the development of quantitative biology. 
'''TO ESTABLISH AN INTERDISCIPLINARY ENVIRONMENT''' 
To achieve this objective we plan to establish an interdisciplinary research environment; such an environment will accelerate the natural convergence of different but related fields, and the expansion research into at the interface of different areas of research. 
The interactions fostered by us will transcend the boundaries between Biology and Physics, Chemistry, Engineering, Mathematics and Computational sciences. 
'''TO FORM A COMMUNITY FOR DEVELOPMENTS OF THE FIELD''' 
Above all, we aim to form a community that will be nourished by, and contribute to, the new developments which arise from the interdisciplinary research environment, and will provide the means for people with different approaches to related problems to come together and find novel and interesting solutions. 
[[About_us|Japanese "About us"]]
 

== Targeting Subject ==
We explore techniques and methods to quantify the physical properties that determine the dynamics of biological phenomena. Our main focus is on '''cellular-level biology''', but we are also concerned with the structure and organization of cells. The behavior of cells is influenced by events at '''a molecular level''' and upwards to '''the tissue and organism level'''. A new-generation model of Q-BioJP can take initiatives at '''medical sciences''' such as pharmacokinetics and cancer research. Q-BioJP will strive to understand the various levels of biological systems and the relationships that exist between them. 
[[About_us|Japanese "About us"]]
 

== Agenda ==
To these ends, we operate the following three strategies:
====1. An annual meeting to - foster excellence in research and education -====
We organize an annual scientific meeting which consists of technical tutorials and sessions focused on selected topics. 
* '''target audience''': Scientists that have already begun a research in the field of quantitative biology or have concrete plans to start.
* '''objective''': The meeting provides a program for the interdisciplinary community of quantitative biologists to promote sharing of information to solve technical problems in their research, and to promote discussions of our future direction.
The 5th Annual Meeting will be held on 23rd - 25th November 2012 at the Convention Hall in Institute of Industrial Science, the University of Tokyo. 
 
[[5th_Annual_Meeting|5th Annual Meeting]] 
[[Events|Japanese Events]]

====2. Caravan - scholarly dissemination of research -====
* '''target audience''': researchers who are interested in quantitative biology but require guidance in starting a research program in this area “quantitative biology”.
* '''objective''': To showcase exciting examples of quantitative biology with an emphasis on the importance of the quantitative point of view in biology.

====3. Mailing list====
* '''objective''' : exchanging information on topics relating to quantitative biology.
* '''members in the list''': '''There is no condition to participate our mailing list except your motivation'''. You can join anytime via a direct invitation by a core member. (This mailing list is basically managed in Japanese.)
 

===All are welcome who would strive together to ensure the future of this new basic scientific field!===
 
 
==== Links in English on q-bio.jp ====
*[http://www.iis.u-tokyo.ac.jp/What_e/What_e.html Institute of Industrial Science, the University of Tokyo][[Events|in "Events"]]
*[http://www.med.osaka-u.ac.jp/index-e.html Graduate School of Medicine/Faculty of Medicine, Osaka University][[Events|in "Events"]]
*[http://www.nig.ac.jp/index-e.html National Institute of Genetics][[Events|in "Events"]]
*[http://www.jsbi.org/en Japanese Society for Bioinformatics][[Events|in "Events"]]
*[http://www.springer.com/physics/book/978-3-540-40824-6 Synergetics by Hermann Haken][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.elsevierdirect.com/ISBN/9780123497031/Differential-Equations-Dynamical-Systems-and-an-Introduction-to-Chaos| Differential Equations Dynamical Systems and an Introduction to Chaos by Dr. Morris W. Hirsch, Dr. Stephen Smale and Dr. Robert Devaney][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.perseusbooks.com/perseus/book_detail.jsp?isbn=0738204536 Nonlinear Dynamics And Chaos With Applications To Physics, Biology, Chemistry, And Engineering by Steven H. Strogatz][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://press.princeton.edu/titles/112.html Random Walks in Biology by Howard C. Berg][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.cambridge.org/us/catalogue/catalogue.asp?isbn=0521783372 Biological Physics of the Developing Embryo by Gabor Forgacs and Stuart A. Newman][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.springer.com/mathematics/mathematical+biology/book/978-0-387-75846-6 Mathematical Physiology by James Keener, James Sneyd][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.garlandscience.com/textbooks/0815341636.asp Physical Biology of the Cell by Rob Phillips, Jane Kondev, Julie Theriot][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/bookUri.html An Introduction to Systems Biology - Design Principles of Biological Circuits by Uri Alon][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.micro-manager.org/| micromanager][[Documents|in "Documents", image processing tools]]
*[http://www.mathworks.com/products/image/demos.html MathWorks Image Proecssing Toolbox][[Documents|in "Documents", image processing tools]]
*[http://homepages.inf.ed.ac.uk/rbf/HIPR2 image processing learning resources][[Documents|in "Documents", image processing tools]]
*[http://q-bio.jp/wiki/News#Biology.2FGenetics.2FEvolution_Postdoctoral_Fellow_Position.2C__Fred_Hutchinson_Cancer_Research_Center_.28091006.29_New.21.21 Biology/Genetics/Evolution Postdoctoral Fellow Position, Fred Hutchinson Cancer Research Center (091006)][[News|in "News", Job opportunity]]

==Core members==
*'''Kazuhiro Aoki''' (Kyoto University)
*'''Yukinobu Arata''' (RIKEN, Advanced Science Institute)
*'''Hiroshi Ito''' (Kyushu University)
*'''Seiichi Uchida''' (Kyushu University)
*'''Hiromasa Oku''' (Gunma University)
*'''Akatsuki Kimura''' (Cell Architecture Laboratory, National Institute of Genetics)
*'''Katsuyuki Kunida''' (NAIST)
*'''Tetsuya J. Kobayashi''' (Institute of Industrial Science, the University of Tokyo)
*'''Kaoru Sugimura''' (iCeMS, Kyoto University)
*'''Takao K Suzuki''' (Graduate School of Science, the University of Tokyo)
*'''Madoka Suzuki''' (Osaka University)
*'''Hiroaki Takagi''' (Department of Physics, School of Medicine, Nara Medical University)
*'''Jun-nosuke Teramae''' (Kyoto University)
*'''Yuki Tsukada''' (Division of Biological Science, Graduate School of Science, Nagoya University)
*'''Itoshi Nikaido''' (RIKEN)
*'''Shigenori Nonaka''' (NIBB)
*'''Kayo Hibino'''(National Institute of Genetics)
*'''Tsuyoshi Hirashima''' (Kyoto University)
*'''Noriko Hiroi''' (Sanyo-Onoda City University)
*'''Akira Funahashi''' (Department of Biosciences and Informatics, Keio University)
*'''Yusuke T. Maeda''' (Kyushu University)
*'''Takashi Murata''' (NIBB)
 
 
tentatively away: 
*'''Rinshi S. Kasai''' (Institute for Integrated Cell-Material Sciences,Kyoto University)
*'''Shuji Ishihara''' (Meiji University)
*'''Kazuhisa Kinoshita''' (RIKEN Advanced Science Institute)
*'''Hiroshi Kimura''' (Department of Mechanical Engineering, Tokai University)
*'''Satoshi Sawai''' (Graduate School of Arts and Sciences, University of Tokyo)
*'''Hidekazu Tsutsui''' (JAIST)
*'''Takahiro Harada'''
*'''Yutaka Matsubayashi''' (King’s College London)

== Acknowledgement ==
We are grateful to Dr. Aitor Gonza ́ lez (Institute for Virus Research, Kyoto University, Japan) , Dr. Jonathan James Ward (Cellular architecture Group, Cell Biology and Biophysics Unit, EMBL-Heidelberg, Germany), Kris Popendorf (Bioinformatics Laboratory, Department of Bioscience and Informatics, Keio University, Japan) for kindly editing of the English manuscript of this webpage with helpful comments.

コアメンバー世話人一覧

2021-02-14T06:09:53Z

Tsuzuki:

==定量生物学の会コアメンバー一覧 ==
発生生物学・細胞生物学・分子生物学・生物物理学・1分子生物学・数理生物学・バイオインフォマティクス・バイオイメージング・生命工学などの、各分野を牽引してゆくポテンシャルと熱意を秘めていると思われる若手研究者が広く集まっています。

*青木　一洋 (基礎生物学研究所)
*荒田　幸信 (独立行政法人理化学研究所基幹研究所)
*伊藤　浩史 (九州大学芸術工学府デザイン人間科学コース)
*内田　誠一 (九州大学大学院システム情報科学研究院)
*奥　　寛雅 (群馬大学)
*木村　暁　 (国立遺伝学研究所)
*国田　勝行 (奈良先端科学技術大学院大学)
*小林　徹也 (東京大学生産技術研究所)
*杉村　薫　 (京都大学 iCeMS)
*鈴木　誉保 (東京大学理学系研究科)
*鈴木　団　 (大阪大学)
*高木　拓明 (公立大学法人奈良県立医科大学医学部)
*塚田　祐基 (名古屋大学大学院理学研究科)
*寺前　順之介 (京都大学)
*二階堂　愛 (独立行政法人理化学研究所)
*野中　茂紀（基礎生物学研究所）
*日比野　佳代 (国立遺伝学研究所)
*平島　剛志（京都大学）
*広井　賀子 (山口東京理科大学)
*舟橋　啓　 (慶應義塾大学理工学部)
*前多　裕介 (九州大学)
*村田　隆（基礎生物学研究所）
 
休部中:
*石原　秀至 (東京大学大学院総合文化研究科)
*笠井　倫志 (京都大学再生医科学研究所)
*木下　和久 (独立行政法人理化学研究所基幹研究所)
*木村　啓志 (東海大学機械工学科)
*澤井　哲　 (東京大学大学院総合文化研究科)
*筒井　秀和 (北陸先端大学)
*原田　崇広
*松林　完　 (King’s College London)
 

==定量生物学の会世話人一覧 ==
*小林　徹也 (東京大学生産技術研究所)
*杉村　薫　 (京都大学 iCeMS)
*高木　拓明 (公立大学法人奈良県立医科大学医学部)
*舟橋　啓　 (慶應義塾大学理工学部)

Caravan 2019

2019-08-01T05:41:15Z

Tsuzuki: /* ショートトーク（2019年 11月6日午後, 7日午前） */

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019 最新情報 ==
* Newウェブサイトを作成しました (20190711)。

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　参加登録 ==
 参加登録開始は8月ごろを予定しています。 

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　要旨登録 ==
参加登録後にご連絡いたします。

== 北海道キャラバン 2019の概要==
===目的===
定量生物学の会は、定量的な解析から生命システムの定性的な性質を明らかにすることを
目指す生命科学について、その方向性や解決すべき点などを具体的な問題設定のもとで
議論する場として、2008年から本格的に活動を開始しました。今年で11年目を迎えます。
生命科学の幅広い領域から研究者が集い、オープンな雰囲気で議論を進めています。

今回、初めて北海道大学で行うキャラバン（定量生物学の会の遠征）では
３つの口頭セッションと、チュートリアル、ポスターセッションを企画しました。

セッションでは、定量するからこそ理解できる生物学に取り組んでいる方々はもちろん、
定量的な方法論を進めるために重要な自動化や工学技術を駆使した生物学、
さらに定量や数理的な理解が解明の鍵となる生命現象を扱っている研究者の方々に講演をお願いしました。
チュートリアルは、主にセッションの議論を深めるための体系的な知識の共有を目的にしていますが、
今回は液-液相分離の理論的背景についてお願いしました。
さらに参加者同士の交流を図るべく、ポスターセッションと懇親会も企画しています。

===セッション===


===チュートリアル===


==日時・場所・参加費==
*日時：2019年11月6日(水)、11月7日(木)
*場所：北海道大学　北海道大学創成科学研究棟 [http://www.cris.hokudai.ac.jp/cris/ ホール]
* 参加費: 例年程度(2000~3000円)を予定。希望者のみ別途、お弁当代と懇親会のアルコール代の実費をお支払いただきます。支払い手続きおよび領収書の発行はPaypal経由で行います。
* 参加上限人数: 100人程度を予定

== キャラバン参加時の注意事項 ==
今後更新していきます。

*会場アクセス
** to be announced

*会場
** to be announced

*参加費・お弁当代・お酒代について
**参加費等のお支払いは、paypalシステムのご利用をお願いする予定です。方法についての詳しいご連絡は10月にメールにてお送りさせて頂きます。 注: 当日の支払受付は予定しておりません。
**領収書について
***paypalシステムでは、受領書の自動発行が可能です。内訳ごとの金額が表示された印刷用pdfファイルが生成できます。

* ネットワーク
** to be announced

*情報掲示について
**会場にボードを設置します。ポスドク募集や学会情報などA4 1枚の掲示が可能ですのでぜひご利用ください。

== 企画プログラム ==
要UPDATE
=== [[2018_9thqbio_tutorial | チュートリアル（2019年 11月6日午前）]] ===
* 舘野道雄（東大・生産研）：'''液ー液相分離'''
* もう一件予定

=== セッション（2019年 11月6日午後、7日） ===
====セッション1'''「生命現象の物理的理解(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳澤実穂（東京大・総合文化研究科）：
* 佐藤勝彦（北大・電子研）：
* 北村　朗（北大・大学院生命科学研究院）：
* 車　兪澈（東工大）

==== セッション2'''「飛躍する定量化技術(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳川正隆（理研）：
* 神田元紀（理研・BDR）: 
* 杉浦　綾（農研機構・RCAIT）: 

====セッション3'''「定量生物学最前線(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 中川　真（北大・薬学）
* 山口良文（北大・低温科学研究所）
* 谷口雄一（理研・BDR）
* 2名調整中

=== ショートトーク（2019年 11月6日午後、7日午前） ===
====ショートトークセッション1====
* TBA
====ショートトークセッション2====
* TBA

=== ポスターセッション（2019年 11月6日午後、7日午後） ===
*ポスター内容
** ポスターの発表者とタイトル一覧を後日掲載します。


==発表形式==
* 口頭発表
** 招待講演：発表25分＋質疑応答5分(予定)
**ショートトーク：発表11分＋質疑応答3分＋交代1分(予定)
* 一般参加者の発表


==スケジュール(予定)==
===6日===
* 09:00-10:30 チュートリアル1
* 10:45-12:15 チュートリアル2
* 12:15-13:15 昼食
* 13:15-13:30 オープンニング
* 13:30-15:30 セッション１
* 15:30-16:00 ショートトーク
* 16:00-18:00 ポスター

===7日===
* 10:00-11:30 セッション2
* 11:30-12:00 ショートトーク
* 14:00-16:30 セッション3
* 16:30-17:00 ポスター
* 17:00-17:30 全体討議
* 17:30-17:40 閉会

== キャラバン@北大企画・運営 (あいうえお順)==
* 上原亮太（北海道大学）
* 北村　朗（北海道大学）
* 小林徹也（東京大学）
* 塚田祐基（名古屋大学）
* 中岡慎治（北海道大学）

== 共催・協賛・スポンサー==

2019年キャラバンは
北海道大学数理・データサイエンス教育センター(MDSC)[https://www.mdsc.hokudai.ac.jp/mds/]との共催です。
 

== 問い合わせ先 ==
Email: 2019qbio.caravan at gmail.com
（迷惑メール対策のため@をatと表示しています。at を @ に置換してください）

Caravan 2019

2019-08-01T05:40:51Z

Tsuzuki: /* ポスターセッション（2019年 1月13日午後、14日） */

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019 最新情報 ==
* Newウェブサイトを作成しました (20190711)。

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　参加登録 ==
 参加登録開始は8月ごろを予定しています。 

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　要旨登録 ==
参加登録後にご連絡いたします。

== 北海道キャラバン 2019の概要==
===目的===
定量生物学の会は、定量的な解析から生命システムの定性的な性質を明らかにすることを
目指す生命科学について、その方向性や解決すべき点などを具体的な問題設定のもとで
議論する場として、2008年から本格的に活動を開始しました。今年で11年目を迎えます。
生命科学の幅広い領域から研究者が集い、オープンな雰囲気で議論を進めています。

今回、初めて北海道大学で行うキャラバン（定量生物学の会の遠征）では
３つの口頭セッションと、チュートリアル、ポスターセッションを企画しました。

セッションでは、定量するからこそ理解できる生物学に取り組んでいる方々はもちろん、
定量的な方法論を進めるために重要な自動化や工学技術を駆使した生物学、
さらに定量や数理的な理解が解明の鍵となる生命現象を扱っている研究者の方々に講演をお願いしました。
チュートリアルは、主にセッションの議論を深めるための体系的な知識の共有を目的にしていますが、
今回は液-液相分離の理論的背景についてお願いしました。
さらに参加者同士の交流を図るべく、ポスターセッションと懇親会も企画しています。

===セッション===


===チュートリアル===


==日時・場所・参加費==
*日時：2019年11月6日(水)、11月7日(木)
*場所：北海道大学　北海道大学創成科学研究棟 [http://www.cris.hokudai.ac.jp/cris/ ホール]
* 参加費: 例年程度(2000~3000円)を予定。希望者のみ別途、お弁当代と懇親会のアルコール代の実費をお支払いただきます。支払い手続きおよび領収書の発行はPaypal経由で行います。
* 参加上限人数: 100人程度を予定

== キャラバン参加時の注意事項 ==
今後更新していきます。

*会場アクセス
** to be announced

*会場
** to be announced

*参加費・お弁当代・お酒代について
**参加費等のお支払いは、paypalシステムのご利用をお願いする予定です。方法についての詳しいご連絡は10月にメールにてお送りさせて頂きます。 注: 当日の支払受付は予定しておりません。
**領収書について
***paypalシステムでは、受領書の自動発行が可能です。内訳ごとの金額が表示された印刷用pdfファイルが生成できます。

* ネットワーク
** to be announced

*情報掲示について
**会場にボードを設置します。ポスドク募集や学会情報などA4 1枚の掲示が可能ですのでぜひご利用ください。

== 企画プログラム ==
要UPDATE
=== [[2018_9thqbio_tutorial | チュートリアル（2019年 11月6日午前）]] ===
* 舘野道雄（東大・生産研）：'''液ー液相分離'''
* もう一件予定

=== セッション（2019年 11月6日午後、7日） ===
====セッション1'''「生命現象の物理的理解(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳澤実穂（東京大・総合文化研究科）：
* 佐藤勝彦（北大・電子研）：
* 北村　朗（北大・大学院生命科学研究院）：
* 車　兪澈（東工大）

==== セッション2'''「飛躍する定量化技術(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳川正隆（理研）：
* 神田元紀（理研・BDR）: 
* 杉浦　綾（農研機構・RCAIT）: 

====セッション3'''「定量生物学最前線(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 中川　真（北大・薬学）
* 山口良文（北大・低温科学研究所）
* 谷口雄一（理研・BDR）
* 2名調整中

=== ショートトーク（2019年 11月6日午後, 7日午前） ===
====ショートトークセッション1====
* TBA
====ショートトークセッション2====
* TBA

=== ポスターセッション（2019年 11月6日午後、7日午後） ===
*ポスター内容
** ポスターの発表者とタイトル一覧を後日掲載します。


==発表形式==
* 口頭発表
** 招待講演：発表25分＋質疑応答5分(予定)
**ショートトーク：発表11分＋質疑応答3分＋交代1分(予定)
* 一般参加者の発表


==スケジュール(予定)==
===6日===
* 09:00-10:30 チュートリアル1
* 10:45-12:15 チュートリアル2
* 12:15-13:15 昼食
* 13:15-13:30 オープンニング
* 13:30-15:30 セッション１
* 15:30-16:00 ショートトーク
* 16:00-18:00 ポスター

===7日===
* 10:00-11:30 セッション2
* 11:30-12:00 ショートトーク
* 14:00-16:30 セッション3
* 16:30-17:00 ポスター
* 17:00-17:30 全体討議
* 17:30-17:40 閉会

== キャラバン@北大企画・運営 (あいうえお順)==
* 上原亮太（北海道大学）
* 北村　朗（北海道大学）
* 小林徹也（東京大学）
* 塚田祐基（名古屋大学）
* 中岡慎治（北海道大学）

== 共催・協賛・スポンサー==

2019年キャラバンは
北海道大学数理・データサイエンス教育センター(MDSC)[https://www.mdsc.hokudai.ac.jp/mds/]との共催です。
 

== 問い合わせ先 ==
Email: 2019qbio.caravan at gmail.com
（迷惑メール対策のため@をatと表示しています。at を @ に置換してください）

Caravan 2019

2019-08-01T05:39:50Z

Tsuzuki: /* セッション3「定量生物学最前線(仮)」 */

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019 最新情報 ==
* Newウェブサイトを作成しました (20190711)。

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　参加登録 ==
 参加登録開始は8月ごろを予定しています。 

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　要旨登録 ==
参加登録後にご連絡いたします。

== 北海道キャラバン 2019の概要==
===目的===
定量生物学の会は、定量的な解析から生命システムの定性的な性質を明らかにすることを
目指す生命科学について、その方向性や解決すべき点などを具体的な問題設定のもとで
議論する場として、2008年から本格的に活動を開始しました。今年で11年目を迎えます。
生命科学の幅広い領域から研究者が集い、オープンな雰囲気で議論を進めています。

今回、初めて北海道大学で行うキャラバン（定量生物学の会の遠征）では
３つの口頭セッションと、チュートリアル、ポスターセッションを企画しました。

セッションでは、定量するからこそ理解できる生物学に取り組んでいる方々はもちろん、
定量的な方法論を進めるために重要な自動化や工学技術を駆使した生物学、
さらに定量や数理的な理解が解明の鍵となる生命現象を扱っている研究者の方々に講演をお願いしました。
チュートリアルは、主にセッションの議論を深めるための体系的な知識の共有を目的にしていますが、
今回は液-液相分離の理論的背景についてお願いしました。
さらに参加者同士の交流を図るべく、ポスターセッションと懇親会も企画しています。

===セッション===


===チュートリアル===


==日時・場所・参加費==
*日時：2019年11月6日(水)、11月7日(木)
*場所：北海道大学　北海道大学創成科学研究棟 [http://www.cris.hokudai.ac.jp/cris/ ホール]
* 参加費: 例年程度(2000~3000円)を予定。希望者のみ別途、お弁当代と懇親会のアルコール代の実費をお支払いただきます。支払い手続きおよび領収書の発行はPaypal経由で行います。
* 参加上限人数: 100人程度を予定

== キャラバン参加時の注意事項 ==
今後更新していきます。

*会場アクセス
** to be announced

*会場
** to be announced

*参加費・お弁当代・お酒代について
**参加費等のお支払いは、paypalシステムのご利用をお願いする予定です。方法についての詳しいご連絡は10月にメールにてお送りさせて頂きます。 注: 当日の支払受付は予定しておりません。
**領収書について
***paypalシステムでは、受領書の自動発行が可能です。内訳ごとの金額が表示された印刷用pdfファイルが生成できます。

* ネットワーク
** to be announced

*情報掲示について
**会場にボードを設置します。ポスドク募集や学会情報などA4 1枚の掲示が可能ですのでぜひご利用ください。

== 企画プログラム ==
要UPDATE
=== [[2018_9thqbio_tutorial | チュートリアル（2019年 11月6日午前）]] ===
* 舘野道雄（東大・生産研）：'''液ー液相分離'''
* もう一件予定

=== セッション（2019年 11月6日午後、7日） ===
====セッション1'''「生命現象の物理的理解(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳澤実穂（東京大・総合文化研究科）：
* 佐藤勝彦（北大・電子研）：
* 北村　朗（北大・大学院生命科学研究院）：
* 車　兪澈（東工大）

==== セッション2'''「飛躍する定量化技術(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳川正隆（理研）：
* 神田元紀（理研・BDR）: 
* 杉浦　綾（農研機構・RCAIT）: 

====セッション3'''「定量生物学最前線(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 中川　真（北大・薬学）
* 山口良文（北大・低温科学研究所）
* 谷口雄一（理研・BDR）
* 2名調整中

=== ショートトーク（2019年 11月6日午後, 7日午前） ===
====ショートトークセッション1====
* TBA
====ショートトークセッション2====
* TBA

=== ポスターセッション（2019年 1月13日午後、14日） ===
*ポスター内容
** ポスターの発表者とタイトル一覧を後日掲載します。


==発表形式==
* 口頭発表
** 招待講演：発表25分＋質疑応答5分(予定)
**ショートトーク：発表11分＋質疑応答3分＋交代1分(予定)
* 一般参加者の発表


==スケジュール(予定)==
===6日===
* 09:00-10:30 チュートリアル1
* 10:45-12:15 チュートリアル2
* 12:15-13:15 昼食
* 13:15-13:30 オープンニング
* 13:30-15:30 セッション１
* 15:30-16:00 ショートトーク
* 16:00-18:00 ポスター

===7日===
* 10:00-11:30 セッション2
* 11:30-12:00 ショートトーク
* 14:00-16:30 セッション3
* 16:30-17:00 ポスター
* 17:00-17:30 全体討議
* 17:30-17:40 閉会

== キャラバン@北大企画・運営 (あいうえお順)==
* 上原亮太（北海道大学）
* 北村　朗（北海道大学）
* 小林徹也（東京大学）
* 塚田祐基（名古屋大学）
* 中岡慎治（北海道大学）

== 共催・協賛・スポンサー==

2019年キャラバンは
北海道大学数理・データサイエンス教育センター(MDSC)[https://www.mdsc.hokudai.ac.jp/mds/]との共催です。
 

== 問い合わせ先 ==
Email: 2019qbio.caravan at gmail.com
（迷惑メール対策のため@をatと表示しています。at を @ に置換してください）

Caravan 2019

2019-07-23T06:03:05Z

Tsuzuki: /* キャラバン@北大企画・運営 (あいうえお順) */

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019 最新情報 ==
* Newウェブサイトを作成しました (20190711)。

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　参加登録 ==
 参加登録開始は8月ごろを予定しています。 

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　要旨登録 ==
参加登録後にご連絡いたします。

== 北海道キャラバン 2019の概要==
===目的===
定量生物学の会は、定量的な解析から生命システムの定性的な性質を明らかにすることを
目指す生命科学について、その方向性や解決すべき点などを具体的な問題設定のもとで
議論する場として、2008年から本格的に活動を開始しました。今年で11年目を迎えます。
生命科学の幅広い領域から研究者が集い、オープンな雰囲気で議論を進めています。

今回、初めて北海道大学で行うキャラバン（定量生物学の会の遠征）では
３つの口頭セッションと、チュートリアル、ポスターセッションを企画しました。

セッションでは、定量するからこそ理解できる生物学に取り組んでいる方々はもちろん、
定量的な方法論を進めるために重要な自動化や工学技術を駆使した生物学、
さらに定量や数理的な理解が解明の鍵となる生命現象を扱っている研究者の方々に講演をお願いしました。
チュートリアルは、主にセッションの議論を深めるための体系的な知識の共有を目的にしていますが、
今回は液-液相分離の理論的背景についてお願いしました。
さらに参加者同士の交流を図るべく、ポスターセッションと懇親会も企画しています。

===セッション===


===チュートリアル===


==日時・場所・参加費==
*日時：2019年11月6日(水)、11月7日(木)
*場所：北海道大学　北海道大学創成科学研究棟 [http://www.cris.hokudai.ac.jp/cris/ ホール]
* 参加費: 例年程度(2000~3000円)を予定。希望者のみ別途、お弁当代と懇親会のアルコール代の実費をお支払いただきます。支払い手続きおよび領収書の発行はPaypal経由で行います。
* 参加上限人数: 100人程度を予定

== キャラバン参加時の注意事項 ==
今後更新していきます。

*会場アクセス
** to be announced

*会場
** to be announced

*参加費・お弁当代・お酒代について
**参加費等のお支払いは、paypalシステムのご利用をお願いする予定です。方法についての詳しいご連絡は10月にメールにてお送りさせて頂きます。 注: 当日の支払受付は予定しておりません。
**領収書について
***paypalシステムでは、受領書の自動発行が可能です。内訳ごとの金額が表示された印刷用pdfファイルが生成できます。

* ネットワーク
** to be announced

*情報掲示について
**会場にボードを設置します。ポスドク募集や学会情報などA4 1枚の掲示が可能ですのでぜひご利用ください。

== 企画プログラム ==
要UPDATE
=== [[2018_9thqbio_tutorial | チュートリアル（2019年 11月6日午前）]] ===
* 舘野道雄（東大・生産研）：'''液ー液相分離'''
* もう一件予定

=== セッション（2019年 11月6日午後、7日） ===
====セッション1'''「生命現象の物理的理解(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳澤実穂（東京大・総合文化研究科）：
* 佐藤勝彦（北大・電子研）：
* 北村　朗（北大・大学院生命科学研究院）：
* 車　兪澈（東工大）

==== セッション2'''「飛躍する定量化技術(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳川正隆（理研）：
* 神田元紀（理研・BDR）: 
* 杉浦　綾（農研機構・RCAIT）: 

====セッション3'''「定量生物学最前線(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 中川　真（北大・薬学）
* 山口良文（北大・低温科学研究所）
* 谷口　雄（理研・BDR）
* 2名調整中

=== ショートトーク（2019年 11月6日午後, 7日午前） ===
====ショートトークセッション1====
* TBA
====ショートトークセッション2====
* TBA

=== ポスターセッション（2019年 1月13日午後、14日） ===
*ポスター内容
** ポスターの発表者とタイトル一覧を後日掲載します。


==発表形式==
* 口頭発表
** 招待講演：発表25分＋質疑応答5分(予定)
**ショートトーク：発表11分＋質疑応答3分＋交代1分(予定)
* 一般参加者の発表


==スケジュール(予定)==
===6日===
* 09:00-10:30 チュートリアル1
* 10:45-12:15 チュートリアル2
* 12:15-13:15 昼食
* 13:15-13:30 オープンニング
* 13:30-15:30 セッション１
* 15:30-16:00 ショートトーク
* 16:00-18:00 ポスター

===7日===
* 10:00-11:30 セッション2
* 11:30-12:00 ショートトーク
* 14:00-16:30 セッション3
* 16:30-17:00 ポスター
* 17:00-17:30 全体討議
* 17:30-17:40 閉会

== キャラバン@北大企画・運営 (あいうえお順)==
* 上原亮太（北海道大学）
* 北村　朗（北海道大学）
* 小林徹也（東京大学）
* 塚田祐基（名古屋大学）
* 中岡慎治（北海道大学）

== 共催・協賛・スポンサー==

2019年キャラバンは
北海道大学数理・データサイエンス教育センター(MDSC)[https://www.mdsc.hokudai.ac.jp/mds/]との共催です。
 

== 問い合わせ先 ==
Email: 2019qbio.caravan at gmail.com
（迷惑メール対策のため@をatと表示しています。at を @ に置換してください）

Caravan 2019

2019-07-23T06:02:13Z

Tsuzuki: /* セッション2「飛躍する定量化技術(仮)」 */

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019 最新情報 ==
* Newウェブサイトを作成しました (20190711)。

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　参加登録 ==
 参加登録開始は8月ごろを予定しています。 

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　要旨登録 ==
参加登録後にご連絡いたします。

== 北海道キャラバン 2019の概要==
===目的===
定量生物学の会は、定量的な解析から生命システムの定性的な性質を明らかにすることを
目指す生命科学について、その方向性や解決すべき点などを具体的な問題設定のもとで
議論する場として、2008年から本格的に活動を開始しました。今年で11年目を迎えます。
生命科学の幅広い領域から研究者が集い、オープンな雰囲気で議論を進めています。

今回、初めて北海道大学で行うキャラバン（定量生物学の会の遠征）では
３つの口頭セッションと、チュートリアル、ポスターセッションを企画しました。

セッションでは、定量するからこそ理解できる生物学に取り組んでいる方々はもちろん、
定量的な方法論を進めるために重要な自動化や工学技術を駆使した生物学、
さらに定量や数理的な理解が解明の鍵となる生命現象を扱っている研究者の方々に講演をお願いしました。
チュートリアルは、主にセッションの議論を深めるための体系的な知識の共有を目的にしていますが、
今回は液-液相分離の理論的背景についてお願いしました。
さらに参加者同士の交流を図るべく、ポスターセッションと懇親会も企画しています。

===セッション===


===チュートリアル===


==日時・場所・参加費==
*日時：2019年11月6日(水)、11月7日(木)
*場所：北海道大学　北海道大学創成科学研究棟 [http://www.cris.hokudai.ac.jp/cris/ ホール]
* 参加費: 例年程度(2000~3000円)を予定。希望者のみ別途、お弁当代と懇親会のアルコール代の実費をお支払いただきます。支払い手続きおよび領収書の発行はPaypal経由で行います。
* 参加上限人数: 100人程度を予定

== キャラバン参加時の注意事項 ==
今後更新していきます。

*会場アクセス
** to be announced

*会場
** to be announced

*参加費・お弁当代・お酒代について
**参加費等のお支払いは、paypalシステムのご利用をお願いする予定です。方法についての詳しいご連絡は10月にメールにてお送りさせて頂きます。 注: 当日の支払受付は予定しておりません。
**領収書について
***paypalシステムでは、受領書の自動発行が可能です。内訳ごとの金額が表示された印刷用pdfファイルが生成できます。

* ネットワーク
** to be announced

*情報掲示について
**会場にボードを設置します。ポスドク募集や学会情報などA4 1枚の掲示が可能ですのでぜひご利用ください。

== 企画プログラム ==
要UPDATE
=== [[2018_9thqbio_tutorial | チュートリアル（2019年 11月6日午前）]] ===
* 舘野道雄（東大・生産研）：'''液ー液相分離'''
* もう一件予定

=== セッション（2019年 11月6日午後、7日） ===
====セッション1'''「生命現象の物理的理解(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳澤実穂（東京大・総合文化研究科）：
* 佐藤勝彦（北大・電子研）：
* 北村　朗（北大・大学院生命科学研究院）：
* 車　兪澈（東工大）

==== セッション2'''「飛躍する定量化技術(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳川正隆（理研）：
* 神田元紀（理研・BDR）: 
* 杉浦　綾（農研機構・RCAIT）: 

====セッション3'''「定量生物学最前線(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 中川　真（北大・薬学）
* 山口良文（北大・低温科学研究所）
* 谷口　雄（理研・BDR）
* 2名調整中

=== ショートトーク（2019年 11月6日午後, 7日午前） ===
====ショートトークセッション1====
* TBA
====ショートトークセッション2====
* TBA

=== ポスターセッション（2019年 1月13日午後、14日） ===
*ポスター内容
** ポスターの発表者とタイトル一覧を後日掲載します。


==発表形式==
* 口頭発表
** 招待講演：発表25分＋質疑応答5分(予定)
**ショートトーク：発表11分＋質疑応答3分＋交代1分(予定)
* 一般参加者の発表


==スケジュール(予定)==
===6日===
* 09:00-10:30 チュートリアル1
* 10:45-12:15 チュートリアル2
* 12:15-13:15 昼食
* 13:15-13:30 オープンニング
* 13:30-15:30 セッション１
* 15:30-16:00 ショートトーク
* 16:00-18:00 ポスター

===7日===
* 10:00-11:30 セッション2
* 11:30-12:00 ショートトーク
* 14:00-16:30 セッション3
* 16:30-17:00 ポスター
* 17:00-17:30 全体討議
* 17:30-17:40 閉会

== キャラバン@北大企画・運営 (あいうえお順)==
* 上原亮太 (北海道大学)
* 北村朗 (北海道大学)
* 小林徹也 (東京大学)
* 塚田祐基 (名古屋大学)
* 中岡慎治 (北海道大学)

== 共催・協賛・スポンサー==

2019年キャラバンは
北海道大学数理・データサイエンス教育センター(MDSC)[https://www.mdsc.hokudai.ac.jp/mds/]との共催です。
 

== 問い合わせ先 ==
Email: 2019qbio.caravan at gmail.com
（迷惑メール対策のため@をatと表示しています。at を @ に置換してください）

Caravan 2019

2019-07-23T05:57:16Z

Tsuzuki: /* チュートリアル（2019年 11月6日午前） */

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019 最新情報 ==
* Newウェブサイトを作成しました (20190711)。

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　参加登録 ==
 参加登録開始は8月ごろを予定しています。 

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　要旨登録 ==
参加登録後にご連絡いたします。

== 北海道キャラバン 2019の概要==
===目的===
定量生物学の会は、定量的な解析から生命システムの定性的な性質を明らかにすることを
目指す生命科学について、その方向性や解決すべき点などを具体的な問題設定のもとで
議論する場として、2008年から本格的に活動を開始しました。今年で11年目を迎えます。
生命科学の幅広い領域から研究者が集い、オープンな雰囲気で議論を進めています。

今回、初めて北海道大学で行うキャラバン（定量生物学の会の遠征）では
３つの口頭セッションと、チュートリアル、ポスターセッションを企画しました。

セッションでは、定量するからこそ理解できる生物学に取り組んでいる方々はもちろん、
定量的な方法論を進めるために重要な自動化や工学技術を駆使した生物学、
さらに定量や数理的な理解が解明の鍵となる生命現象を扱っている研究者の方々に講演をお願いしました。
チュートリアルは、主にセッションの議論を深めるための体系的な知識の共有を目的にしていますが、
今回は液-液相分離の理論的背景についてお願いしました。
さらに参加者同士の交流を図るべく、ポスターセッションと懇親会も企画しています。

===セッション===


===チュートリアル===


==日時・場所・参加費==
*日時：2019年11月6日(水)、11月7日(木)
*場所：北海道大学　北海道大学創成科学研究棟 [http://www.cris.hokudai.ac.jp/cris/ ホール]
* 参加費: 例年程度(2000~3000円)を予定。希望者のみ別途、お弁当代と懇親会のアルコール代の実費をお支払いただきます。支払い手続きおよび領収書の発行はPaypal経由で行います。
* 参加上限人数: 100人程度を予定

== キャラバン参加時の注意事項 ==
今後更新していきます。

*会場アクセス
** to be announced

*会場
** to be announced

*参加費・お弁当代・お酒代について
**参加費等のお支払いは、paypalシステムのご利用をお願いする予定です。方法についての詳しいご連絡は10月にメールにてお送りさせて頂きます。 注: 当日の支払受付は予定しておりません。
**領収書について
***paypalシステムでは、受領書の自動発行が可能です。内訳ごとの金額が表示された印刷用pdfファイルが生成できます。

* ネットワーク
** to be announced

*情報掲示について
**会場にボードを設置します。ポスドク募集や学会情報などA4 1枚の掲示が可能ですのでぜひご利用ください。

== 企画プログラム ==
要UPDATE
=== [[2018_9thqbio_tutorial | チュートリアル（2019年 11月6日午前）]] ===
* 舘野道雄（東大・生産研）：'''液ー液相分離'''
* もう一件予定

=== セッション（2019年 11月6日午後、7日） ===
====セッション1'''「生命現象の物理的理解(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳澤実穂（東京大・総合文化研究科）：
* 佐藤勝彦（北大・電子研）：
* 北村　朗（北大・大学院生命科学研究院）：
* 車　兪澈（東工大）

==== セッション2'''「飛躍する定量化技術(仮)」'''====
* チェアー:TBA
* 柳川正隆（理研）：
* 神田元紀（理研・BDR）: 
* 杉浦　綾（農研機構・RCAIT）: 

====セッション3'''「定量生物学最前線(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 中川　真（北大・薬学）
* 山口良文（北大・低温科学研究所）
* 谷口　雄（理研・BDR）
* 2名調整中

=== ショートトーク（2019年 11月6日午後, 7日午前） ===
====ショートトークセッション1====
* TBA
====ショートトークセッション2====
* TBA

=== ポスターセッション（2019年 1月13日午後、14日） ===
*ポスター内容
** ポスターの発表者とタイトル一覧を後日掲載します。


==発表形式==
* 口頭発表
** 招待講演：発表25分＋質疑応答5分(予定)
**ショートトーク：発表11分＋質疑応答3分＋交代1分(予定)
* 一般参加者の発表


==スケジュール(予定)==
===6日===
* 09:00-10:30 チュートリアル1
* 10:45-12:15 チュートリアル2
* 12:15-13:15 昼食
* 13:15-13:30 オープンニング
* 13:30-15:30 セッション１
* 15:30-16:00 ショートトーク
* 16:00-18:00 ポスター

===7日===
* 10:00-11:30 セッション2
* 11:30-12:00 ショートトーク
* 14:00-16:30 セッション3
* 16:30-17:00 ポスター
* 17:00-17:30 全体討議
* 17:30-17:40 閉会

== キャラバン@北大企画・運営 (あいうえお順)==
* 上原亮太 (北海道大学)
* 北村朗 (北海道大学)
* 小林徹也 (東京大学)
* 塚田祐基 (名古屋大学)
* 中岡慎治 (北海道大学)

== 共催・協賛・スポンサー==

2019年キャラバンは
北海道大学数理・データサイエンス教育センター(MDSC)[https://www.mdsc.hokudai.ac.jp/mds/]との共催です。
 

== 問い合わせ先 ==
Email: 2019qbio.caravan at gmail.com
（迷惑メール対策のため@をatと表示しています。at を @ に置換してください）

Caravan 2019

2019-07-23T05:56:44Z

Tsuzuki: /* セッション2「飛躍する定量化技術(仮)」 */

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019 最新情報 ==
* Newウェブサイトを作成しました (20190711)。

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　参加登録 ==
 参加登録開始は8月ごろを予定しています。 

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　要旨登録 ==
参加登録後にご連絡いたします。

== 北海道キャラバン 2019の概要==
===目的===
定量生物学の会は、定量的な解析から生命システムの定性的な性質を明らかにすることを
目指す生命科学について、その方向性や解決すべき点などを具体的な問題設定のもとで
議論する場として、2008年から本格的に活動を開始しました。今年で11年目を迎えます。
生命科学の幅広い領域から研究者が集い、オープンな雰囲気で議論を進めています。

今回、初めて北海道大学で行うキャラバン（定量生物学の会の遠征）では
３つの口頭セッションと、チュートリアル、ポスターセッションを企画しました。

セッションでは、定量するからこそ理解できる生物学に取り組んでいる方々はもちろん、
定量的な方法論を進めるために重要な自動化や工学技術を駆使した生物学、
さらに定量や数理的な理解が解明の鍵となる生命現象を扱っている研究者の方々に講演をお願いしました。
チュートリアルは、主にセッションの議論を深めるための体系的な知識の共有を目的にしていますが、
今回は液-液相分離の理論的背景についてお願いしました。
さらに参加者同士の交流を図るべく、ポスターセッションと懇親会も企画しています。

===セッション===


===チュートリアル===


==日時・場所・参加費==
*日時：2019年11月6日(水)、11月7日(木)
*場所：北海道大学　北海道大学創成科学研究棟 [http://www.cris.hokudai.ac.jp/cris/ ホール]
* 参加費: 例年程度(2000~3000円)を予定。希望者のみ別途、お弁当代と懇親会のアルコール代の実費をお支払いただきます。支払い手続きおよび領収書の発行はPaypal経由で行います。
* 参加上限人数: 100人程度を予定

== キャラバン参加時の注意事項 ==
今後更新していきます。

*会場アクセス
** to be announced

*会場
** to be announced

*参加費・お弁当代・お酒代について
**参加費等のお支払いは、paypalシステムのご利用をお願いする予定です。方法についての詳しいご連絡は10月にメールにてお送りさせて頂きます。 注: 当日の支払受付は予定しておりません。
**領収書について
***paypalシステムでは、受領書の自動発行が可能です。内訳ごとの金額が表示された印刷用pdfファイルが生成できます。

* ネットワーク
** to be announced

*情報掲示について
**会場にボードを設置します。ポスドク募集や学会情報などA4 1枚の掲示が可能ですのでぜひご利用ください。

== 企画プログラム ==
要UPDATE
=== [[2018_9thqbio_tutorial | チュートリアル（2019年 11月6日午前）]] ===
* 舘野道雄 (東大・生産研)：'''液ー液相分離'''
* もう一件予定

=== セッション（2019年 11月6日午後、7日） ===
====セッション1'''「生命現象の物理的理解(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳澤実穂（東京大・総合文化研究科）：
* 佐藤勝彦（北大・電子研）：
* 北村　朗（北大・大学院生命科学研究院）：
* 車　兪澈（東工大）

==== セッション2'''「飛躍する定量化技術(仮)」'''====
* チェアー:TBA
* 柳川正隆（理研）：
* 神田元紀（理研・BDR）: 
* 杉浦　綾（農研機構・RCAIT）: 

====セッション3'''「定量生物学最前線(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 中川　真（北大・薬学）
* 山口良文（北大・低温科学研究所）
* 谷口　雄（理研・BDR）
* 2名調整中

=== ショートトーク（2019年 11月6日午後, 7日午前） ===
====ショートトークセッション1====
* TBA
====ショートトークセッション2====
* TBA

=== ポスターセッション（2019年 1月13日午後、14日） ===
*ポスター内容
** ポスターの発表者とタイトル一覧を後日掲載します。


==発表形式==
* 口頭発表
** 招待講演：発表25分＋質疑応答5分(予定)
**ショートトーク：発表11分＋質疑応答3分＋交代1分(予定)
* 一般参加者の発表


==スケジュール(予定)==
===6日===
* 09:00-10:30 チュートリアル1
* 10:45-12:15 チュートリアル2
* 12:15-13:15 昼食
* 13:15-13:30 オープンニング
* 13:30-15:30 セッション１
* 15:30-16:00 ショートトーク
* 16:00-18:00 ポスター

===7日===
* 10:00-11:30 セッション2
* 11:30-12:00 ショートトーク
* 14:00-16:30 セッション3
* 16:30-17:00 ポスター
* 17:00-17:30 全体討議
* 17:30-17:40 閉会

== キャラバン@北大企画・運営 (あいうえお順)==
* 上原亮太 (北海道大学)
* 北村朗 (北海道大学)
* 小林徹也 (東京大学)
* 塚田祐基 (名古屋大学)
* 中岡慎治 (北海道大学)

== 共催・協賛・スポンサー==

2019年キャラバンは
北海道大学数理・データサイエンス教育センター(MDSC)[https://www.mdsc.hokudai.ac.jp/mds/]との共催です。
 

== 問い合わせ先 ==
Email: 2019qbio.caravan at gmail.com
（迷惑メール対策のため@をatと表示しています。at を @ に置換してください）

Caravan 2019

2019-07-23T05:56:30Z

Tsuzuki: /* セッション3「定量生物学最前線(仮)」 */

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019 最新情報 ==
* Newウェブサイトを作成しました (20190711)。

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　参加登録 ==
 参加登録開始は8月ごろを予定しています。 

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　要旨登録 ==
参加登録後にご連絡いたします。

== 北海道キャラバン 2019の概要==
===目的===
定量生物学の会は、定量的な解析から生命システムの定性的な性質を明らかにすることを
目指す生命科学について、その方向性や解決すべき点などを具体的な問題設定のもとで
議論する場として、2008年から本格的に活動を開始しました。今年で11年目を迎えます。
生命科学の幅広い領域から研究者が集い、オープンな雰囲気で議論を進めています。

今回、初めて北海道大学で行うキャラバン（定量生物学の会の遠征）では
３つの口頭セッションと、チュートリアル、ポスターセッションを企画しました。

セッションでは、定量するからこそ理解できる生物学に取り組んでいる方々はもちろん、
定量的な方法論を進めるために重要な自動化や工学技術を駆使した生物学、
さらに定量や数理的な理解が解明の鍵となる生命現象を扱っている研究者の方々に講演をお願いしました。
チュートリアルは、主にセッションの議論を深めるための体系的な知識の共有を目的にしていますが、
今回は液-液相分離の理論的背景についてお願いしました。
さらに参加者同士の交流を図るべく、ポスターセッションと懇親会も企画しています。

===セッション===


===チュートリアル===


==日時・場所・参加費==
*日時：2019年11月6日(水)、11月7日(木)
*場所：北海道大学　北海道大学創成科学研究棟 [http://www.cris.hokudai.ac.jp/cris/ ホール]
* 参加費: 例年程度(2000~3000円)を予定。希望者のみ別途、お弁当代と懇親会のアルコール代の実費をお支払いただきます。支払い手続きおよび領収書の発行はPaypal経由で行います。
* 参加上限人数: 100人程度を予定

== キャラバン参加時の注意事項 ==
今後更新していきます。

*会場アクセス
** to be announced

*会場
** to be announced

*参加費・お弁当代・お酒代について
**参加費等のお支払いは、paypalシステムのご利用をお願いする予定です。方法についての詳しいご連絡は10月にメールにてお送りさせて頂きます。 注: 当日の支払受付は予定しておりません。
**領収書について
***paypalシステムでは、受領書の自動発行が可能です。内訳ごとの金額が表示された印刷用pdfファイルが生成できます。

* ネットワーク
** to be announced

*情報掲示について
**会場にボードを設置します。ポスドク募集や学会情報などA4 1枚の掲示が可能ですのでぜひご利用ください。

== 企画プログラム ==
要UPDATE
=== [[2018_9thqbio_tutorial | チュートリアル（2019年 11月6日午前）]] ===
* 舘野道雄 (東大・生産研)：'''液ー液相分離'''
* もう一件予定

=== セッション（2019年 11月6日午後、7日） ===
====セッション1'''「生命現象の物理的理解(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳澤実穂（東京大・総合文化研究科）：
* 佐藤勝彦（北大・電子研）：
* 北村　朗（北大・大学院生命科学研究院）：
* 車　兪澈（東工大）

==== セッション2'''「飛躍する定量化技術(仮)」'''====
* チェアー:TBA
* 柳川正隆（理研）：
* 神田元紀（理研BDR）: 
* 杉浦　綾（農研機構RCAIT）: 

====セッション3'''「定量生物学最前線(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 中川　真（北大・薬学）
* 山口良文（北大・低温科学研究所）
* 谷口　雄（理研・BDR）
* 2名調整中

=== ショートトーク（2019年 11月6日午後, 7日午前） ===
====ショートトークセッション1====
* TBA
====ショートトークセッション2====
* TBA

=== ポスターセッション（2019年 1月13日午後、14日） ===
*ポスター内容
** ポスターの発表者とタイトル一覧を後日掲載します。


==発表形式==
* 口頭発表
** 招待講演：発表25分＋質疑応答5分(予定)
**ショートトーク：発表11分＋質疑応答3分＋交代1分(予定)
* 一般参加者の発表


==スケジュール(予定)==
===6日===
* 09:00-10:30 チュートリアル1
* 10:45-12:15 チュートリアル2
* 12:15-13:15 昼食
* 13:15-13:30 オープンニング
* 13:30-15:30 セッション１
* 15:30-16:00 ショートトーク
* 16:00-18:00 ポスター

===7日===
* 10:00-11:30 セッション2
* 11:30-12:00 ショートトーク
* 14:00-16:30 セッション3
* 16:30-17:00 ポスター
* 17:00-17:30 全体討議
* 17:30-17:40 閉会

== キャラバン@北大企画・運営 (あいうえお順)==
* 上原亮太 (北海道大学)
* 北村朗 (北海道大学)
* 小林徹也 (東京大学)
* 塚田祐基 (名古屋大学)
* 中岡慎治 (北海道大学)

== 共催・協賛・スポンサー==

2019年キャラバンは
北海道大学数理・データサイエンス教育センター(MDSC)[https://www.mdsc.hokudai.ac.jp/mds/]との共催です。
 

== 問い合わせ先 ==
Email: 2019qbio.caravan at gmail.com
（迷惑メール対策のため@をatと表示しています。at を @ に置換してください）

Caravan 2019

2019-07-23T05:56:02Z

Tsuzuki: /* セッション1「生命現象の物理的理解(仮)」 */

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019 最新情報 ==
* Newウェブサイトを作成しました (20190711)。

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　参加登録 ==
 参加登録開始は8月ごろを予定しています。 

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　要旨登録 ==
参加登録後にご連絡いたします。

== 北海道キャラバン 2019の概要==
===目的===
定量生物学の会は、定量的な解析から生命システムの定性的な性質を明らかにすることを
目指す生命科学について、その方向性や解決すべき点などを具体的な問題設定のもとで
議論する場として、2008年から本格的に活動を開始しました。今年で11年目を迎えます。
生命科学の幅広い領域から研究者が集い、オープンな雰囲気で議論を進めています。

今回、初めて北海道大学で行うキャラバン（定量生物学の会の遠征）では
３つの口頭セッションと、チュートリアル、ポスターセッションを企画しました。

セッションでは、定量するからこそ理解できる生物学に取り組んでいる方々はもちろん、
定量的な方法論を進めるために重要な自動化や工学技術を駆使した生物学、
さらに定量や数理的な理解が解明の鍵となる生命現象を扱っている研究者の方々に講演をお願いしました。
チュートリアルは、主にセッションの議論を深めるための体系的な知識の共有を目的にしていますが、
今回は液-液相分離の理論的背景についてお願いしました。
さらに参加者同士の交流を図るべく、ポスターセッションと懇親会も企画しています。

===セッション===


===チュートリアル===


==日時・場所・参加費==
*日時：2019年11月6日(水)、11月7日(木)
*場所：北海道大学　北海道大学創成科学研究棟 [http://www.cris.hokudai.ac.jp/cris/ ホール]
* 参加費: 例年程度(2000~3000円)を予定。希望者のみ別途、お弁当代と懇親会のアルコール代の実費をお支払いただきます。支払い手続きおよび領収書の発行はPaypal経由で行います。
* 参加上限人数: 100人程度を予定

== キャラバン参加時の注意事項 ==
今後更新していきます。

*会場アクセス
** to be announced

*会場
** to be announced

*参加費・お弁当代・お酒代について
**参加費等のお支払いは、paypalシステムのご利用をお願いする予定です。方法についての詳しいご連絡は10月にメールにてお送りさせて頂きます。 注: 当日の支払受付は予定しておりません。
**領収書について
***paypalシステムでは、受領書の自動発行が可能です。内訳ごとの金額が表示された印刷用pdfファイルが生成できます。

* ネットワーク
** to be announced

*情報掲示について
**会場にボードを設置します。ポスドク募集や学会情報などA4 1枚の掲示が可能ですのでぜひご利用ください。

== 企画プログラム ==
要UPDATE
=== [[2018_9thqbio_tutorial | チュートリアル（2019年 11月6日午前）]] ===
* 舘野道雄 (東大・生産研)：'''液ー液相分離'''
* もう一件予定

=== セッション（2019年 11月6日午後、7日） ===
====セッション1'''「生命現象の物理的理解(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳澤実穂（東京大・総合文化研究科）：
* 佐藤勝彦（北大・電子研）：
* 北村　朗（北大・大学院生命科学研究院）：
* 車　兪澈（東工大）

==== セッション2'''「飛躍する定量化技術(仮)」'''====
* チェアー:TBA
* 柳川正隆（理研）：
* 神田元紀（理研BDR）: 
* 杉浦　綾（農研機構RCAIT）: 

====セッション3'''「定量生物学最前線(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 中川真（北大・薬学）
*山口良文（北大・低温科学研究所）
* 谷口雄（理研・BDR）
* 2名調整中

=== ショートトーク（2019年 11月6日午後, 7日午前） ===
====ショートトークセッション1====
* TBA
====ショートトークセッション2====
* TBA

=== ポスターセッション（2019年 1月13日午後、14日） ===
*ポスター内容
** ポスターの発表者とタイトル一覧を後日掲載します。


==発表形式==
* 口頭発表
** 招待講演：発表25分＋質疑応答5分(予定)
**ショートトーク：発表11分＋質疑応答3分＋交代1分(予定)
* 一般参加者の発表


==スケジュール(予定)==
===6日===
* 09:00-10:30 チュートリアル1
* 10:45-12:15 チュートリアル2
* 12:15-13:15 昼食
* 13:15-13:30 オープンニング
* 13:30-15:30 セッション１
* 15:30-16:00 ショートトーク
* 16:00-18:00 ポスター

===7日===
* 10:00-11:30 セッション2
* 11:30-12:00 ショートトーク
* 14:00-16:30 セッション3
* 16:30-17:00 ポスター
* 17:00-17:30 全体討議
* 17:30-17:40 閉会

== キャラバン@北大企画・運営 (あいうえお順)==
* 上原亮太 (北海道大学)
* 北村朗 (北海道大学)
* 小林徹也 (東京大学)
* 塚田祐基 (名古屋大学)
* 中岡慎治 (北海道大学)

== 共催・協賛・スポンサー==

2019年キャラバンは
北海道大学数理・データサイエンス教育センター(MDSC)[https://www.mdsc.hokudai.ac.jp/mds/]との共催です。
 

== 問い合わせ先 ==
Email: 2019qbio.caravan at gmail.com
（迷惑メール対策のため@をatと表示しています。at を @ に置換してください）

Caravan 2019

2019-07-23T05:55:40Z

Tsuzuki: /* セッション2「飛躍する定量化技術(仮)」 */

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019 最新情報 ==
* Newウェブサイトを作成しました (20190711)。

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　参加登録 ==
 参加登録開始は8月ごろを予定しています。 

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　要旨登録 ==
参加登録後にご連絡いたします。

== 北海道キャラバン 2019の概要==
===目的===
定量生物学の会は、定量的な解析から生命システムの定性的な性質を明らかにすることを
目指す生命科学について、その方向性や解決すべき点などを具体的な問題設定のもとで
議論する場として、2008年から本格的に活動を開始しました。今年で11年目を迎えます。
生命科学の幅広い領域から研究者が集い、オープンな雰囲気で議論を進めています。

今回、初めて北海道大学で行うキャラバン（定量生物学の会の遠征）では
３つの口頭セッションと、チュートリアル、ポスターセッションを企画しました。

セッションでは、定量するからこそ理解できる生物学に取り組んでいる方々はもちろん、
定量的な方法論を進めるために重要な自動化や工学技術を駆使した生物学、
さらに定量や数理的な理解が解明の鍵となる生命現象を扱っている研究者の方々に講演をお願いしました。
チュートリアルは、主にセッションの議論を深めるための体系的な知識の共有を目的にしていますが、
今回は液-液相分離の理論的背景についてお願いしました。
さらに参加者同士の交流を図るべく、ポスターセッションと懇親会も企画しています。

===セッション===


===チュートリアル===


==日時・場所・参加費==
*日時：2019年11月6日(水)、11月7日(木)
*場所：北海道大学　北海道大学創成科学研究棟 [http://www.cris.hokudai.ac.jp/cris/ ホール]
* 参加費: 例年程度(2000~3000円)を予定。希望者のみ別途、お弁当代と懇親会のアルコール代の実費をお支払いただきます。支払い手続きおよび領収書の発行はPaypal経由で行います。
* 参加上限人数: 100人程度を予定

== キャラバン参加時の注意事項 ==
今後更新していきます。

*会場アクセス
** to be announced

*会場
** to be announced

*参加費・お弁当代・お酒代について
**参加費等のお支払いは、paypalシステムのご利用をお願いする予定です。方法についての詳しいご連絡は10月にメールにてお送りさせて頂きます。 注: 当日の支払受付は予定しておりません。
**領収書について
***paypalシステムでは、受領書の自動発行が可能です。内訳ごとの金額が表示された印刷用pdfファイルが生成できます。

* ネットワーク
** to be announced

*情報掲示について
**会場にボードを設置します。ポスドク募集や学会情報などA4 1枚の掲示が可能ですのでぜひご利用ください。

== 企画プログラム ==
要UPDATE
=== [[2018_9thqbio_tutorial | チュートリアル（2019年 11月6日午前）]] ===
* 舘野道雄 (東大・生産研)：'''液ー液相分離'''
* もう一件予定

=== セッション（2019年 11月6日午後、7日） ===
====セッション1'''「生命現象の物理的理解(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳澤実穂（東京大・総合文化研究科）：
* 佐藤勝彦（北大・電子研）：
* 北村朗（北大・大学院生命科学研究院）：
* 車兪澈（東工大）

==== セッション2'''「飛躍する定量化技術(仮)」'''====
* チェアー:TBA
* 柳川正隆（理研）：
* 神田元紀（理研BDR）: 
* 杉浦　綾（農研機構RCAIT）: 

====セッション3'''「定量生物学最前線(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 中川真（北大・薬学）
*山口良文（北大・低温科学研究所）
* 谷口雄（理研・BDR）
* 2名調整中

=== ショートトーク（2019年 11月6日午後, 7日午前） ===
====ショートトークセッション1====
* TBA
====ショートトークセッション2====
* TBA

=== ポスターセッション（2019年 1月13日午後、14日） ===
*ポスター内容
** ポスターの発表者とタイトル一覧を後日掲載します。


==発表形式==
* 口頭発表
** 招待講演：発表25分＋質疑応答5分(予定)
**ショートトーク：発表11分＋質疑応答3分＋交代1分(予定)
* 一般参加者の発表


==スケジュール(予定)==
===6日===
* 09:00-10:30 チュートリアル1
* 10:45-12:15 チュートリアル2
* 12:15-13:15 昼食
* 13:15-13:30 オープンニング
* 13:30-15:30 セッション１
* 15:30-16:00 ショートトーク
* 16:00-18:00 ポスター

===7日===
* 10:00-11:30 セッション2
* 11:30-12:00 ショートトーク
* 14:00-16:30 セッション3
* 16:30-17:00 ポスター
* 17:00-17:30 全体討議
* 17:30-17:40 閉会

== キャラバン@北大企画・運営 (あいうえお順)==
* 上原亮太 (北海道大学)
* 北村朗 (北海道大学)
* 小林徹也 (東京大学)
* 塚田祐基 (名古屋大学)
* 中岡慎治 (北海道大学)

== 共催・協賛・スポンサー==

2019年キャラバンは
北海道大学数理・データサイエンス教育センター(MDSC)[https://www.mdsc.hokudai.ac.jp/mds/]との共催です。
 

== 問い合わせ先 ==
Email: 2019qbio.caravan at gmail.com
（迷惑メール対策のため@をatと表示しています。at を @ に置換してください）

Caravan 2019

2019-07-23T05:54:57Z

Tsuzuki: /* セッション3「定量生物学最前線(仮)」 */

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019 最新情報 ==
* Newウェブサイトを作成しました (20190711)。

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　参加登録 ==
 参加登録開始は8月ごろを予定しています。 

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　要旨登録 ==
参加登録後にご連絡いたします。

== 北海道キャラバン 2019の概要==
===目的===
定量生物学の会は、定量的な解析から生命システムの定性的な性質を明らかにすることを
目指す生命科学について、その方向性や解決すべき点などを具体的な問題設定のもとで
議論する場として、2008年から本格的に活動を開始しました。今年で11年目を迎えます。
生命科学の幅広い領域から研究者が集い、オープンな雰囲気で議論を進めています。

今回、初めて北海道大学で行うキャラバン（定量生物学の会の遠征）では
３つの口頭セッションと、チュートリアル、ポスターセッションを企画しました。

セッションでは、定量するからこそ理解できる生物学に取り組んでいる方々はもちろん、
定量的な方法論を進めるために重要な自動化や工学技術を駆使した生物学、
さらに定量や数理的な理解が解明の鍵となる生命現象を扱っている研究者の方々に講演をお願いしました。
チュートリアルは、主にセッションの議論を深めるための体系的な知識の共有を目的にしていますが、
今回は液-液相分離の理論的背景についてお願いしました。
さらに参加者同士の交流を図るべく、ポスターセッションと懇親会も企画しています。

===セッション===


===チュートリアル===


==日時・場所・参加費==
*日時：2019年11月6日(水)、11月7日(木)
*場所：北海道大学　北海道大学創成科学研究棟 [http://www.cris.hokudai.ac.jp/cris/ ホール]
* 参加費: 例年程度(2000~3000円)を予定。希望者のみ別途、お弁当代と懇親会のアルコール代の実費をお支払いただきます。支払い手続きおよび領収書の発行はPaypal経由で行います。
* 参加上限人数: 100人程度を予定

== キャラバン参加時の注意事項 ==
今後更新していきます。

*会場アクセス
** to be announced

*会場
** to be announced

*参加費・お弁当代・お酒代について
**参加費等のお支払いは、paypalシステムのご利用をお願いする予定です。方法についての詳しいご連絡は10月にメールにてお送りさせて頂きます。 注: 当日の支払受付は予定しておりません。
**領収書について
***paypalシステムでは、受領書の自動発行が可能です。内訳ごとの金額が表示された印刷用pdfファイルが生成できます。

* ネットワーク
** to be announced

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== 企画プログラム ==
要UPDATE
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* 舘野道雄 (東大・生産研)：'''液ー液相分離'''
* もう一件予定

=== セッション（2019年 11月6日午後、7日） ===
====セッション1'''「生命現象の物理的理解(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳澤実穂（東京大・総合文化研究科）：
* 佐藤勝彦（北大・電子研）：
* 北村朗（北大・大学院生命科学研究院）：
* 車兪澈（東工大）

==== セッション2'''「飛躍する定量化技術(仮)」'''====
* チェアー:TBA
* 柳川正隆（理研）：
* 神田元紀（理研BDR）: 
* 杉浦　綾（農研機構RCAIT）: 

====セッション3'''「定量生物学最前線(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 中川真（北大・薬学）
*山口良文（北大・低温科学研究所）
* 谷口雄（理研・BDR）
* 2名調整中

=== ショートトーク（2019年 11月6日午後, 7日午前） ===
====ショートトークセッション1====
* TBA
====ショートトークセッション2====
* TBA

=== ポスターセッション（2019年 1月13日午後、14日） ===
*ポスター内容
** ポスターの発表者とタイトル一覧を後日掲載します。


==発表形式==
* 口頭発表
** 招待講演：発表25分＋質疑応答5分(予定)
**ショートトーク：発表11分＋質疑応答3分＋交代1分(予定)
* 一般参加者の発表


==スケジュール(予定)==
===6日===
* 09:00-10:30 チュートリアル1
* 10:45-12:15 チュートリアル2
* 12:15-13:15 昼食
* 13:15-13:30 オープンニング
* 13:30-15:30 セッション１
* 15:30-16:00 ショートトーク
* 16:00-18:00 ポスター

===7日===
* 10:00-11:30 セッション2
* 11:30-12:00 ショートトーク
* 14:00-16:30 セッション3
* 16:30-17:00 ポスター
* 17:00-17:30 全体討議
* 17:30-17:40 閉会

== キャラバン@北大企画・運営 (あいうえお順)==
* 上原亮太 (北海道大学)
* 北村朗 (北海道大学)
* 小林徹也 (東京大学)
* 塚田祐基 (名古屋大学)
* 中岡慎治 (北海道大学)

== 共催・協賛・スポンサー==

2019年キャラバンは
北海道大学数理・データサイエンス教育センター(MDSC)[https://www.mdsc.hokudai.ac.jp/mds/]との共催です。
 

== 問い合わせ先 ==
Email: 2019qbio.caravan at gmail.com
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Caravan 2019

2019-07-23T05:54:46Z

Tsuzuki: /* セッション3「定量生物学最前線(仮)」 */

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019 最新情報 ==
* Newウェブサイトを作成しました (20190711)。

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　参加登録 ==
 参加登録開始は8月ごろを予定しています。 

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　要旨登録 ==
参加登録後にご連絡いたします。

== 北海道キャラバン 2019の概要==
===目的===
定量生物学の会は、定量的な解析から生命システムの定性的な性質を明らかにすることを
目指す生命科学について、その方向性や解決すべき点などを具体的な問題設定のもとで
議論する場として、2008年から本格的に活動を開始しました。今年で11年目を迎えます。
生命科学の幅広い領域から研究者が集い、オープンな雰囲気で議論を進めています。

今回、初めて北海道大学で行うキャラバン（定量生物学の会の遠征）では
３つの口頭セッションと、チュートリアル、ポスターセッションを企画しました。

セッションでは、定量するからこそ理解できる生物学に取り組んでいる方々はもちろん、
定量的な方法論を進めるために重要な自動化や工学技術を駆使した生物学、
さらに定量や数理的な理解が解明の鍵となる生命現象を扱っている研究者の方々に講演をお願いしました。
チュートリアルは、主にセッションの議論を深めるための体系的な知識の共有を目的にしていますが、
今回は液-液相分離の理論的背景についてお願いしました。
さらに参加者同士の交流を図るべく、ポスターセッションと懇親会も企画しています。

===セッション===


===チュートリアル===


==日時・場所・参加費==
*日時：2019年11月6日(水)、11月7日(木)
*場所：北海道大学　北海道大学創成科学研究棟 [http://www.cris.hokudai.ac.jp/cris/ ホール]
* 参加費: 例年程度(2000~3000円)を予定。希望者のみ別途、お弁当代と懇親会のアルコール代の実費をお支払いただきます。支払い手続きおよび領収書の発行はPaypal経由で行います。
* 参加上限人数: 100人程度を予定

== キャラバン参加時の注意事項 ==
今後更新していきます。

*会場アクセス
** to be announced

*会場
** to be announced

*参加費・お弁当代・お酒代について
**参加費等のお支払いは、paypalシステムのご利用をお願いする予定です。方法についての詳しいご連絡は10月にメールにてお送りさせて頂きます。 注: 当日の支払受付は予定しておりません。
**領収書について
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== 企画プログラム ==
要UPDATE
=== [[2018_9thqbio_tutorial | チュートリアル（2019年 11月6日午前）]] ===
* 舘野道雄 (東大・生産研)：'''液ー液相分離'''
* もう一件予定

=== セッション（2019年 11月6日午後、7日） ===
====セッション1'''「生命現象の物理的理解(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳澤実穂（東京大・総合文化研究科）：
* 佐藤勝彦（北大・電子研）：
* 北村朗（北大・大学院生命科学研究院）：
* 車兪澈（東工大）

==== セッション2'''「飛躍する定量化技術(仮)」'''====
* チェアー:TBA
* 柳川正隆（理研）：
* 神田元紀（理研BDR）: 
* 杉浦　綾（農研機構RCAIT）: 

====セッション3'''「定量生物学最前線(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 中川真（北大・薬学）
*山口良文（北大・低温科学研究所）
* 谷口雄（理研・BDR）
* 2名調整中

=== ショートトーク（2019年 11月6日午後, 7日午前） ===
====ショートトークセッション1====
* TBA
====ショートトークセッション2====
* TBA

=== ポスターセッション（2019年 1月13日午後、14日） ===
*ポスター内容
** ポスターの発表者とタイトル一覧を後日掲載します。


==発表形式==
* 口頭発表
** 招待講演：発表25分＋質疑応答5分(予定)
**ショートトーク：発表11分＋質疑応答3分＋交代1分(予定)
* 一般参加者の発表


==スケジュール(予定)==
===6日===
* 09:00-10:30 チュートリアル1
* 10:45-12:15 チュートリアル2
* 12:15-13:15 昼食
* 13:15-13:30 オープンニング
* 13:30-15:30 セッション１
* 15:30-16:00 ショートトーク
* 16:00-18:00 ポスター

===7日===
* 10:00-11:30 セッション2
* 11:30-12:00 ショートトーク
* 14:00-16:30 セッション3
* 16:30-17:00 ポスター
* 17:00-17:30 全体討議
* 17:30-17:40 閉会

== キャラバン@北大企画・運営 (あいうえお順)==
* 上原亮太 (北海道大学)
* 北村朗 (北海道大学)
* 小林徹也 (東京大学)
* 塚田祐基 (名古屋大学)
* 中岡慎治 (北海道大学)

== 共催・協賛・スポンサー==

2019年キャラバンは
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Caravan 2019

2019-07-23T05:54:17Z

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==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019 最新情報 ==
* Newウェブサイトを作成しました (20190711)。

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 参加登録開始は8月ごろを予定しています。 

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参加登録後にご連絡いたします。

== 北海道キャラバン 2019の概要==
===目的===
定量生物学の会は、定量的な解析から生命システムの定性的な性質を明らかにすることを
目指す生命科学について、その方向性や解決すべき点などを具体的な問題設定のもとで
議論する場として、2008年から本格的に活動を開始しました。今年で11年目を迎えます。
生命科学の幅広い領域から研究者が集い、オープンな雰囲気で議論を進めています。

今回、初めて北海道大学で行うキャラバン（定量生物学の会の遠征）では
３つの口頭セッションと、チュートリアル、ポスターセッションを企画しました。

セッションでは、定量するからこそ理解できる生物学に取り組んでいる方々はもちろん、
定量的な方法論を進めるために重要な自動化や工学技術を駆使した生物学、
さらに定量や数理的な理解が解明の鍵となる生命現象を扱っている研究者の方々に講演をお願いしました。
チュートリアルは、主にセッションの議論を深めるための体系的な知識の共有を目的にしていますが、
今回は液-液相分離の理論的背景についてお願いしました。
さらに参加者同士の交流を図るべく、ポスターセッションと懇親会も企画しています。

===セッション===


===チュートリアル===


==日時・場所・参加費==
*日時：2019年11月6日(水)、11月7日(木)
*場所：北海道大学　北海道大学創成科学研究棟 [http://www.cris.hokudai.ac.jp/cris/ ホール]
* 参加費: 例年程度(2000~3000円)を予定。希望者のみ別途、お弁当代と懇親会のアルコール代の実費をお支払いただきます。支払い手続きおよび領収書の発行はPaypal経由で行います。
* 参加上限人数: 100人程度を予定

== キャラバン参加時の注意事項 ==
今後更新していきます。

*会場アクセス
** to be announced

*会場
** to be announced

*参加費・お弁当代・お酒代について
**参加費等のお支払いは、paypalシステムのご利用をお願いする予定です。方法についての詳しいご連絡は10月にメールにてお送りさせて頂きます。 注: 当日の支払受付は予定しておりません。
**領収書について
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== 企画プログラム ==
要UPDATE
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* 舘野道雄 (東大・生産研)：'''液ー液相分離'''
* もう一件予定

=== セッション（2019年 11月6日午後、7日） ===
====セッション1'''「生命現象の物理的理解(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳澤実穂（東京大・総合文化研究科）：
* 佐藤勝彦（北大・電子研）：
* 北村朗（北大・大学院生命科学研究院）：
* 車兪澈（東工大）

==== セッション2'''「飛躍する定量化技術(仮)」'''====
* チェアー:TBA
* 柳川正隆（理研）：
* 神田元紀（理研BDR）: 
* 杉浦　綾（農研機構RCAIT）: 

====セッション3'''「定量生物学最前線(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 中川真一（北大・薬学）
*山口良文 (北大・低温科学研究所)
* 谷口雄一 (理研・BDR)
* 2名調整中

=== ショートトーク（2019年 11月6日午後, 7日午前） ===
====ショートトークセッション1====
* TBA
====ショートトークセッション2====
* TBA

=== ポスターセッション（2019年 1月13日午後、14日） ===
*ポスター内容
** ポスターの発表者とタイトル一覧を後日掲載します。


==発表形式==
* 口頭発表
** 招待講演：発表25分＋質疑応答5分(予定)
**ショートトーク：発表11分＋質疑応答3分＋交代1分(予定)
* 一般参加者の発表


==スケジュール(予定)==
===6日===
* 09:00-10:30 チュートリアル1
* 10:45-12:15 チュートリアル2
* 12:15-13:15 昼食
* 13:15-13:30 オープンニング
* 13:30-15:30 セッション１
* 15:30-16:00 ショートトーク
* 16:00-18:00 ポスター

===7日===
* 10:00-11:30 セッション2
* 11:30-12:00 ショートトーク
* 14:00-16:30 セッション3
* 16:30-17:00 ポスター
* 17:00-17:30 全体討議
* 17:30-17:40 閉会

== キャラバン@北大企画・運営 (あいうえお順)==
* 上原亮太 (北海道大学)
* 北村朗 (北海道大学)
* 小林徹也 (東京大学)
* 塚田祐基 (名古屋大学)
* 中岡慎治 (北海道大学)

== 共催・協賛・スポンサー==

2019年キャラバンは
北海道大学数理・データサイエンス教育センター(MDSC)[https://www.mdsc.hokudai.ac.jp/mds/]との共催です。
 

== 問い合わせ先 ==
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Caravan 2019

2019-07-23T05:53:46Z

Tsuzuki: /* セッション2「飛躍する定量化技術(仮)」 */

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019 最新情報 ==
* Newウェブサイトを作成しました (20190711)。

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　参加登録 ==
 参加登録開始は8月ごろを予定しています。 

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　要旨登録 ==
参加登録後にご連絡いたします。

== 北海道キャラバン 2019の概要==
===目的===
定量生物学の会は、定量的な解析から生命システムの定性的な性質を明らかにすることを
目指す生命科学について、その方向性や解決すべき点などを具体的な問題設定のもとで
議論する場として、2008年から本格的に活動を開始しました。今年で11年目を迎えます。
生命科学の幅広い領域から研究者が集い、オープンな雰囲気で議論を進めています。

今回、初めて北海道大学で行うキャラバン（定量生物学の会の遠征）では
３つの口頭セッションと、チュートリアル、ポスターセッションを企画しました。

セッションでは、定量するからこそ理解できる生物学に取り組んでいる方々はもちろん、
定量的な方法論を進めるために重要な自動化や工学技術を駆使した生物学、
さらに定量や数理的な理解が解明の鍵となる生命現象を扱っている研究者の方々に講演をお願いしました。
チュートリアルは、主にセッションの議論を深めるための体系的な知識の共有を目的にしていますが、
今回は液-液相分離の理論的背景についてお願いしました。
さらに参加者同士の交流を図るべく、ポスターセッションと懇親会も企画しています。

===セッション===


===チュートリアル===


==日時・場所・参加費==
*日時：2019年11月6日(水)、11月7日(木)
*場所：北海道大学　北海道大学創成科学研究棟 [http://www.cris.hokudai.ac.jp/cris/ ホール]
* 参加費: 例年程度(2000~3000円)を予定。希望者のみ別途、お弁当代と懇親会のアルコール代の実費をお支払いただきます。支払い手続きおよび領収書の発行はPaypal経由で行います。
* 参加上限人数: 100人程度を予定

== キャラバン参加時の注意事項 ==
今後更新していきます。

*会場アクセス
** to be announced

*会場
** to be announced

*参加費・お弁当代・お酒代について
**参加費等のお支払いは、paypalシステムのご利用をお願いする予定です。方法についての詳しいご連絡は10月にメールにてお送りさせて頂きます。 注: 当日の支払受付は予定しておりません。
**領収書について
***paypalシステムでは、受領書の自動発行が可能です。内訳ごとの金額が表示された印刷用pdfファイルが生成できます。

* ネットワーク
** to be announced

*情報掲示について
**会場にボードを設置します。ポスドク募集や学会情報などA4 1枚の掲示が可能ですのでぜひご利用ください。

== 企画プログラム ==
要UPDATE
=== [[2018_9thqbio_tutorial | チュートリアル（2019年 11月6日午前）]] ===
* 舘野道雄 (東大・生産研)：'''液ー液相分離'''
* もう一件予定

=== セッション（2019年 11月6日午後、7日） ===
====セッション1'''「生命現象の物理的理解(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳澤実穂(東京大・総合文化研究科)：
* 佐藤勝彦（北大・電子研）：
* 北村朗(北大・大学院生命科学研究院)：
* 車兪澈（東工大）

==== セッション2'''「飛躍する定量化技術(仮)」'''====
* チェアー:TBA
* 柳川正隆（理研）：
* 神田元紀（理研BDR）: 
* 杉浦　綾（農研機構RCAIT）: 

====セッション3'''「定量生物学最前線(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 中川真一（北大・薬学）
*山口良文 (北大・低温科学研究所)
* 谷口雄一 (理研・BDR)
* 2名調整中

=== ショートトーク（2019年 11月6日午後, 7日午前） ===
====ショートトークセッション1====
* TBA
====ショートトークセッション2====
* TBA

=== ポスターセッション（2019年 1月13日午後、14日） ===
*ポスター内容
** ポスターの発表者とタイトル一覧を後日掲載します。


==発表形式==
* 口頭発表
** 招待講演：発表25分＋質疑応答5分(予定)
**ショートトーク：発表11分＋質疑応答3分＋交代1分(予定)
* 一般参加者の発表


==スケジュール(予定)==
===6日===
* 09:00-10:30 チュートリアル1
* 10:45-12:15 チュートリアル2
* 12:15-13:15 昼食
* 13:15-13:30 オープンニング
* 13:30-15:30 セッション１
* 15:30-16:00 ショートトーク
* 16:00-18:00 ポスター

===7日===
* 10:00-11:30 セッション2
* 11:30-12:00 ショートトーク
* 14:00-16:30 セッション3
* 16:30-17:00 ポスター
* 17:00-17:30 全体討議
* 17:30-17:40 閉会

== キャラバン@北大企画・運営 (あいうえお順)==
* 上原亮太 (北海道大学)
* 北村朗 (北海道大学)
* 小林徹也 (東京大学)
* 塚田祐基 (名古屋大学)
* 中岡慎治 (北海道大学)

== 共催・協賛・スポンサー==

2019年キャラバンは
北海道大学数理・データサイエンス教育センター(MDSC)[https://www.mdsc.hokudai.ac.jp/mds/]との共催です。
 

== 問い合わせ先 ==
Email: 2019qbio.caravan at gmail.com
（迷惑メール対策のため@をatと表示しています。at を @ に置換してください）

Caravan 2019

2019-07-23T05:53:16Z

Tsuzuki: /* セッション2「飛躍する定量化技術(仮)」 */

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019 最新情報 ==
* Newウェブサイトを作成しました (20190711)。

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　参加登録 ==
 参加登録開始は8月ごろを予定しています。 

==定量生物学の会　北海道キャラバン 2019　要旨登録 ==
参加登録後にご連絡いたします。

== 北海道キャラバン 2019の概要==
===目的===
定量生物学の会は、定量的な解析から生命システムの定性的な性質を明らかにすることを
目指す生命科学について、その方向性や解決すべき点などを具体的な問題設定のもとで
議論する場として、2008年から本格的に活動を開始しました。今年で11年目を迎えます。
生命科学の幅広い領域から研究者が集い、オープンな雰囲気で議論を進めています。

今回、初めて北海道大学で行うキャラバン（定量生物学の会の遠征）では
３つの口頭セッションと、チュートリアル、ポスターセッションを企画しました。

セッションでは、定量するからこそ理解できる生物学に取り組んでいる方々はもちろん、
定量的な方法論を進めるために重要な自動化や工学技術を駆使した生物学、
さらに定量や数理的な理解が解明の鍵となる生命現象を扱っている研究者の方々に講演をお願いしました。
チュートリアルは、主にセッションの議論を深めるための体系的な知識の共有を目的にしていますが、
今回は液-液相分離の理論的背景についてお願いしました。
さらに参加者同士の交流を図るべく、ポスターセッションと懇親会も企画しています。

===セッション===


===チュートリアル===


==日時・場所・参加費==
*日時：2019年11月6日(水)、11月7日(木)
*場所：北海道大学　北海道大学創成科学研究棟 [http://www.cris.hokudai.ac.jp/cris/ ホール]
* 参加費: 例年程度(2000~3000円)を予定。希望者のみ別途、お弁当代と懇親会のアルコール代の実費をお支払いただきます。支払い手続きおよび領収書の発行はPaypal経由で行います。
* 参加上限人数: 100人程度を予定

== キャラバン参加時の注意事項 ==
今後更新していきます。

*会場アクセス
** to be announced

*会場
** to be announced

*参加費・お弁当代・お酒代について
**参加費等のお支払いは、paypalシステムのご利用をお願いする予定です。方法についての詳しいご連絡は10月にメールにてお送りさせて頂きます。 注: 当日の支払受付は予定しておりません。
**領収書について
***paypalシステムでは、受領書の自動発行が可能です。内訳ごとの金額が表示された印刷用pdfファイルが生成できます。

* ネットワーク
** to be announced

*情報掲示について
**会場にボードを設置します。ポスドク募集や学会情報などA4 1枚の掲示が可能ですのでぜひご利用ください。

== 企画プログラム ==
要UPDATE
=== [[2018_9thqbio_tutorial | チュートリアル（2019年 11月6日午前）]] ===
* 舘野道雄 (東大・生産研)：'''液ー液相分離'''
* もう一件予定

=== セッション（2019年 11月6日午後、7日） ===
====セッション1'''「生命現象の物理的理解(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 柳澤実穂(東京大・総合文化研究科)：
* 佐藤勝彦（北大・電子研）：
* 北村朗(北大・大学院生命科学研究院)：
* 車兪澈（東工大）

==== セッション2'''「飛躍する定量化技術(仮)」'''====
* チェアー:TBA
* 柳川正隆（理研）：
* 神田元紀 (理研BDR): 
* 杉浦　綾（農研機構RCAIT）: 

====セッション3'''「定量生物学最前線(仮)」'''====
* チェアー: TBA
* 中川真一（北大・薬学）
*山口良文 (北大・低温科学研究所)
* 谷口雄一 (理研・BDR)
* 2名調整中

=== ショートトーク（2019年 11月6日午後, 7日午前） ===
====ショートトークセッション1====
* TBA
====ショートトークセッション2====
* TBA

=== ポスターセッション（2019年 1月13日午後、14日） ===
*ポスター内容
** ポスターの発表者とタイトル一覧を後日掲載します。


==発表形式==
* 口頭発表
** 招待講演：発表25分＋質疑応答5分(予定)
**ショートトーク：発表11分＋質疑応答3分＋交代1分(予定)
* 一般参加者の発表


==スケジュール(予定)==
===6日===
* 09:00-10:30 チュートリアル1
* 10:45-12:15 チュートリアル2
* 12:15-13:15 昼食
* 13:15-13:30 オープンニング
* 13:30-15:30 セッション１
* 15:30-16:00 ショートトーク
* 16:00-18:00 ポスター

===7日===
* 10:00-11:30 セッション2
* 11:30-12:00 ショートトーク
* 14:00-16:30 セッション3
* 16:30-17:00 ポスター
* 17:00-17:30 全体討議
* 17:30-17:40 閉会

== キャラバン@北大企画・運営 (あいうえお順)==
* 上原亮太 (北海道大学)
* 北村朗 (北海道大学)
* 小林徹也 (東京大学)
* 塚田祐基 (名古屋大学)
* 中岡慎治 (北海道大学)

== 共催・協賛・スポンサー==

2019年キャラバンは
北海道大学数理・データサイエンス教育センター(MDSC)[https://www.mdsc.hokudai.ac.jp/mds/]との共催です。
 

== 問い合わせ先 ==
Email: 2019qbio.caravan at gmail.com
（迷惑メール対策のため@をatと表示しています。at を @ に置換してください）

English

2016-06-22T02:19:12Z

Tsuzuki: /* Core members */

news!(19/10/2015)
 
We will hold 
'''''NIG International Symposium 2016 + ROIS Event''''' 
and '''''Toyoda Physical & Chemical Research Institute Workshop''''' 
 on Jan 8th ~ 13th, 2016.
='''Japan q-bio week''' (Jan/8/2016~Jan/13/2016)=
We have a series of international symposiums and workshops (Japan q-bio week) 8/Jan/2016 to 13/2016 instead of the annual meeting of the Japanese Society for Quantitative Biology. Most of them will be held as NIG International Symposium 2016. All these symposiums and workshops are organized by the core-members of Japanese Society for Quantitative Biology.


*'''Tokyo Workshops'''
** Date: Jan/8/2016
** Site:Institute of Industrial Science, Bld. S , the Univ. Tokyo, Komaba
***[http://symposium.crmind.net/bridging_thr_exp/Home.html NIG International Symposium 2016 satellite workshop (9:00 - 12:00)] '''Bridging Theory & Experiment'''
***[http://symposium.crmind.net/EIC2015/Home.html Toyoda Physical & Chemical Research Institute Workshop (13:00 - 18:00)] '''Entropy, Information & Control''' 

*'''[[IIS_Sympo|NIG International Symposium - Tokyo Symposium: Force, Information and Dynamics: X factors shaping living systems]]'''
** Date:Jan/9/2016~Jan/11/2016
** Site:Institute of Industrial Science, Bld. An, the Univ Tokyo Komaba
* '''[http://www.nig.ac.jp/labs/CelArchi/nigsymposium2016/MishimaSympo.html ROIS Event - Mishima Symposium:Quantitative Biology - force, information and dynamics]'''
** Date:Jan/12/2016~Jan/13/2016
** Site:National Institute of Genetics

== What is the Japanese Society for Quantitative Biology (Q-BioJP)? ==
The '''Japanese Society for Quantitative Biology''' ('''Q-BioJP''') is a non-profit organization founded in 2008 that is dedicated to the advancement of the field of quantitative biology. 
The mission of the '''Q-BioJP''' is to
* bring together the various fields of biological research that will benefit from quantitative analysis
* provide an interdisciplinary forum for research, and to provide opportunities for collaboration in quantitative biology
* promote the field of quantitative biology and to advance our understanding of biological systems.
[[Main_Page|Japanese "Main Page"]]
 

== Background of the foundation ==
'''A PERIOD OF TRANSITION''' 
Biology is in a period of transition, from being a mostly descriptive and qualitative discipline towards being more analytical and quantitative. It is hoped that this change in emphasis will produce insights, and also new technologies. These approaches will be carried out by a new kind of biologist who can deal with the requirements of this new field. 
'''A FUTURE GOAL OF BIOLOGY''' 
While most of modern biology was focused on the properties of individual molecules, a future goal will be to understand their dynamics, and will require finding new ways of thinking and analysing these processes at a level beyond the individual components and their static properties. For solutions to these comprehensive questions, biology is now looking to other disciplines. Systems Biology has built strong links between Biology, Computer Sciences, and Mathematics to develop integrated approaches to deal with recent explosive increase in biological knowledge. 
'''HOW TO APPROACH THE PRINCIPLES''' 
Now to approach the principles that underlie their dynamical behaviors, the Physical and Chemical Sciences may provide a useful precedent. We also notice biological systems may have design principles that can be understood from an Engineering point of view. 
[[About_us|Japanese "About us"]]
 

== The Aim of the Q-BioJP ==
'''TO PROMOTE SPONTANEOUS ACTION''' 
Our purpose is to promote spontaneous action of each scientist for the development of quantitative biology. 
'''TO ESTABLISH AN INTERDISCIPLINARY ENVIRONMENT''' 
To achieve this objective we plan to establish an interdisciplinary research environment; such an environment will accelerate the natural convergence of different but related fields, and the expansion research into at the interface of different areas of research. 
The interactions fostered by us will transcend the boundaries between Biology and Physics, Chemistry, Engineering, Mathematics and Computational sciences. 
'''TO FORM A COMMUNITY FOR DEVELOPMENTS OF THE FIELD''' 
Above all, we aim to form a community that will be nourished by, and contribute to, the new developments which arise from the interdisciplinary research environment, and will provide the means for people with different approaches to related problems to come together and find novel and interesting solutions. 
[[About_us|Japanese "About us"]]
 

== Targeting Subject ==
We explore techniques and methods to quantify the physical properties that determine the dynamics of biological phenomena. Our main focus is on '''cellular-level biology''', but we are also concerned with the structure and organization of cells. The behavior of cells is influenced by events at '''a molecular level''' and upwards to '''the tissue and organism level'''. A new-generation model of Q-BioJP can take initiatives at '''medical sciences''' such as pharmacokinetics and cancer research. Q-BioJP will strive to understand the various levels of biological systems and the relationships that exist between them. 
[[About_us|Japanese "About us"]]
 

== Agenda ==
To these ends, we operate the following three strategies:
====1. An annual meeting to - foster excellence in research and education -====
We organize an annual scientific meeting which consists of technical tutorials and sessions focused on selected topics. 
* '''target audience''': Scientists that have already begun a research in the field of quantitative biology or have concrete plans to start.
* '''objective''': The meeting provides a program for the interdisciplinary community of quantitative biologists to promote sharing of information to solve technical problems in their research, and to promote discussions of our future direction.
The 5th Annual Meeting will be held on 23rd - 25th November 2012 at the Convention Hall in Institute of Industrial Science, the University of Tokyo. 
 
[[5th_Annual_Meeting|5th Annual Meeting]] 
[[Events|Japanese Events]]

====2. Caravan - scholarly dissemination of research -====
* '''target audience''': researchers who are interested in quantitative biology but require guidance in starting a research program in this area “quantitative biology”.
* '''objective''': To showcase exciting examples of quantitative biology with an emphasis on the importance of the quantitative point of view in biology.

====3. Mailing list====
* '''objective''' : exchanging information on topics relating to quantitative biology.
* '''members in the list''': '''There is no condition to participate our mailing list except your motivation'''. You can join anytime via a direct invitation by a core member. (This mailing list is basically managed in Japanese.)
 

===All are welcome who would strive together to ensure the future of this new basic scientific field!===
 
 
==== Links in English on q-bio.jp ====
*[http://www.iis.u-tokyo.ac.jp/What_e/What_e.html Institute of Industrial Science, the University of Tokyo][[Events|in "Events"]]
*[http://www.med.osaka-u.ac.jp/index-e.html Graduate School of Medicine/Faculty of Medicine, Osaka University][[Events|in "Events"]]
*[http://www.nig.ac.jp/index-e.html National Institute of Genetics][[Events|in "Events"]]
*[http://www.jsbi.org/en Japanese Society for Bioinformatics][[Events|in "Events"]]
*[http://www.springer.com/physics/book/978-3-540-40824-6 Synergetics by Hermann Haken][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.elsevierdirect.com/ISBN/9780123497031/Differential-Equations-Dynamical-Systems-and-an-Introduction-to-Chaos| Differential Equations Dynamical Systems and an Introduction to Chaos by Dr. Morris W. Hirsch, Dr. Stephen Smale and Dr. Robert Devaney][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.perseusbooks.com/perseus/book_detail.jsp?isbn=0738204536 Nonlinear Dynamics And Chaos With Applications To Physics, Biology, Chemistry, And Engineering by Steven H. Strogatz][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://press.princeton.edu/titles/112.html Random Walks in Biology by Howard C. Berg][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.cambridge.org/us/catalogue/catalogue.asp?isbn=0521783372 Biological Physics of the Developing Embryo by Gabor Forgacs and Stuart A. Newman][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.springer.com/mathematics/mathematical+biology/book/978-0-387-75846-6 Mathematical Physiology by James Keener, James Sneyd][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.garlandscience.com/textbooks/0815341636.asp Physical Biology of the Cell by Rob Phillips, Jane Kondev, Julie Theriot][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/bookUri.html An Introduction to Systems Biology - Design Principles of Biological Circuits by Uri Alon][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.micro-manager.org/| micromanager][[Documents|in "Documents", image processing tools]]
*[http://www.mathworks.com/products/image/demos.html MathWorks Image Proecssing Toolbox][[Documents|in "Documents", image processing tools]]
*[http://homepages.inf.ed.ac.uk/rbf/HIPR2 image processing learning resources][[Documents|in "Documents", image processing tools]]
*[http://q-bio.jp/wiki/News#Biology.2FGenetics.2FEvolution_Postdoctoral_Fellow_Position.2C__Fred_Hutchinson_Cancer_Research_Center_.28091006.29_New.21.21 Biology/Genetics/Evolution Postdoctoral Fellow Position, Fred Hutchinson Cancer Research Center (091006)][[News|in "News", Job opportunity]]

==Core members==
*'''Kazuhiro Aoki''' (Kyoto University)
*'''Yoshiyuki Arai''' (Osaka University)
*'''Yukinobu Arata''' (RIKEN, Advanced Science Institute)
*'''Hiroshi Ito''' (Kyushu University)
*'''Seiichi Uchida''' (Kyushu University)
*'''Miki Ebisuya''' (RIKEN QBiC)
*'''Rinshi S. Kasai''' (Institute for Integrated Cell-Material Sciences,Kyoto University)
*'''Akatsuki Kimura''' (Cell Architecture Laboratory, National Institute of Genetics)
*'''Hiroshi Kimura''' (Department of Mechanical Engineering, Tokai University)
*'''Tetsuya J. Kobayashi''' (Institute of Industrial Science, the University of Tokyo)
*'''Satoshi Sawai''' (Graduate School of Arts and Sciences, University of Tokyo)
*'''Kaoru Sugimura''' (iCeMS, Kyoto University)
*'''Takao K Suzuki''' (Transgenic Silkworm Research Unit, Institute of Agrobiological Sciences, NARO)
*'''Madoka Suzuki''' (WASEDA Bioscience Research Institute in Singapore (WABIOS))
*'''Hiroaki Takagi''' (Department of Physics, School of Medicine, Nara Medical University)
*'''Jun-nosuke Teramae''' (Osaka University)
*'''Yuki Tsukada''' (Division of Biological Science, Graduate School of Science, Nagoya University)
*'''Itoshi Nikaido''' (RIKEN)
*'''Kayo Hibino'''(National Institute of Genetics)
*'''Noriko Hiroi''' (Department of Biosciences and Informatics, Keio University)
*'''Toshihiko Fujimori''' (Division of Embryology, National Institute for Basic Biology)
*'''Akira Funahashi''' (Department of Biosciences and Informatics, Keio University)
*'''Yusuke T. Maeda''' (Kyushu University)
*'''Yutaka Matsubayashi''' (King’s College London)
 
 
tentatively away: 
*'''Hiromasa Oku''' (Gunma University)
*'''Shuji Ishihara''' (Meiji University)
*'''Kazuhisa Kinoshita''' (RIKEN Advanced Science Institute)
*'''Hidekazu Tsutsui''' (JAIST)
*'''Takahiro Harada'''

== Acknowledgement ==
We are grateful to Dr. Aitor Gonza ́ lez (Institute for Virus Research, Kyoto University, Japan) , Dr. Jonathan James Ward (Cellular architecture Group, Cell Biology and Biophysics Unit, EMBL-Heidelberg, Germany), Kris Popendorf (Bioinformatics Laboratory, Department of Bioscience and Informatics, Keio University, Japan) for kindly editing of the English manuscript of this webpage with helpful comments.

English

2016-06-22T02:18:23Z

Tsuzuki: /* Core members */

news!(19/10/2015)
 
We will hold 
'''''NIG International Symposium 2016 + ROIS Event''''' 
and '''''Toyoda Physical & Chemical Research Institute Workshop''''' 
 on Jan 8th ~ 13th, 2016.
='''Japan q-bio week''' (Jan/8/2016~Jan/13/2016)=
We have a series of international symposiums and workshops (Japan q-bio week) 8/Jan/2016 to 13/2016 instead of the annual meeting of the Japanese Society for Quantitative Biology. Most of them will be held as NIG International Symposium 2016. All these symposiums and workshops are organized by the core-members of Japanese Society for Quantitative Biology.


*'''Tokyo Workshops'''
** Date: Jan/8/2016
** Site:Institute of Industrial Science, Bld. S , the Univ. Tokyo, Komaba
***[http://symposium.crmind.net/bridging_thr_exp/Home.html NIG International Symposium 2016 satellite workshop (9:00 - 12:00)] '''Bridging Theory & Experiment'''
***[http://symposium.crmind.net/EIC2015/Home.html Toyoda Physical & Chemical Research Institute Workshop (13:00 - 18:00)] '''Entropy, Information & Control''' 

*'''[[IIS_Sympo|NIG International Symposium - Tokyo Symposium: Force, Information and Dynamics: X factors shaping living systems]]'''
** Date:Jan/9/2016~Jan/11/2016
** Site:Institute of Industrial Science, Bld. An, the Univ Tokyo Komaba
* '''[http://www.nig.ac.jp/labs/CelArchi/nigsymposium2016/MishimaSympo.html ROIS Event - Mishima Symposium:Quantitative Biology - force, information and dynamics]'''
** Date:Jan/12/2016~Jan/13/2016
** Site:National Institute of Genetics

== What is the Japanese Society for Quantitative Biology (Q-BioJP)? ==
The '''Japanese Society for Quantitative Biology''' ('''Q-BioJP''') is a non-profit organization founded in 2008 that is dedicated to the advancement of the field of quantitative biology. 
The mission of the '''Q-BioJP''' is to
* bring together the various fields of biological research that will benefit from quantitative analysis
* provide an interdisciplinary forum for research, and to provide opportunities for collaboration in quantitative biology
* promote the field of quantitative biology and to advance our understanding of biological systems.
[[Main_Page|Japanese "Main Page"]]
 

== Background of the foundation ==
'''A PERIOD OF TRANSITION''' 
Biology is in a period of transition, from being a mostly descriptive and qualitative discipline towards being more analytical and quantitative. It is hoped that this change in emphasis will produce insights, and also new technologies. These approaches will be carried out by a new kind of biologist who can deal with the requirements of this new field. 
'''A FUTURE GOAL OF BIOLOGY''' 
While most of modern biology was focused on the properties of individual molecules, a future goal will be to understand their dynamics, and will require finding new ways of thinking and analysing these processes at a level beyond the individual components and their static properties. For solutions to these comprehensive questions, biology is now looking to other disciplines. Systems Biology has built strong links between Biology, Computer Sciences, and Mathematics to develop integrated approaches to deal with recent explosive increase in biological knowledge. 
'''HOW TO APPROACH THE PRINCIPLES''' 
Now to approach the principles that underlie their dynamical behaviors, the Physical and Chemical Sciences may provide a useful precedent. We also notice biological systems may have design principles that can be understood from an Engineering point of view. 
[[About_us|Japanese "About us"]]
 

== The Aim of the Q-BioJP ==
'''TO PROMOTE SPONTANEOUS ACTION''' 
Our purpose is to promote spontaneous action of each scientist for the development of quantitative biology. 
'''TO ESTABLISH AN INTERDISCIPLINARY ENVIRONMENT''' 
To achieve this objective we plan to establish an interdisciplinary research environment; such an environment will accelerate the natural convergence of different but related fields, and the expansion research into at the interface of different areas of research. 
The interactions fostered by us will transcend the boundaries between Biology and Physics, Chemistry, Engineering, Mathematics and Computational sciences. 
'''TO FORM A COMMUNITY FOR DEVELOPMENTS OF THE FIELD''' 
Above all, we aim to form a community that will be nourished by, and contribute to, the new developments which arise from the interdisciplinary research environment, and will provide the means for people with different approaches to related problems to come together and find novel and interesting solutions. 
[[About_us|Japanese "About us"]]
 

== Targeting Subject ==
We explore techniques and methods to quantify the physical properties that determine the dynamics of biological phenomena. Our main focus is on '''cellular-level biology''', but we are also concerned with the structure and organization of cells. The behavior of cells is influenced by events at '''a molecular level''' and upwards to '''the tissue and organism level'''. A new-generation model of Q-BioJP can take initiatives at '''medical sciences''' such as pharmacokinetics and cancer research. Q-BioJP will strive to understand the various levels of biological systems and the relationships that exist between them. 
[[About_us|Japanese "About us"]]
 

== Agenda ==
To these ends, we operate the following three strategies:
====1. An annual meeting to - foster excellence in research and education -====
We organize an annual scientific meeting which consists of technical tutorials and sessions focused on selected topics. 
* '''target audience''': Scientists that have already begun a research in the field of quantitative biology or have concrete plans to start.
* '''objective''': The meeting provides a program for the interdisciplinary community of quantitative biologists to promote sharing of information to solve technical problems in their research, and to promote discussions of our future direction.
The 5th Annual Meeting will be held on 23rd - 25th November 2012 at the Convention Hall in Institute of Industrial Science, the University of Tokyo. 
 
[[5th_Annual_Meeting|5th Annual Meeting]] 
[[Events|Japanese Events]]

====2. Caravan - scholarly dissemination of research -====
* '''target audience''': researchers who are interested in quantitative biology but require guidance in starting a research program in this area “quantitative biology”.
* '''objective''': To showcase exciting examples of quantitative biology with an emphasis on the importance of the quantitative point of view in biology.

====3. Mailing list====
* '''objective''' : exchanging information on topics relating to quantitative biology.
* '''members in the list''': '''There is no condition to participate our mailing list except your motivation'''. You can join anytime via a direct invitation by a core member. (This mailing list is basically managed in Japanese.)
 

===All are welcome who would strive together to ensure the future of this new basic scientific field!===
 
 
==== Links in English on q-bio.jp ====
*[http://www.iis.u-tokyo.ac.jp/What_e/What_e.html Institute of Industrial Science, the University of Tokyo][[Events|in "Events"]]
*[http://www.med.osaka-u.ac.jp/index-e.html Graduate School of Medicine/Faculty of Medicine, Osaka University][[Events|in "Events"]]
*[http://www.nig.ac.jp/index-e.html National Institute of Genetics][[Events|in "Events"]]
*[http://www.jsbi.org/en Japanese Society for Bioinformatics][[Events|in "Events"]]
*[http://www.springer.com/physics/book/978-3-540-40824-6 Synergetics by Hermann Haken][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.elsevierdirect.com/ISBN/9780123497031/Differential-Equations-Dynamical-Systems-and-an-Introduction-to-Chaos| Differential Equations Dynamical Systems and an Introduction to Chaos by Dr. Morris W. Hirsch, Dr. Stephen Smale and Dr. Robert Devaney][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.perseusbooks.com/perseus/book_detail.jsp?isbn=0738204536 Nonlinear Dynamics And Chaos With Applications To Physics, Biology, Chemistry, And Engineering by Steven H. Strogatz][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://press.princeton.edu/titles/112.html Random Walks in Biology by Howard C. Berg][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.cambridge.org/us/catalogue/catalogue.asp?isbn=0521783372 Biological Physics of the Developing Embryo by Gabor Forgacs and Stuart A. Newman][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.springer.com/mathematics/mathematical+biology/book/978-0-387-75846-6 Mathematical Physiology by James Keener, James Sneyd][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.garlandscience.com/textbooks/0815341636.asp Physical Biology of the Cell by Rob Phillips, Jane Kondev, Julie Theriot][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/bookUri.html An Introduction to Systems Biology - Design Principles of Biological Circuits by Uri Alon][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.micro-manager.org/| micromanager][[Documents|in "Documents", image processing tools]]
*[http://www.mathworks.com/products/image/demos.html MathWorks Image Proecssing Toolbox][[Documents|in "Documents", image processing tools]]
*[http://homepages.inf.ed.ac.uk/rbf/HIPR2 image processing learning resources][[Documents|in "Documents", image processing tools]]
*[http://q-bio.jp/wiki/News#Biology.2FGenetics.2FEvolution_Postdoctoral_Fellow_Position.2C__Fred_Hutchinson_Cancer_Research_Center_.28091006.29_New.21.21 Biology/Genetics/Evolution Postdoctoral Fellow Position, Fred Hutchinson Cancer Research Center (091006)][[News|in "News", Job opportunity]]

==Core members==
*'''Kazuhiro Aoki''' (Kyoto University)
*'''Yoshiyuki Arai''' (Osaka University)
*'''Yukinobu Arata''' (RIKEN, Advanced Science Institute)
*'''Hiroshi Ito''' (Kyushu University)
*'''Seiichi Uchida''' (Kyushu University)
*'''Miki Ebisuya''' (RIKEN QBiC)
*'''Rinshi S. Kasai''' (Institute for Integrated Cell-Material Sciences,Kyoto University)
*'''Akatsuki Kimura''' (Cell Architecture Laboratory, National Institute of Genetics)
*'''Hiroshi Kimura''' (Department of Mechanical Engineering, Tokai University)
*'''Tetsuya J. Kobayashi''' (Institute of Industrial Science, the University of Tokyo)
*'''Satoshi Sawai''' (Graduate School of Arts and Sciences, University of Tokyo)
*'''Kaoru Sugimura''' (iCeMS, Kyoto University)
*'''Takao Suzuki''' (Institute of Agrobiological Sciences, NARO (NIAS) Transgenic Silkworm Research Unit)
*'''Madoka Suzuki''' (WASEDA Bioscience Research Institute in Singapore (WABIOS))
*'''Hiroaki Takagi''' (Department of Physics, School of Medicine, Nara Medical University)
*'''Jun-nosuke Teramae''' (Osaka University)
*'''Yuki Tsukada''' (Division of Biological Science, Graduate School of Science, Nagoya University)
*'''Itoshi Nikaido''' (RIKEN)
*'''Kayo Hibino'''(National Institute of Genetics)
*'''Noriko Hiroi''' (Department of Biosciences and Informatics, Keio University)
*'''Toshihiko Fujimori''' (Division of Embryology, National Institute for Basic Biology)
*'''Akira Funahashi''' (Department of Biosciences and Informatics, Keio University)
*'''Yusuke T. Maeda''' (Kyushu University)
*'''Yutaka Matsubayashi''' (King’s College London)
 
 
tentatively away: 
*'''Hiromasa Oku''' (Gunma University)
*'''Shuji Ishihara''' (Meiji University)
*'''Kazuhisa Kinoshita''' (RIKEN Advanced Science Institute)
*'''Hidekazu Tsutsui''' (JAIST)
*'''Takahiro Harada'''

== Acknowledgement ==
We are grateful to Dr. Aitor Gonza ́ lez (Institute for Virus Research, Kyoto University, Japan) , Dr. Jonathan James Ward (Cellular architecture Group, Cell Biology and Biophysics Unit, EMBL-Heidelberg, Germany), Kris Popendorf (Bioinformatics Laboratory, Department of Bioscience and Informatics, Keio University, Japan) for kindly editing of the English manuscript of this webpage with helpful comments.

コアメンバー世話人一覧

2016-06-22T02:16:46Z

Tsuzuki: /* 定量生物学の会コアメンバー一覧 */

==定量生物学の会コアメンバー一覧 ==
発生生物学・細胞生物学・分子生物学・生物物理学・1分子生物学・数理生物学・バイオインフォマティクス・バイオイメージング・生命工学などの、各分野を牽引してゆくポテンシャルと熱意を秘めていると思われる若手研究者が広く集まっています。

*青木　一洋 (京都大学大学院生命科学研究科)
*新井　由之 (大阪大学産業科学研究所)
*荒田　幸信 (独立行政法人理化学研究所基幹研究所)
*伊藤　浩史 (九州大学芸術工学府デザイン人間科学コース)
*内田　誠一 (九州大学大学院システム情報科学研究院)
*戎家　美紀 (独立行政法人理化学研究所生命システム研究センター)
*笠井　倫志 (京都大学再生医科学研究所)
*木村　暁　 (国立遺伝学研究所)
*木村　啓志 (東海大学機械工学科)
*小林　徹也 (東京大学生産技術研究所)
*澤井　哲　 (東京大学大学院総合文化研究科)
*杉村　薫　 (京都大学 iCeMS)
*鈴木　誉保 (農業・食品産業技術総合研究機構カイコ機能改変技術開発ユニット)
*鈴木　団　 (早稲田大学バイオサイエンスシンガポール研究所 WABIOS)
*高木　拓明 (公立大学法人奈良県立医科大学医学部)
*塚田　祐基 (名古屋大学大学院理学研究科)
*寺前　順之介 (大阪大学)
*二階堂　愛 (独立行政法人理化学研究所)
*日比野　佳代 (国立遺伝学研究所)
*広井　賀子 (慶應義塾大学理工学部)
*藤森　俊彦 (基礎生物学研究所)
*舟橋　啓　 (慶應義塾大学理工学部)
*前多　裕介 (九州大学)
*松林　完　 (King’s College London)
 
休部中:
*奥　　寛雅 (群馬大学)
*石原　秀至 (明治大学理工学部)
*木下　和久 (独立行政法人理化学研究所基幹研究所)
*筒井　秀和 (北陸先端大学)
*原田　崇広
 

==定量生物学の会世話人一覧 ==
*小林　徹也 (東京大学生産技術研究所)
*杉村　薫　 (京都大学 iCeMS)
*高木　拓明 (公立大学法人奈良県立医科大学医学部)
*舟橋　啓　 (慶應義塾大学理工学部)

コアメンバー世話人一覧

2016-06-22T02:16:10Z

Tsuzuki: /* 定量生物学の会コアメンバー一覧 */

==定量生物学の会コアメンバー一覧 ==
発生生物学・細胞生物学・分子生物学・生物物理学・1分子生物学・数理生物学・バイオインフォマティクス・バイオイメージング・生命工学などの、各分野を牽引してゆくポテンシャルと熱意を秘めていると思われる若手研究者が広く集まっています。

*青木　一洋 (京都大学大学院生命科学研究科)
*新井　由之 (大阪大学産業科学研究所)
*荒田　幸信 (独立行政法人理化学研究所基幹研究所)
*伊藤　浩史 (九州大学芸術工学府デザイン人間科学コース)
*内田　誠一 (九州大学大学院システム情報科学研究院)
*戎家　美紀 (独立行政法人理化学研究所生命システム研究センター)
*笠井　倫志 (京都大学再生医科学研究所)
*木村　暁　 (国立遺伝学研究所)
*木村　啓志 (東海大学機械工学科)
*小林　徹也 (東京大学生産技術研究所)
*澤井　哲　 (東京大学大学院総合文化研究科)
*杉村　薫　 (京都大学 iCeMS)
*鈴木　誉保 (国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構カイコ機能改変技術開発ユニット)
*鈴木　団　 (早稲田大学バイオサイエンスシンガポール研究所 WABIOS)
*高木　拓明 (公立大学法人奈良県立医科大学医学部)
*塚田　祐基 (名古屋大学大学院理学研究科)
*寺前　順之介 (大阪大学)
*二階堂　愛 (独立行政法人理化学研究所)
*日比野　佳代 (国立遺伝学研究所)
*広井　賀子 (慶應義塾大学理工学部)
*藤森　俊彦 (基礎生物学研究所)
*舟橋　啓　 (慶應義塾大学理工学部)
*前多　裕介 (九州大学)
*松林　完　 (King’s College London)
 
休部中:
*奥　　寛雅 (群馬大学)
*石原　秀至 (明治大学理工学部)
*木下　和久 (独立行政法人理化学研究所基幹研究所)
*筒井　秀和 (北陸先端大学)
*原田　崇広
 

==定量生物学の会世話人一覧 ==
*小林　徹也 (東京大学生産技術研究所)
*杉村　薫　 (京都大学 iCeMS)
*高木　拓明 (公立大学法人奈良県立医科大学医学部)
*舟橋　啓　 (慶應義塾大学理工学部)

コアメンバー世話人一覧

2015-11-05T03:48:44Z

Tsuzuki: /* 定量生物学の会コアメンバー一覧 */

==定量生物学の会コアメンバー一覧 ==
発生生物学・細胞生物学・分子生物学・生物物理学・1分子生物学・数理生物学・バイオインフォマティクス・バイオイメージング・生命工学などの、各分野を牽引してゆくポテンシャルと熱意を秘めていると思われる若手研究者が広く集まっています。

*青木　一洋 (京都大学大学院生命科学研究科)
*新井　由之 (大阪大学産業科学研究所)
*荒田　幸信 (独立行政法人理化学研究所基幹研究所)
*伊藤　浩史 (九州大学芸術工学府デザイン人間科学コース)
*入江　直樹 (東京大学)
*内田　誠一 (九州大学大学院システム情報科学研究院)
*戎家　美紀 (独立行政法人理化学研究所生命システム研究センター)
*奥　　寛雅 (群馬大学)
*笠井　倫志 (京都大学再生医科学研究所)
*木村　暁　 (国立遺伝学研究所)
*木村　啓志 (東海大学機械工学科)
*小林　徹也 (東京大学生産技術研究所)
*澤井　哲　 (東京大学大学院総合文化研究科)
*杉村　薫　 (京都大学 iCeMS)
*鈴木　誉保 (国立研究開発法人農業生物資源研究所遺伝子組換え研究センター)
*鈴木　団　 (早稲田大学バイオサイエンスシンガポール研究所 WABIOS)
*高木　拓明 (公立大学法人奈良県立医科大学医学部)
*塚田　祐基 (名古屋大学大学院理学研究科)
*寺前　順之介 (大阪大学)
*二階堂　愛 (独立行政法人理化学研究所)
*日比野　佳代 (国立遺伝学研究所)
*広井　賀子 (慶應義塾大学理工学部)
*藤森　俊彦 (基礎生物学研究所)
*舟橋　啓　 (慶應義塾大学理工学部)
*前多　裕介 (九州大学)
*松林　完　 (King’s College London)
 
休部中:
*石原　秀至 (明治大学理工学部) 
*木下　和久 (独立行政法人理化学研究所基幹研究所)
*筒井　秀和 (北陸先端大学)
*原田　崇広

==定量生物学の会世話人一覧 ==
*小林　徹也 (東京大学生産技術研究所)
*杉村　薫　 (京都大学 iCeMS)
*高木　拓明 (公立大学法人奈良県立医科大学医学部)
*舟橋　啓　 (慶應義塾大学理工学部)

English

2011-04-12T01:50:45Z

Tsuzuki: /* Core members */

== What is the Japanese Society for Quantitative Biology (Q-BioJP)? ==
The '''Japanese Society for Quantitative Biology''' ('''Q-BioJP''') is a non-profit organization founded in 2008 that is dedicated to the advancement of the field of quantitative biology. 
The mission of the '''Q-BioJP''' is to
* bring together the various fields of biological research that will benefit from quantitative analysis
* provide an interdisciplinary forum for research, and to provide opportunities for collaboration in quantitative biology
* promote the field of quantitative biology and to advance our understanding of biological systems.
[[Main_Page|Japanese "Main Page"]]
 

== Background of the foundation ==
'''A PERIOD OF TRANSITION''' 
Biology is in a period of transition, from being a mostly descriptive and qualitative discipline towards being more analytical and quantitative. It is hoped that this change in emphasis will produce insights, and also new technologies. These approaches will be carried out by a new kind of biologist who can deal with the requirements of this new field. 
'''A FUTURE GOAL OF BIOLOGY''' 
While most of modern biology was focused on the properties of individual molecules, a future goal will be to understand their dynamics, and will require finding new ways of thinking and analysing these processes at a level beyond the individual components and their static properties. For solutions to these comprehensive questions, biology is now looking to other disciplines. Systems Biology has built strong links between Biology, Computer Sciences, and Mathematics to develop integrated approaches to deal with recent explosive increase in biological knowledge. 
'''HOW TO APPROACH THE PRINCIPLES''' 
Now to approach the principles that underlie their dynamical behaviors, the Physical and Chemical Sciences may provide a useful precedent. We also notice biological systems may have design principles that can be understood from an Engineering point of view. 
[[About_us|Japanese "About us"]]
 

== The Aim of the Q-BioJP ==
'''TO PROMOTE SPONTANEOUS ACTION''' 
Our purpose is to promote spontaneous action of each scientist for the development of quantitative biology. 
'''TO ESTABLISH AN INTERDISCIPLINARY ENVIRONMENT''' 
To achieve this objective we plan to establish an interdisciplinary research environment; such an environment will accelerate the natural convergence of different but related fields, and the expansion research into at the interface of different areas of research. 
The interactions fostered by us will transcend the boundaries between Biology and Physics, Chemistry, Engineering, Mathematics and Computational sciences. 
'''TO FORM A COMMUNITY FOR DEVELOPMENTS OF THE FIELD''' 
Above all, we aim to form a community that will be nourished by, and contribute to, the new developments which arise from the interdisciplinary research environment, and will provide the means for people with different approaches to related problems to come together and find novel and interesting solutions. 
[[About_us|Japanese "About us"]]
 

== Targeting Subject ==
We explore techniques and methods to quantify the physical properties that determine the dynamics of biological phenomena. Our main focus is on '''cellular-level biology''', but we are also concerned with the structure and organization of cells. The behavior of cells is influenced by events at '''a molecular level''' and upwards to '''the tissue and organism level'''. A new-generation model of Q-BioJP can take initiatives at '''medical sciences''' such as pharmacokinetics and cancer research. Q-BioJP will strive to understand the various levels of biological systems and the relationships that exist between them. 
[[About_us|Japanese "About us"]]
 

== Agenda ==
To these ends, we operate the following three strategies:
====1. An annual meeting to - foster excellence in research and education -====
We organize an annual scientific meeting which consists of technical tutorials and sessions focused on selected topics. 
* '''target audience''': Scientists that have already begun a research in the field of quantitative biology or have concrete plans to start.
* '''objective''': The meeting provides a program for the interdisciplinary community of quantitative biologists to promote sharing of information to solve technical problems in their research, and to promote discussions of our future direction.
The 3rd Annual Meeting will be held on 26th - 28th November 2010 in The Institute of Industrial Science, The University of Tokyo. 
 
[[Events|Japanese "Events"]]

====2. Caravan - scholarly dissemination of research -====
* '''target audience''': researchers who are interested in quantitative biology but require guidance in starting a research program in this area “quantitative biology”.
* '''objective''': To showcase exciting examples of quantitative biology with an emphasis on the importance of the quantitative point of view in biology.

====3. Mailing list====
* '''objective''' : exchanging information on topics relating to quantitative biology.
* '''members in the list''': '''There is no condition to participate our mailing list except your motivation'''. You can join anytime via a direct invitation by a core member. (This mailing list is basically managed in Japanese.)
 

===All are welcome who would strive together to ensure the future of this new basic scientific field!===
 
 
==== Links in English on q-bio.jp ====
*[http://www.iis.u-tokyo.ac.jp/What_e/What_e.html Institute of Industrial Science, the University of Tokyo][[Events|in "Events"]]
*[http://www.med.osaka-u.ac.jp/index-e.html Graduate School of Medicine/Faculty of Medicine, Osaka University][[Events|in "Events"]]
*[http://www.nig.ac.jp/index-e.html National Institute of Genetics][[Events|in "Events"]]
*[http://www.jsbi.org/en Japanese Society for Bioinformatics][[Events|in "Events"]]
*[http://www.springer.com/physics/book/978-3-540-40824-6 Synergetics by Hermann Haken][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.elsevierdirect.com/ISBN/9780123497031/Differential-Equations-Dynamical-Systems-and-an-Introduction-to-Chaos| Differential Equations Dynamical Systems and an Introduction to Chaos by Dr. Morris W. Hirsch, Dr. Stephen Smale and Dr. Robert Devaney][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.perseusbooks.com/perseus/book_detail.jsp?isbn=0738204536 Nonlinear Dynamics And Chaos With Applications To Physics, Biology, Chemistry, And Engineering by Steven H. Strogatz][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://press.princeton.edu/titles/112.html Random Walks in Biology by Howard C. Berg][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.cambridge.org/us/catalogue/catalogue.asp?isbn=0521783372 Biological Physics of the Developing Embryo by Gabor Forgacs and Stuart A. Newman][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.springer.com/mathematics/mathematical+biology/book/978-0-387-75846-6 Mathematical Physiology by James Keener, James Sneyd][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.garlandscience.com/textbooks/0815341636.asp Physical Biology of the Cell by Rob Phillips, Jane Kondev, Julie Theriot][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/bookUri.html An Introduction to Systems Biology - Design Principles of Biological Circuits by Uri Alon][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.micro-manager.org/| micromanager][[Documents|in "Documents", image processing tools]]
*[http://www.mathworks.com/products/image/demos.html MathWorks Image Proecssing Toolbox][[Documents|in "Documents", image processing tools]]
*[http://homepages.inf.ed.ac.uk/rbf/HIPR2 image processing learning resources][[Documents|in "Documents", image processing tools]]
*[http://q-bio.jp/wiki/News#Biology.2FGenetics.2FEvolution_Postdoctoral_Fellow_Position.2C__Fred_Hutchinson_Cancer_Research_Center_.28091006.29_New.21.21 Biology/Genetics/Evolution Postdoctoral Fellow Position, Fred Hutchinson Cancer Research Center (091006)][[News|in "News", Job opportunity]]

==Core members==
*'''Kazuhiro Aoki''' (Laboratory of Bioimaging and Cell Signaling,Graduate School of Biostudies, Kyoto University)
*'''Yukinobu Arata''' (Riken, Advanced Science Institute)
*'''Shuji Ishihara''' (Graduate School of Arts and Sciences, University of Tokyo)
*'''Yu-ichi Ozaki''' (Department of Biophysics and Biochemistry, Graduate School of Science, University of Tokyo)
*'''Rinshi S. Kasai''' (Institute for Integrated Cell-Material Sciences,Kyoto University)
*'''Kazuhisa Kinoshita''' (RIKEN Advanced Science Institute)
*'''Akatsuki Kimura'''(Cell Architecture Laboratory, National Institute of Genetics)
*'''Gen Kurosawa''' (RIKEN Advanced Science Institute)
*'''Hiroshi Kohsaka''' (Department of Physics, Graduate School of Science University of Tokyo)
*'''Gohta Goshima''' (Division of Biological Science, Graduate School of Science, Nagoya University)
*'''Taeko Kobayashi''' (Institute for Virus Research, Kyoto University)
*'''Tetsuya J. Kobayashi''' (Institute of Industrial Science, the University of Tokyo)
*'''Masayuki J. Sato''' (Laboratories for Nanobiology, Graduate School of Frontier Biosciences, Osaka University)
*'''Satoshi Sawai''' (Graduate School of Arts and Sciences, University of Tokyo)
*'''Kaoru Sugimura''' (iCeMS, Kyoto University)
*'''Takao Suzuki''' (National Institute of Agrobiological Sciences (NIAS) Transgenic Silkworm Research Center)
*'''Madoka Suzuki''' (WASEDA Bioscience Research Institute in Singapore (WABIOS))
*'''Hiroaki Takagi''' (Department of Physics, School of Medicine, Nara Medical University)
*'''Yuki Tsukada''' (Division of Biological Science, Graduate School of Science, Nagoya University)
*'''Hidekazu Tsutsui''' (Osaka University)
*'''Tetsuya Nakamura''' (Developmental Genetics group, Graduate School of Frontier Biosciences, Osaka university)
*'''Itoshi Nikaido''' (Functional Genomics Unit, RIKEN Center for Developmental Biology)
*'''Takahiro Harada''' (Department of Physics, Graduate School of Science, the University of Tokyo)
*'''Kayo Hibino'''(Cellular Informatics Laboratory, RIKEN ASI)
*'''Noriko Hiroi''' (Department of Biosciences and Informatics, Keio University)
*'''Toshihiko Fujimori''' (Division of Embryology, National Institute for Basic Biology)
*'''Akira Funahashi''' (Department of Biosciences and Informatics, Keio University)
*'''Yusuke T. Maeda''' (Center for Studies in Physics and Biology, The Rockefeller University)
*'''Yutaka Matsubayashi''' (School of Biochemistry, Faculty of Medical and Veterinary Sciences, University of Bristol)
 
 

== Acknowledgement ==
We are grateful to Dr. Aitor Gonza ́ lez (Institute for Virus Research, Kyoto University, Japan) , Dr. Jonathan James Ward (Cellular architecture Group, Cell Biology and Biophysics Unit, EMBL-Heidelberg, Germany), Kris Popendorf (Bioinformatics Laboratory, Department of Bioscience and Informatics, Keio University, Japan) for kindly editing of the English manuscript of this webpage with helpful comments.

English

2011-04-12T01:49:55Z

Tsuzuki: /* Core members */

== What is the Japanese Society for Quantitative Biology (Q-BioJP)? ==
The '''Japanese Society for Quantitative Biology''' ('''Q-BioJP''') is a non-profit organization founded in 2008 that is dedicated to the advancement of the field of quantitative biology. 
The mission of the '''Q-BioJP''' is to
* bring together the various fields of biological research that will benefit from quantitative analysis
* provide an interdisciplinary forum for research, and to provide opportunities for collaboration in quantitative biology
* promote the field of quantitative biology and to advance our understanding of biological systems.
[[Main_Page|Japanese "Main Page"]]
 

== Background of the foundation ==
'''A PERIOD OF TRANSITION''' 
Biology is in a period of transition, from being a mostly descriptive and qualitative discipline towards being more analytical and quantitative. It is hoped that this change in emphasis will produce insights, and also new technologies. These approaches will be carried out by a new kind of biologist who can deal with the requirements of this new field. 
'''A FUTURE GOAL OF BIOLOGY''' 
While most of modern biology was focused on the properties of individual molecules, a future goal will be to understand their dynamics, and will require finding new ways of thinking and analysing these processes at a level beyond the individual components and their static properties. For solutions to these comprehensive questions, biology is now looking to other disciplines. Systems Biology has built strong links between Biology, Computer Sciences, and Mathematics to develop integrated approaches to deal with recent explosive increase in biological knowledge. 
'''HOW TO APPROACH THE PRINCIPLES''' 
Now to approach the principles that underlie their dynamical behaviors, the Physical and Chemical Sciences may provide a useful precedent. We also notice biological systems may have design principles that can be understood from an Engineering point of view. 
[[About_us|Japanese "About us"]]
 

== The Aim of the Q-BioJP ==
'''TO PROMOTE SPONTANEOUS ACTION''' 
Our purpose is to promote spontaneous action of each scientist for the development of quantitative biology. 
'''TO ESTABLISH AN INTERDISCIPLINARY ENVIRONMENT''' 
To achieve this objective we plan to establish an interdisciplinary research environment; such an environment will accelerate the natural convergence of different but related fields, and the expansion research into at the interface of different areas of research. 
The interactions fostered by us will transcend the boundaries between Biology and Physics, Chemistry, Engineering, Mathematics and Computational sciences. 
'''TO FORM A COMMUNITY FOR DEVELOPMENTS OF THE FIELD''' 
Above all, we aim to form a community that will be nourished by, and contribute to, the new developments which arise from the interdisciplinary research environment, and will provide the means for people with different approaches to related problems to come together and find novel and interesting solutions. 
[[About_us|Japanese "About us"]]
 

== Targeting Subject ==
We explore techniques and methods to quantify the physical properties that determine the dynamics of biological phenomena. Our main focus is on '''cellular-level biology''', but we are also concerned with the structure and organization of cells. The behavior of cells is influenced by events at '''a molecular level''' and upwards to '''the tissue and organism level'''. A new-generation model of Q-BioJP can take initiatives at '''medical sciences''' such as pharmacokinetics and cancer research. Q-BioJP will strive to understand the various levels of biological systems and the relationships that exist between them. 
[[About_us|Japanese "About us"]]
 

== Agenda ==
To these ends, we operate the following three strategies:
====1. An annual meeting to - foster excellence in research and education -====
We organize an annual scientific meeting which consists of technical tutorials and sessions focused on selected topics. 
* '''target audience''': Scientists that have already begun a research in the field of quantitative biology or have concrete plans to start.
* '''objective''': The meeting provides a program for the interdisciplinary community of quantitative biologists to promote sharing of information to solve technical problems in their research, and to promote discussions of our future direction.
The 3rd Annual Meeting will be held on 26th - 28th November 2010 in The Institute of Industrial Science, The University of Tokyo. 
 
[[Events|Japanese "Events"]]

====2. Caravan - scholarly dissemination of research -====
* '''target audience''': researchers who are interested in quantitative biology but require guidance in starting a research program in this area “quantitative biology”.
* '''objective''': To showcase exciting examples of quantitative biology with an emphasis on the importance of the quantitative point of view in biology.

====3. Mailing list====
* '''objective''' : exchanging information on topics relating to quantitative biology.
* '''members in the list''': '''There is no condition to participate our mailing list except your motivation'''. You can join anytime via a direct invitation by a core member. (This mailing list is basically managed in Japanese.)
 

===All are welcome who would strive together to ensure the future of this new basic scientific field!===
 
 
==== Links in English on q-bio.jp ====
*[http://www.iis.u-tokyo.ac.jp/What_e/What_e.html Institute of Industrial Science, the University of Tokyo][[Events|in "Events"]]
*[http://www.med.osaka-u.ac.jp/index-e.html Graduate School of Medicine/Faculty of Medicine, Osaka University][[Events|in "Events"]]
*[http://www.nig.ac.jp/index-e.html National Institute of Genetics][[Events|in "Events"]]
*[http://www.jsbi.org/en Japanese Society for Bioinformatics][[Events|in "Events"]]
*[http://www.springer.com/physics/book/978-3-540-40824-6 Synergetics by Hermann Haken][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.elsevierdirect.com/ISBN/9780123497031/Differential-Equations-Dynamical-Systems-and-an-Introduction-to-Chaos| Differential Equations Dynamical Systems and an Introduction to Chaos by Dr. Morris W. Hirsch, Dr. Stephen Smale and Dr. Robert Devaney][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.perseusbooks.com/perseus/book_detail.jsp?isbn=0738204536 Nonlinear Dynamics And Chaos With Applications To Physics, Biology, Chemistry, And Engineering by Steven H. Strogatz][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://press.princeton.edu/titles/112.html Random Walks in Biology by Howard C. Berg][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.cambridge.org/us/catalogue/catalogue.asp?isbn=0521783372 Biological Physics of the Developing Embryo by Gabor Forgacs and Stuart A. Newman][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.springer.com/mathematics/mathematical+biology/book/978-0-387-75846-6 Mathematical Physiology by James Keener, James Sneyd][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.garlandscience.com/textbooks/0815341636.asp Physical Biology of the Cell by Rob Phillips, Jane Kondev, Julie Theriot][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/bookUri.html An Introduction to Systems Biology - Design Principles of Biological Circuits by Uri Alon][[Documents|in "Documents", recommedned text books]]
*[http://www.micro-manager.org/| micromanager][[Documents|in "Documents", image processing tools]]
*[http://www.mathworks.com/products/image/demos.html MathWorks Image Proecssing Toolbox][[Documents|in "Documents", image processing tools]]
*[http://homepages.inf.ed.ac.uk/rbf/HIPR2 image processing learning resources][[Documents|in "Documents", image processing tools]]
*[http://q-bio.jp/wiki/News#Biology.2FGenetics.2FEvolution_Postdoctoral_Fellow_Position.2C__Fred_Hutchinson_Cancer_Research_Center_.28091006.29_New.21.21 Biology/Genetics/Evolution Postdoctoral Fellow Position, Fred Hutchinson Cancer Research Center (091006)][[News|in "News", Job opportunity]]

==Core members==
*'''Kazuhiro Aoki''' (Laboratory of Bioimaging and Cell Signaling,Graduate School of Biostudies, Kyoto University)
*'''Yukinobu Arata''' (Riken, Advanced Science Institute)
*'''Shuji Ishihara''' (Graduate School of Arts and Sciences, University of Tokyo)
*'''Yu-ichi Ozaki''' (Department of Biophysics and Biochemistry, Graduate School of Science, University of Tokyo)
*'''Rinshi S. Kasai''' (Institute for Integrated Cell-Material Sciences,Kyoto University)
*'''Kazuhisa Kinoshita''' (RIKEN Advanced Science Institute)
*'''Akatsuki Kimura'''(Cell Architecture Laboratory, National Institute of Genetics)
*'''Gen Kurosawa''' (RIKEN Advanced Science Institute)
*'''Hiroshi Kohsaka''' (Department of Physics, Graduate School of Science University of Tokyo)
*'''Gohta Goshima''' (Division of Biological Science, Graduate School of Science, Nagoya University)
*'''Taeko Kobayashi''' (Institute for Virus Research, Kyoto University)
*'''Tetsuya J. Kobayashi''' (Institute of Industrial Science, the University of Tokyo)
*'''Masayuki J. Sato''' (Laboratories for Nanobiology, Graduate School of Frontier Biosciences, Osaka University)
*'''Satoshi Sawai''' (Graduate School of Arts and Sciences, University of Tokyo)
*'''Kaoru Sugimura''' (iCeMS, Kyoto University)
*'''Takao Suzuki''' National Institute of Agrobiological Sciences (NIAS) Transgenic Silkworm Research Center)
*'''Madoka Suzuki''' (WASEDA Bioscience Research Institute in Singapore (WABIOS))
*'''Hiroaki Takagi''' (Department of Physics, School of Medicine, Nara Medical University)
*'''Yuki Tsukada''' (Division of Biological Science, Graduate School of Science, Nagoya University)
*'''Hidekazu Tsutsui''' (Osaka University)
*'''Tetsuya Nakamura''' (Developmental Genetics group, Graduate School of Frontier Biosciences, Osaka university)
*'''Itoshi Nikaido''' (Functional Genomics Unit, RIKEN Center for Developmental Biology)
*'''Takahiro Harada''' (Department of Physics, Graduate School of Science, the University of Tokyo)
*'''Kayo Hibino'''(Cellular Informatics Laboratory, RIKEN ASI)
*'''Noriko Hiroi''' (Department of Biosciences and Informatics, Keio University)
*'''Toshihiko Fujimori''' (Division of Embryology, National Institute for Basic Biology)
*'''Akira Funahashi''' (Department of Biosciences and Informatics, Keio University)
*'''Yusuke T. Maeda''' (Center for Studies in Physics and Biology, The Rockefeller University)
*'''Yutaka Matsubayashi''' (School of Biochemistry, Faculty of Medical and Veterinary Sciences, University of Bristol)
 
 

== Acknowledgement ==
We are grateful to Dr. Aitor Gonza ́ lez (Institute for Virus Research, Kyoto University, Japan) , Dr. Jonathan James Ward (Cellular architecture Group, Cell Biology and Biophysics Unit, EMBL-Heidelberg, Germany), Kris Popendorf (Bioinformatics Laboratory, Department of Bioscience and Informatics, Keio University, Japan) for kindly editing of the English manuscript of this webpage with helpful comments.

コアメンバー世話人一覧

2011-04-06T14:28:14Z

Tsuzuki: /* 定量生物学の会コアメンバー一覧 */

==定量生物学の会コアメンバー一覧 ==
発生生物・細胞生物・分子生物・生物物理・1分子生物・数理生物・バイオインフォマティクス・バイオイメージング・生命工学などの、各分野を牽引してゆくポテンシャルと熱意を秘めていると思われる若手研究者が広く集まっています。

*青木　一洋 (京都大学大学院生命科学研究科生体制御学)
*荒田　幸信 (独立行政法人理化学研究所基幹研究所)
*石原　秀至 (東京大学大学院総合文化研究科)
*尾崎　裕一 (東京大学理学系研究科生物化学専攻)
*笠井　倫志 (京都大学再生医科学研究所)
*木下　和久 (独立行政法人理化学研究所平野染色体ダイナミクス研究室)
*木村　暁　 (国立遺伝学研究所細胞建築研究室)
*黒澤　元　 (独立行政法人理化学研究所)
*高坂　洋史 (東京大学理学部物理学科)
*五島　剛太 (名古屋大学大学院理学研究科)
*小林　妙子 (京都大学ウイルス研究所)
*小林　徹也 (東京大学生産技術研究所)
*佐藤　雅之 (Beth Israel Deaconess Medical Center & Harvard Medical School)
*澤井　哲　 (東京大学大学院総合文化研究科)
*杉村　薫　 (京都大学 iCeMS)
*鈴木　誉保 (独立行政法人　農業生物資源研究所遺伝子組換え研究センター)
*鈴木　団　 (早稲田大学バイオサイエンスシンガポール研究所 WABIOS)
*高木　拓明 (公立大学法人奈良県立医科大学医学部)
*塚田　祐基 (名古屋大学大学院理学研究科)
*筒井　秀和 (大阪大学医学系研究科)
*中村　哲也 (大阪大学大学院生命機能研究科)
*二階堂　愛 (独立行政法人理化学研究所発生・再生科学総合研究センター)
*原田　崇広 (東京大学理学系研究科)
*日比野　佳代 (独立行政法人理化学研究所細胞情報研究室)
*広井　賀子 (慶應義塾大学理工学部)
*藤森　俊彦 (基礎生物学研究所)
*舟橋　啓　 (慶應義塾大学理工学部)
*前多　裕介 (ロックフェラー大学生物物理学研究センター)
*松林　完　 (ブリストル大学生化学教室)

==定量生物学の会世話人一覧 ==
*黒澤　元　 (理化学研究所基幹研究所)
*小林　徹也 (東京大学生産技術研究所)
*佐藤　雅之 (Beth Israel Deaconess Medical Center & Harvard Medical School)
*杉村　薫　 (京都大学 iCeMS)
*舟橋　啓　 (慶應義塾大学理工学部)

第一回キャラバン

2008-12-26T04:45:47Z

Tsuzuki: /* セッション３　定量データに基づく発生生物学（仮題） */

== 定量生物学の会　第１回キャラバン遺伝研最新情報==
*参加登録方法、ポスター申し込み方法などの情報を掲載しました(081224)。
*企画セッション（暫定）をupしました(081204)。
*講演者の方々から頂いたタイトルを一部upしました(081121)。

== 定量生物学の会　第１回キャラバン遺伝研参加登録==
* 研究会の参加(聴講)は無料、申し込み不要です。
* ポスター発表セクションを設けます。希望される方は、必ず、事前にお申し込みください（下記、「ポスター発表申し込み」を参照して下さい）。
* 懇親会へ参加される方は飲食費として3,000円(予定)を当日お支払いいただきます。当日参加も対応しますが、できるだけ事前に申し込んで頂きますようよろしくお願い致します(e-mail: qbio.nig2009 at gmail.com [at を @ に置換してください]：メールの件名は「懇親会申し込み（氏名）」として、お名前を明記してください)。

== 目的==
「定量生物学の会キャラバン」とは定量生物学の会のメンバーと開催研究機関の研究者を中心とした外部の研究者との議論を通じて、「定量生物学」の発展と共同研究の可能性を探る研究会です。第1回キャラバンとなる国立遺伝学研究所での研究会では、「定量生物学」の最新の研究について報告・討論するとともに、チュートリアルの部も設け、実験生物学者が物理的な思考や数理的な解析手法を取り入れるために必要な基礎的な知識を提供します。

== 日程・場所・参加費==
* 会場：国立遺伝学研究所（静岡県三島市谷田1111）交通・宿泊については下記参照。
* 開催日： 2009年3月13日(金)−14日(土) 13日は、チュートリアルの部を10:00開始、研究発表の部を14:00開始とします。ポスター発表・懇親会は13日夜に行います。14日は13:00終了予定です。
* 参加費：無料です（懇親会代は別途必要: 3,000円を予定）。

== 会場への交通・宿泊==
* JR新幹線三島駅からバスまたはタクシーでお越しください。詳細は[http://www.nig.ac.jp/nig/j/map.html 遺伝研Webサイト]を参照ください。
** バスの場合、「遺伝研前」（遺伝研の門の前）に停まるバスの本数は少ないのでご注意ください。初日の10:00に到着するには、9:20三島駅(南口)５番乗場発のバス（「柳郷地・社会保険病院」行）をご利用ください。研究発表の部(14:00開始)から参加される場合、12:25三島駅発の「遺伝研前」に停車するバスか、13:25駅発で「遺伝研坂下」（遺伝研から徒歩10分）に停車するバスをご利用ください。
** 三島駅から遺伝研までのタクシー代は約1,500円です。「(谷田の)遺伝学(研究所)」といえば伝わるはずです。
* 宿泊は各自で手配をお願いいたします（招待講演者以外）。比較的便利なのは[http://travel.rakuten.co.jp/HOTEL/52633/52633.html ホテルアリスト三島]と[http://www.mishimaph.co.jp/ みしまプラザホテル]です。いずれも遺伝研前行きのバス停（「本町プラザホテル前」）の近くです。（初日の懇親会後は、タクシーで移動いただくことになります。）

==ポスター発表申し込み==
一般発表はすべてポスター発表とします。異分野の研究交流が研究会の主な目的ですので、招待講演者を含め、希望される方にはポスター発表をしていただきたいと考えています。いわゆる「研究発表」だけではなく、「こういうことで困っているが誰か助けてくれないか？」といった問題提起の発表も歓迎します。 
ポスター発表を希望する方は、2月20日（金）までに、発表者氏名・所属・メールアドレスと発表タイトルを電子メールでお寄せください(e-mail: qbio.nig2009 at gmail.com [at を @ に置換してください]：メールの件名は「ポスター発表申し込み（氏名）」として、お名前を明記してください)。上記情報は当日配布する冊子に掲載させて頂きます。冊子への掲載に問題がある場合は、申し込み時にその旨お知らせ下さい。

==チュートリアルの部==
*小林　徹也（東京大）
**定量生物学と数理：概説と展望
*杉村　薫（理研）木村　暁（遺伝研）
**生物理論を理解するために最低限知っておくべきこと～分子生物学バックグランドの研究者を対象に
*柴田　達夫（広島大）
**ゆらぐ世界の定量生物学

== 研究発表の部　企画セッション（暫定）==
===セッション１　生物を観る・計る（仮題）===
*塚田　祐基（奈良先端大）
**FRET時系列画像の定量解析（細胞形態変化を含めて）
*藤田　生水（東京大）
**分裂酵母における核移動の周期性を生み出す機構
*渡邊　朋信（大阪大)
**三次元単粒子ナノ追跡法で観た細胞内小胞輸送

===セッション２　生物を、環境を操作する（仮題）===
*荒田　幸信（理研CDB）
**in vitro細胞操作系を用いた発生研究
*若本　祐一（東京大）
**環境変化に対する細胞集団としての挙動と１細胞の動態
*合成生物学の研究者１名に講演を依頼する予定です。

===セッション３　定量データに基づく発生生物学（仮題）===
*小山　宏史（遺伝研）
**細胞形状から細胞質分裂を探る　～細胞質分裂の力学的理解～　
*小曽戸　陽一（理研CDB）
**時空間依存的な組織内細胞挙動の定量ーシミュレーション相互解析：神経前駆細胞のエレベーター運動について
*鈴木　誉保（理研CDB）
**枯葉に擬態した蛾の翅模様の遺伝的統計構造　−形態測定法とネットワーク表現−

===セッション４　定量データに基づく理論、インフォマティクス（仮題）===
*渡部　聡朗（遺伝研）　
**超高速シークエンサーを用いたsmall RNAの機能・生合成経路の研究：マウス内在性siRNA機構の発見
*柴田　達夫（広島大）
** 細胞スケールの自己組織化現象を１細胞イメージングによる定量データと数理モデルにより解明する

== スケジュール（暫定）==
*３月１３日午前　チュートリアル

*３月１３日午後　セッション１、２・ポスター発表・懇親会

*３月１４日午前　セッション３、４・総合討論

== 問い合わせ先==
*qbio.nig2009 at gmail.com
　　（迷惑メール対策のため@をatと表示しています。at を @ に置換してください）

研究会の詳細な内容については随時このページを更新してお知らせします。

== 第１回キャラバン世話人==
*木村　暁（遺伝研） (akkimura at lab.nig.ac.jp)
*杉村　薫（理研） (kaolu.s at gmail.com )
　　（迷惑メール対策のため@をatと表示しています。at を @ に置換してください）

第一回キャラバン

2008-12-26T04:45:32Z

Tsuzuki: /* セッション３　定量データに基づく発生生物学（仮題） */

== 定量生物学の会　第１回キャラバン遺伝研最新情報==
*参加登録方法、ポスター申し込み方法などの情報を掲載しました(081224)。
*企画セッション（暫定）をupしました(081204)。
*講演者の方々から頂いたタイトルを一部upしました(081121)。

== 定量生物学の会　第１回キャラバン遺伝研参加登録==
* 研究会の参加(聴講)は無料、申し込み不要です。
* ポスター発表セクションを設けます。希望される方は、必ず、事前にお申し込みください（下記、「ポスター発表申し込み」を参照して下さい）。
* 懇親会へ参加される方は飲食費として3,000円(予定)を当日お支払いいただきます。当日参加も対応しますが、できるだけ事前に申し込んで頂きますようよろしくお願い致します(e-mail: qbio.nig2009 at gmail.com [at を @ に置換してください]：メールの件名は「懇親会申し込み（氏名）」として、お名前を明記してください)。

== 目的==
「定量生物学の会キャラバン」とは定量生物学の会のメンバーと開催研究機関の研究者を中心とした外部の研究者との議論を通じて、「定量生物学」の発展と共同研究の可能性を探る研究会です。第1回キャラバンとなる国立遺伝学研究所での研究会では、「定量生物学」の最新の研究について報告・討論するとともに、チュートリアルの部も設け、実験生物学者が物理的な思考や数理的な解析手法を取り入れるために必要な基礎的な知識を提供します。

== 日程・場所・参加費==
* 会場：国立遺伝学研究所（静岡県三島市谷田1111）交通・宿泊については下記参照。
* 開催日： 2009年3月13日(金)−14日(土) 13日は、チュートリアルの部を10:00開始、研究発表の部を14:00開始とします。ポスター発表・懇親会は13日夜に行います。14日は13:00終了予定です。
* 参加費：無料です（懇親会代は別途必要: 3,000円を予定）。

== 会場への交通・宿泊==
* JR新幹線三島駅からバスまたはタクシーでお越しください。詳細は[http://www.nig.ac.jp/nig/j/map.html 遺伝研Webサイト]を参照ください。
** バスの場合、「遺伝研前」（遺伝研の門の前）に停まるバスの本数は少ないのでご注意ください。初日の10:00に到着するには、9:20三島駅(南口)５番乗場発のバス（「柳郷地・社会保険病院」行）をご利用ください。研究発表の部(14:00開始)から参加される場合、12:25三島駅発の「遺伝研前」に停車するバスか、13:25駅発で「遺伝研坂下」（遺伝研から徒歩10分）に停車するバスをご利用ください。
** 三島駅から遺伝研までのタクシー代は約1,500円です。「(谷田の)遺伝学(研究所)」といえば伝わるはずです。
* 宿泊は各自で手配をお願いいたします（招待講演者以外）。比較的便利なのは[http://travel.rakuten.co.jp/HOTEL/52633/52633.html ホテルアリスト三島]と[http://www.mishimaph.co.jp/ みしまプラザホテル]です。いずれも遺伝研前行きのバス停（「本町プラザホテル前」）の近くです。（初日の懇親会後は、タクシーで移動いただくことになります。）

==ポスター発表申し込み==
一般発表はすべてポスター発表とします。異分野の研究交流が研究会の主な目的ですので、招待講演者を含め、希望される方にはポスター発表をしていただきたいと考えています。いわゆる「研究発表」だけではなく、「こういうことで困っているが誰か助けてくれないか？」といった問題提起の発表も歓迎します。 
ポスター発表を希望する方は、2月20日（金）までに、発表者氏名・所属・メールアドレスと発表タイトルを電子メールでお寄せください(e-mail: qbio.nig2009 at gmail.com [at を @ に置換してください]：メールの件名は「ポスター発表申し込み（氏名）」として、お名前を明記してください)。上記情報は当日配布する冊子に掲載させて頂きます。冊子への掲載に問題がある場合は、申し込み時にその旨お知らせ下さい。

==チュートリアルの部==
*小林　徹也（東京大）
**定量生物学と数理：概説と展望
*杉村　薫（理研）木村　暁（遺伝研）
**生物理論を理解するために最低限知っておくべきこと～分子生物学バックグランドの研究者を対象に
*柴田　達夫（広島大）
**ゆらぐ世界の定量生物学

== 研究発表の部　企画セッション（暫定）==
===セッション１　生物を観る・計る（仮題）===
*塚田　祐基（奈良先端大）
**FRET時系列画像の定量解析（細胞形態変化を含めて）
*藤田　生水（東京大）
**分裂酵母における核移動の周期性を生み出す機構
*渡邊　朋信（大阪大)
**三次元単粒子ナノ追跡法で観た細胞内小胞輸送

===セッション２　生物を、環境を操作する（仮題）===
*荒田　幸信（理研CDB）
**in vitro細胞操作系を用いた発生研究
*若本　祐一（東京大）
**環境変化に対する細胞集団としての挙動と１細胞の動態
*合成生物学の研究者１名に講演を依頼する予定です。

===セッション３　定量データに基づく発生生物学（仮題）===
*小山　宏史（遺伝研）
**細胞形状から細胞質分裂を探る　～細胞質分裂の力学的理解～　
*小曽戸　陽一（理研CDB）
**時空間依存的な組織内細胞挙動の定量ーシミュレーション相互解析：神経前駆細胞のエレベーター運動について
*鈴木　誉保（理研CDB）
**枯葉に擬態した蛾の羽模様の遺伝的統計構造　−形態測定法とネットワーク表現−

===セッション４　定量データに基づく理論、インフォマティクス（仮題）===
*渡部　聡朗（遺伝研）　
**超高速シークエンサーを用いたsmall RNAの機能・生合成経路の研究：マウス内在性siRNA機構の発見
*柴田　達夫（広島大）
** 細胞スケールの自己組織化現象を１細胞イメージングによる定量データと数理モデルにより解明する

== スケジュール（暫定）==
*３月１３日午前　チュートリアル

*３月１３日午後　セッション１、２・ポスター発表・懇親会

*３月１４日午前　セッション３、４・総合討論

== 問い合わせ先==
*qbio.nig2009 at gmail.com
　　（迷惑メール対策のため@をatと表示しています。at を @ に置換してください）

研究会の詳細な内容については随時このページを更新してお知らせします。

== 第１回キャラバン世話人==
*木村　暁（遺伝研） (akkimura at lab.nig.ac.jp)
*杉村　薫（理研） (kaolu.s at gmail.com )
　　（迷惑メール対策のため@をatと表示しています。at を @ に置換してください）

年会2009定量細胞生物学

2008-12-24T08:48:29Z

Tsuzuki: /* 概要 */

==第一回年会（セッション5）定量細胞生物学 ==
===日時===
2008/01/11 13:00-14:30 セッション5

=== 企画担当者===
*鈴木　誉保

=== 概要 ===
細胞を対象とした生物研究は、このわずか数十年の間に関与する分子を枚挙し、網羅的な列挙を可能にしました。近年では、細胞内で起きている反応を定量的に計測し解析することで、生命現象の背後に潜んでいる設計原理を明らかにしつつあります。本セッションでは、高解像度かつ高精度な計測技術によって見えてきた細胞メカニズムのダイナミックな現象の数々を紹介し、個別的な記述から “物理学的” 現象としての細胞ダイナミクスの記述の可能性について議論したいと思います。『生物システムを理解する』とはどういうことなのか？網羅的な記載に加えて、定量的に高精度に高密度に計測するということは、これまでにない情報を与えてくれるだけでなく、私たちの生命システムにたいする理解の仕方そのものに変革を迫るものになるのかもしれません。

== プログラム ==
===分光イメージング手法を用いて細胞内タンパク質の凝集体形成を解析する===
*講演者：北村　朗
:細胞内で生合成されるタンパク質は，最初，ポリペプチド鎖の状態で合成されるが，ポリペプチド鎖は折り畳む（フォールディングする）ことで機能的なタンパク質へと変化する．ところが，遺伝子の変異によってフォールディングに時間を要したり，さらにはまったくフォールディングができなくなっているタンパク質も存在する．このようなタンパク質は凝集体を形成し，アルツハイマー病，プリオン病などに代表される神経変性疾患のような重篤な病因となることが知られている．しかしながら，タンパク質のフォールディング過程を細胞内で時空間的に解析することは，従来の生化学的な手法ではきわめて難しいことから，分光学的な解析を試みようという発想に至った．分光器を用いた蛍光測定は今に始まったものではなく，古典的に使われてきた
:解析手法であるが，顕微鏡での分光測定を行うことで，従来，分光器で行っていた解析が生細胞内で可能になるということである． 
:　生細胞イメージングを用いた解析において重要となる情報は，タンパク質間相互作用と拡散・輸送などの動的挙動である．これらの事項を解析する手法として，従来より注目されていたのは，フェルスター機構による共鳴エネルギー移動(F¨orster Resonance Energy Transfer; FRET) である．これは，蛍光共鳴エネルギー移動とも呼ばれているが，分子間相互作用の起こるナノメートル程度に蛍光分子が接近し，かつ蛍光分子間の配座（方向の重なり）が一定の条件を満たしたときに起こる物理現象である．すなわち，FRET を用いることで分子間相互作用や構造変化を，蛍光強度変化の情報に変換して引き出すことが可能となる．我々は，このFRET をより定量的に評価するため，蛍光寿命イメージング顕微鏡(Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy; FLIM)を利用している．FRET が起こると，エネルギーを供給する側の分子（ドナー）の蛍光寿命は短くなることが知られている．この蛍光寿命をイメージングして解析することができるのがFLIM である．発表では，このFLIM を用いることにより，細胞内において，タンパク質が凝集体を形成する過程をモニターした結果について説明したいと思う． 
:　また，タンパク質が相互作用や凝集を起こし，分子量が大きくなると，拡散速度が遅くなることから，拡散速度を測定することで，分子間相互作用や凝集度合いを評価することが可能となる．このように，拡散速度を測定する方法としては，蛍光褪色後の蛍光強度回復(Fluorescence Recovery After Photobleaching; FRAP) がよく用いられていたが，拡散係数が約10 cm2/s よりも大きい（拡散速度が速い）分子の評価はきわめて困難であった．蛍光相関分光法(Fluorescence Correlation Spectroscopy; FCS) を用いると，拡散係数が数百cm2/s 程度のものでも定量的に拡散係数の測定が可能であり，さらに下限は数nM オーダーと，低濃度の試料に向いているという利点がある．FCS は，励起光と共焦点光学系によって作り出された共焦点領域(Confocal volume)と呼ばれる微少領域に，蛍光分子が出入りすることによって生じる蛍光強度のゆらぎの相関を求めることで，蛍光分子が微少領域に滞留していた時間を解析できる，さらには拡散係数を算出できる手法である． 
:　このように，FRET とFCS をそれぞれ単独でもしくは組み合わせて解析することにより，タンパク質間相互作用や細胞内の挙動をより詳細に解析できるようになってきている．本講演では，これらの手法を用いて，神経変性疾患の原因となる異常タンパク質の凝集過程とその過程における構造変化を解析し，これら異常タンパク質の構造および分子量変化と細胞死の関係を明らかにした結果について話したいと思う．

===細胞機能の遅いダイナミクス===
*講演者：原田　崇広
: 改めて述べるまでもなく細胞は極めて複雑な構造体であり，もっとも簡単な機能をとってもそこには多種多様な分子が関与している．そのため，細胞の振る舞いを定量的に記述することは，単一の細胞についてさえ一般には非常に難しい課題である．様々なアプローチがある中で，統計物理学において発展してきた様々な概念や手法を発展させて，細胞機能の解析に適用することは一つの有望な方向である．たとえば，細胞内で進行する様々な素過程の特徴的な時間スケールに比べて非常に長い時間スケールでの振る舞いに着目することにより，複雑な詳細に余りとらわれない一般的な性質を抽出できることが期待される．本発表では，こうした狙いのもとに，培養心筋細胞をモデル系として採用し，詳しい解析を行った結果を報告する． 
: 実験には，生後１～３日齢のラット由来の心筋細胞（心室・心房由来）を用いた．生体から単離された細胞は，in vitroでも定常的な拍動を見せる．そこで，細胞を顕微鏡上で培養するためのステージ上インキュベータを製作し，一定の環境下において細胞の拍動運動を非侵襲に長時間計測する測定系を構築した．この測定系を用いることで，細胞の状態を損なうことなく数時間以上の連続的な測定が可能になる． 
: この測定系を用いて，孤立した単一心室筋細胞の拍動タイミングの統計的性質を詳細に調べた．その結果，定常的な拍動や，拍動が断続的に続くバースト的な拍動など，いくつかの特徴的なパターンが存在し，場合によっては単一細胞内でもそれらのパターンのゆっくりとした遷移が見られることが分かった．また，数分以上の長い時間スケールにおいて，拍動時間間隔の時系列に長時間相関が見られ，1/fゆらぎとして特徴付けられる事が分かった．また，時系列には様々な指数を持つ成分が混在していること（マルチフラクタル性）などが明らかになった．これらは，単一の細胞については初めて得られた知見である [1]．さらにこうした性質は，環境の温度などのパラメータにもほとんど依存せず見られ，頑強な性質である事が分かった． 
: 心室筋細胞について得られた結果の一般性を明らかにするため，同様の解析を心房由来の細胞についても行った．心房筋細胞では，心室筋細胞よりも拍動の周波数が顕著に高く，またバースト的な拍動パターンはほとんど現れないという違いが見られたが，長時間スケールにおける1/fゆらぎは心房筋細胞についても観測された．このことから，長時間スケールにおけるべき的な拍動タイミングの長時間相関は特定の細胞種に依らない一般的な性質である事が示唆された． 
: 現在，以上で見られた拍動タイミングの長時間相関の物理的・細胞生物学的メカニズムを明らかにするための研究を進めている．ここで見たような遅い時間スケールの現象には，細胞内外における様々な制御因子が関与することが予想されるが，時間スケールの大きな極限では，細胞機能の制御機構について，その詳細にあまり依存しない一般的な性質を抽出することが可能になるのではないかと期待している． 
: [1] T. Harada, T. Yokogawa, T. Miyaguchi and H. Kori, Biophys. J. in press (2008).

===細胞レベルと細胞集団の自己組織化 ===
*講演者：澤井　哲
細胞性粘菌は、動物の初期胚のように極性があらかじめ与えられていないにも関わらず、オーガナイザー的な役割をもつ細胞が出現し、サイクリックAMPの振動と波の自己組織化と、走化性によって多細胞体制を構築します。蛍光タンパクとFRETを利用したcAMPの計測、PIP3などのリン脂質シグナリング、F-アクチンの同時可視化についても紹介し、１細胞レベルの入出力応答と細胞内シグナル伝達の特性をふまえて、パターン形成の機構と、生物の自発性とゆらぎの起源の問題について議論したいと思います。

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年会2009定量細胞生物学

2008-12-24T08:47:59Z

Tsuzuki: /* 概要 */

==第一回年会（セッション5）定量細胞生物学 ==
===日時===
2008/01/11 13:00-14:30 セッション5

=== 企画担当者===
*鈴木　誉保

=== 概要 ===
細胞を対象とした生物研究は、このわずか数十年の間に関与する分子を枚挙し、網羅的な列挙を可能にしました。近年では、細胞内で起きている反応を定量的に計測し解析することで、生命現象の背後に潜んでいる設計原理を明らかにしつつあります。本セッションでは、高解像度かつ高精度な計測技術によって見えてきた細胞メカニズムのダイナミックな現象の数々を紹介し、個別的な記述から“物理学的”現象としての細胞ダイナミクスの記述の可能性について議論したいと思います。『生物システムを理解する』とはどういうことなのか？網羅的な記載に加えて、定量的に高精度に高密度に計測するということは、これまでにない情報を与えてくれるだけでなく、私たちの生命システムにたいする理解の仕方そのものに変革を迫るものになるのかもしれません。

== プログラム ==
===分光イメージング手法を用いて細胞内タンパク質の凝集体形成を解析する===
*講演者：北村　朗
:細胞内で生合成されるタンパク質は，最初，ポリペプチド鎖の状態で合成されるが，ポリペプチド鎖は折り畳む（フォールディングする）ことで機能的なタンパク質へと変化する．ところが，遺伝子の変異によってフォールディングに時間を要したり，さらにはまったくフォールディングができなくなっているタンパク質も存在する．このようなタンパク質は凝集体を形成し，アルツハイマー病，プリオン病などに代表される神経変性疾患のような重篤な病因となることが知られている．しかしながら，タンパク質のフォールディング過程を細胞内で時空間的に解析することは，従来の生化学的な手法ではきわめて難しいことから，分光学的な解析を試みようという発想に至った．分光器を用いた蛍光測定は今に始まったものではなく，古典的に使われてきた
:解析手法であるが，顕微鏡での分光測定を行うことで，従来，分光器で行っていた解析が生細胞内で可能になるということである． 
:　生細胞イメージングを用いた解析において重要となる情報は，タンパク質間相互作用と拡散・輸送などの動的挙動である．これらの事項を解析する手法として，従来より注目されていたのは，フェルスター機構による共鳴エネルギー移動(F¨orster Resonance Energy Transfer; FRET) である．これは，蛍光共鳴エネルギー移動とも呼ばれているが，分子間相互作用の起こるナノメートル程度に蛍光分子が接近し，かつ蛍光分子間の配座（方向の重なり）が一定の条件を満たしたときに起こる物理現象である．すなわち，FRET を用いることで分子間相互作用や構造変化を，蛍光強度変化の情報に変換して引き出すことが可能となる．我々は，このFRET をより定量的に評価するため，蛍光寿命イメージング顕微鏡(Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy; FLIM)を利用している．FRET が起こると，エネルギーを供給する側の分子（ドナー）の蛍光寿命は短くなることが知られている．この蛍光寿命をイメージングして解析することができるのがFLIM である．発表では，このFLIM を用いることにより，細胞内において，タンパク質が凝集体を形成する過程をモニターした結果について説明したいと思う． 
:　また，タンパク質が相互作用や凝集を起こし，分子量が大きくなると，拡散速度が遅くなることから，拡散速度を測定することで，分子間相互作用や凝集度合いを評価することが可能となる．このように，拡散速度を測定する方法としては，蛍光褪色後の蛍光強度回復(Fluorescence Recovery After Photobleaching; FRAP) がよく用いられていたが，拡散係数が約10 cm2/s よりも大きい（拡散速度が速い）分子の評価はきわめて困難であった．蛍光相関分光法(Fluorescence Correlation Spectroscopy; FCS) を用いると，拡散係数が数百cm2/s 程度のものでも定量的に拡散係数の測定が可能であり，さらに下限は数nM オーダーと，低濃度の試料に向いているという利点がある．FCS は，励起光と共焦点光学系によって作り出された共焦点領域(Confocal volume)と呼ばれる微少領域に，蛍光分子が出入りすることによって生じる蛍光強度のゆらぎの相関を求めることで，蛍光分子が微少領域に滞留していた時間を解析できる，さらには拡散係数を算出できる手法である． 
:　このように，FRET とFCS をそれぞれ単独でもしくは組み合わせて解析することにより，タンパク質間相互作用や細胞内の挙動をより詳細に解析できるようになってきている．本講演では，これらの手法を用いて，神経変性疾患の原因となる異常タンパク質の凝集過程とその過程における構造変化を解析し，これら異常タンパク質の構造および分子量変化と細胞死の関係を明らかにした結果について話したいと思う．

===細胞機能の遅いダイナミクス===
*講演者：原田　崇広
: 改めて述べるまでもなく細胞は極めて複雑な構造体であり，もっとも簡単な機能をとってもそこには多種多様な分子が関与している．そのため，細胞の振る舞いを定量的に記述することは，単一の細胞についてさえ一般には非常に難しい課題である．様々なアプローチがある中で，統計物理学において発展してきた様々な概念や手法を発展させて，細胞機能の解析に適用することは一つの有望な方向である．たとえば，細胞内で進行する様々な素過程の特徴的な時間スケールに比べて非常に長い時間スケールでの振る舞いに着目することにより，複雑な詳細に余りとらわれない一般的な性質を抽出できることが期待される．本発表では，こうした狙いのもとに，培養心筋細胞をモデル系として採用し，詳しい解析を行った結果を報告する． 
: 実験には，生後１～３日齢のラット由来の心筋細胞（心室・心房由来）を用いた．生体から単離された細胞は，in vitroでも定常的な拍動を見せる．そこで，細胞を顕微鏡上で培養するためのステージ上インキュベータを製作し，一定の環境下において細胞の拍動運動を非侵襲に長時間計測する測定系を構築した．この測定系を用いることで，細胞の状態を損なうことなく数時間以上の連続的な測定が可能になる． 
: この測定系を用いて，孤立した単一心室筋細胞の拍動タイミングの統計的性質を詳細に調べた．その結果，定常的な拍動や，拍動が断続的に続くバースト的な拍動など，いくつかの特徴的なパターンが存在し，場合によっては単一細胞内でもそれらのパターンのゆっくりとした遷移が見られることが分かった．また，数分以上の長い時間スケールにおいて，拍動時間間隔の時系列に長時間相関が見られ，1/fゆらぎとして特徴付けられる事が分かった．また，時系列には様々な指数を持つ成分が混在していること（マルチフラクタル性）などが明らかになった．これらは，単一の細胞については初めて得られた知見である [1]．さらにこうした性質は，環境の温度などのパラメータにもほとんど依存せず見られ，頑強な性質である事が分かった． 
: 心室筋細胞について得られた結果の一般性を明らかにするため，同様の解析を心房由来の細胞についても行った．心房筋細胞では，心室筋細胞よりも拍動の周波数が顕著に高く，またバースト的な拍動パターンはほとんど現れないという違いが見られたが，長時間スケールにおける1/fゆらぎは心房筋細胞についても観測された．このことから，長時間スケールにおけるべき的な拍動タイミングの長時間相関は特定の細胞種に依らない一般的な性質である事が示唆された． 
: 現在，以上で見られた拍動タイミングの長時間相関の物理的・細胞生物学的メカニズムを明らかにするための研究を進めている．ここで見たような遅い時間スケールの現象には，細胞内外における様々な制御因子が関与することが予想されるが，時間スケールの大きな極限では，細胞機能の制御機構について，その詳細にあまり依存しない一般的な性質を抽出することが可能になるのではないかと期待している． 
: [1] T. Harada, T. Yokogawa, T. Miyaguchi and H. Kori, Biophys. J. in press (2008).

===細胞レベルと細胞集団の自己組織化 ===
*講演者：澤井　哲
細胞性粘菌は、動物の初期胚のように極性があらかじめ与えられていないにも関わらず、オーガナイザー的な役割をもつ細胞が出現し、サイクリックAMPの振動と波の自己組織化と、走化性によって多細胞体制を構築します。蛍光タンパクとFRETを利用したcAMPの計測、PIP3などのリン脂質シグナリング、F-アクチンの同時可視化についても紹介し、１細胞レベルの入出力応答と細胞内シグナル伝達の特性をふまえて、パターン形成の機構と、生物の自発性とゆらぎの起源の問題について議論したいと思います。

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年会2009定量細胞生物学

2008-12-24T08:46:14Z

Tsuzuki: /* 概要 */

==第一回年会（セッション5）定量細胞生物学 ==
===日時===
2008/01/11 13:00-14:30 セッション5

=== 企画担当者===
*鈴木　誉保

=== 概要 ===
細胞を対象とした生物研究は、このわずか数十年の間に関与する分子を枚挙し、網羅的な列挙を可能にしました。近年では、細胞内で起きている反応を定量的に計測し解析することで、生命現象の背後に潜んでいる設計原理が明らかにしつつあります。本セッションでは、高解像度かつ高精度な計測技術によって見えてきた細胞メカニズムのダイナミックな現象の数々を紹介し、個別的な記述から“物理学的”現象としての細胞ダイナミクスの記述の可能性について議論したいと思います。『生物システムを理解する』とはどういうことなのか？網羅的な記載に加えて、定量的に高精度に高密度に計測するということは、これまでにない情報を与えてくれるだけでなく、私たちの生命システムにたいする理解の仕方そのものに変革を迫るものになるのかもしれません。

== プログラム ==
===分光イメージング手法を用いて細胞内タンパク質の凝集体形成を解析する===
*講演者：北村　朗
:細胞内で生合成されるタンパク質は，最初，ポリペプチド鎖の状態で合成されるが，ポリペプチド鎖は折り畳む（フォールディングする）ことで機能的なタンパク質へと変化する．ところが，遺伝子の変異によってフォールディングに時間を要したり，さらにはまったくフォールディングができなくなっているタンパク質も存在する．このようなタンパク質は凝集体を形成し，アルツハイマー病，プリオン病などに代表される神経変性疾患のような重篤な病因となることが知られている．しかしながら，タンパク質のフォールディング過程を細胞内で時空間的に解析することは，従来の生化学的な手法ではきわめて難しいことから，分光学的な解析を試みようという発想に至った．分光器を用いた蛍光測定は今に始まったものではなく，古典的に使われてきた
:解析手法であるが，顕微鏡での分光測定を行うことで，従来，分光器で行っていた解析が生細胞内で可能になるということである． 
:　生細胞イメージングを用いた解析において重要となる情報は，タンパク質間相互作用と拡散・輸送などの動的挙動である．これらの事項を解析する手法として，従来より注目されていたのは，フェルスター機構による共鳴エネルギー移動(F¨orster Resonance Energy Transfer; FRET) である．これは，蛍光共鳴エネルギー移動とも呼ばれているが，分子間相互作用の起こるナノメートル程度に蛍光分子が接近し，かつ蛍光分子間の配座（方向の重なり）が一定の条件を満たしたときに起こる物理現象である．すなわち，FRET を用いることで分子間相互作用や構造変化を，蛍光強度変化の情報に変換して引き出すことが可能となる．我々は，このFRET をより定量的に評価するため，蛍光寿命イメージング顕微鏡(Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy; FLIM)を利用している．FRET が起こると，エネルギーを供給する側の分子（ドナー）の蛍光寿命は短くなることが知られている．この蛍光寿命をイメージングして解析することができるのがFLIM である．発表では，このFLIM を用いることにより，細胞内において，タンパク質が凝集体を形成する過程をモニターした結果について説明したいと思う． 
:　また，タンパク質が相互作用や凝集を起こし，分子量が大きくなると，拡散速度が遅くなることから，拡散速度を測定することで，分子間相互作用や凝集度合いを評価することが可能となる．このように，拡散速度を測定する方法としては，蛍光褪色後の蛍光強度回復(Fluorescence Recovery After Photobleaching; FRAP) がよく用いられていたが，拡散係数が約10 cm2/s よりも大きい（拡散速度が速い）分子の評価はきわめて困難であった．蛍光相関分光法(Fluorescence Correlation Spectroscopy; FCS) を用いると，拡散係数が数百cm2/s 程度のものでも定量的に拡散係数の測定が可能であり，さらに下限は数nM オーダーと，低濃度の試料に向いているという利点がある．FCS は，励起光と共焦点光学系によって作り出された共焦点領域(Confocal volume)と呼ばれる微少領域に，蛍光分子が出入りすることによって生じる蛍光強度のゆらぎの相関を求めることで，蛍光分子が微少領域に滞留していた時間を解析できる，さらには拡散係数を算出できる手法である． 
:　このように，FRET とFCS をそれぞれ単独でもしくは組み合わせて解析することにより，タンパク質間相互作用や細胞内の挙動をより詳細に解析できるようになってきている．本講演では，これらの手法を用いて，神経変性疾患の原因となる異常タンパク質の凝集過程とその過程における構造変化を解析し，これら異常タンパク質の構造および分子量変化と細胞死の関係を明らかにした結果について話したいと思う．

===細胞機能の遅いダイナミクス===
*講演者：原田　崇広
: 改めて述べるまでもなく細胞は極めて複雑な構造体であり，もっとも簡単な機能をとってもそこには多種多様な分子が関与している．そのため，細胞の振る舞いを定量的に記述することは，単一の細胞についてさえ一般には非常に難しい課題である．様々なアプローチがある中で，統計物理学において発展してきた様々な概念や手法を発展させて，細胞機能の解析に適用することは一つの有望な方向である．たとえば，細胞内で進行する様々な素過程の特徴的な時間スケールに比べて非常に長い時間スケールでの振る舞いに着目することにより，複雑な詳細に余りとらわれない一般的な性質を抽出できることが期待される．本発表では，こうした狙いのもとに，培養心筋細胞をモデル系として採用し，詳しい解析を行った結果を報告する． 
: 実験には，生後１～３日齢のラット由来の心筋細胞（心室・心房由来）を用いた．生体から単離された細胞は，in vitroでも定常的な拍動を見せる．そこで，細胞を顕微鏡上で培養するためのステージ上インキュベータを製作し，一定の環境下において細胞の拍動運動を非侵襲に長時間計測する測定系を構築した．この測定系を用いることで，細胞の状態を損なうことなく数時間以上の連続的な測定が可能になる． 
: この測定系を用いて，孤立した単一心室筋細胞の拍動タイミングの統計的性質を詳細に調べた．その結果，定常的な拍動や，拍動が断続的に続くバースト的な拍動など，いくつかの特徴的なパターンが存在し，場合によっては単一細胞内でもそれらのパターンのゆっくりとした遷移が見られることが分かった．また，数分以上の長い時間スケールにおいて，拍動時間間隔の時系列に長時間相関が見られ，1/fゆらぎとして特徴付けられる事が分かった．また，時系列には様々な指数を持つ成分が混在していること（マルチフラクタル性）などが明らかになった．これらは，単一の細胞については初めて得られた知見である [1]．さらにこうした性質は，環境の温度などのパラメータにもほとんど依存せず見られ，頑強な性質である事が分かった． 
: 心室筋細胞について得られた結果の一般性を明らかにするため，同様の解析を心房由来の細胞についても行った．心房筋細胞では，心室筋細胞よりも拍動の周波数が顕著に高く，またバースト的な拍動パターンはほとんど現れないという違いが見られたが，長時間スケールにおける1/fゆらぎは心房筋細胞についても観測された．このことから，長時間スケールにおけるべき的な拍動タイミングの長時間相関は特定の細胞種に依らない一般的な性質である事が示唆された． 
: 現在，以上で見られた拍動タイミングの長時間相関の物理的・細胞生物学的メカニズムを明らかにするための研究を進めている．ここで見たような遅い時間スケールの現象には，細胞内外における様々な制御因子が関与することが予想されるが，時間スケールの大きな極限では，細胞機能の制御機構について，その詳細にあまり依存しない一般的な性質を抽出することが可能になるのではないかと期待している． 
: [1] T. Harada, T. Yokogawa, T. Miyaguchi and H. Kori, Biophys. J. in press (2008).

===細胞レベルと細胞集団の自己組織化 ===
*講演者：澤井　哲
細胞性粘菌は、動物の初期胚のように極性があらかじめ与えられていないにも関わらず、オーガナイザー的な役割をもつ細胞が出現し、サイクリックAMPの振動と波の自己組織化と、走化性によって多細胞体制を構築します。蛍光タンパクとFRETを利用したcAMPの計測、PIP3などのリン脂質シグナリング、F-アクチンの同時可視化についても紹介し、１細胞レベルの入出力応答と細胞内シグナル伝達の特性をふまえて、パターン形成の機構と、生物の自発性とゆらぎの起源の問題について議論したいと思います。

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年会2009定量細胞生物学

2008-12-24T08:45:57Z

Tsuzuki: /* 概要 */

==第一回年会（セッション5）定量細胞生物学 ==
===日時===
2008/01/11 13:00-14:30 セッション5

=== 企画担当者===
*鈴木　誉保

=== 概要 ===
細胞を対象とした生物研究は、このわずか数十年の間に関与する分子を枚挙し、網羅的な列挙を可能にしました。近年では、細胞内で起きている反応を定量的に計測し解析することで、生命現象の背後に潜んでいる設計原理が明らかにしつつあります。本セッションでは、高解像度かつ高精度な計測技術によって見えてきた細胞メカニズムのダイナミックな現象の数々を紹介し、個別的な記述から“物理学的”現象としての細胞ダイナミクスの記述の可能性について議論したいと思います。『生物システムを理解する』とはどういうことなのか？網羅的な記載に加えて、定量的に高精度に高密度に計測するということは、これまでにない情報を与えてくれるだけでなく、私たちの生命システムにたいする理解の仕方そのものに変革を迫るものになるのかもしれません。

== プログラム ==
===分光イメージング手法を用いて細胞内タンパク質の凝集体形成を解析する===
*講演者：北村　朗
:細胞内で生合成されるタンパク質は，最初，ポリペプチド鎖の状態で合成されるが，ポリペプチド鎖は折り畳む（フォールディングする）ことで機能的なタンパク質へと変化する．ところが，遺伝子の変異によってフォールディングに時間を要したり，さらにはまったくフォールディングができなくなっているタンパク質も存在する．このようなタンパク質は凝集体を形成し，アルツハイマー病，プリオン病などに代表される神経変性疾患のような重篤な病因となることが知られている．しかしながら，タンパク質のフォールディング過程を細胞内で時空間的に解析することは，従来の生化学的な手法ではきわめて難しいことから，分光学的な解析を試みようという発想に至った．分光器を用いた蛍光測定は今に始まったものではなく，古典的に使われてきた
:解析手法であるが，顕微鏡での分光測定を行うことで，従来，分光器で行っていた解析が生細胞内で可能になるということである． 
:　生細胞イメージングを用いた解析において重要となる情報は，タンパク質間相互作用と拡散・輸送などの動的挙動である．これらの事項を解析する手法として，従来より注目されていたのは，フェルスター機構による共鳴エネルギー移動(F¨orster Resonance Energy Transfer; FRET) である．これは，蛍光共鳴エネルギー移動とも呼ばれているが，分子間相互作用の起こるナノメートル程度に蛍光分子が接近し，かつ蛍光分子間の配座（方向の重なり）が一定の条件を満たしたときに起こる物理現象である．すなわち，FRET を用いることで分子間相互作用や構造変化を，蛍光強度変化の情報に変換して引き出すことが可能となる．我々は，このFRET をより定量的に評価するため，蛍光寿命イメージング顕微鏡(Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy; FLIM)を利用している．FRET が起こると，エネルギーを供給する側の分子（ドナー）の蛍光寿命は短くなることが知られている．この蛍光寿命をイメージングして解析することができるのがFLIM である．発表では，このFLIM を用いることにより，細胞内において，タンパク質が凝集体を形成する過程をモニターした結果について説明したいと思う． 
:　また，タンパク質が相互作用や凝集を起こし，分子量が大きくなると，拡散速度が遅くなることから，拡散速度を測定することで，分子間相互作用や凝集度合いを評価することが可能となる．このように，拡散速度を測定する方法としては，蛍光褪色後の蛍光強度回復(Fluorescence Recovery After Photobleaching; FRAP) がよく用いられていたが，拡散係数が約10 cm2/s よりも大きい（拡散速度が速い）分子の評価はきわめて困難であった．蛍光相関分光法(Fluorescence Correlation Spectroscopy; FCS) を用いると，拡散係数が数百cm2/s 程度のものでも定量的に拡散係数の測定が可能であり，さらに下限は数nM オーダーと，低濃度の試料に向いているという利点がある．FCS は，励起光と共焦点光学系によって作り出された共焦点領域(Confocal volume)と呼ばれる微少領域に，蛍光分子が出入りすることによって生じる蛍光強度のゆらぎの相関を求めることで，蛍光分子が微少領域に滞留していた時間を解析できる，さらには拡散係数を算出できる手法である． 
:　このように，FRET とFCS をそれぞれ単独でもしくは組み合わせて解析することにより，タンパク質間相互作用や細胞内の挙動をより詳細に解析できるようになってきている．本講演では，これらの手法を用いて，神経変性疾患の原因となる異常タンパク質の凝集過程とその過程における構造変化を解析し，これら異常タンパク質の構造および分子量変化と細胞死の関係を明らかにした結果について話したいと思う．

===細胞機能の遅いダイナミクス===
*講演者：原田　崇広
: 改めて述べるまでもなく細胞は極めて複雑な構造体であり，もっとも簡単な機能をとってもそこには多種多様な分子が関与している．そのため，細胞の振る舞いを定量的に記述することは，単一の細胞についてさえ一般には非常に難しい課題である．様々なアプローチがある中で，統計物理学において発展してきた様々な概念や手法を発展させて，細胞機能の解析に適用することは一つの有望な方向である．たとえば，細胞内で進行する様々な素過程の特徴的な時間スケールに比べて非常に長い時間スケールでの振る舞いに着目することにより，複雑な詳細に余りとらわれない一般的な性質を抽出できることが期待される．本発表では，こうした狙いのもとに，培養心筋細胞をモデル系として採用し，詳しい解析を行った結果を報告する． 
: 実験には，生後１～３日齢のラット由来の心筋細胞（心室・心房由来）を用いた．生体から単離された細胞は，in vitroでも定常的な拍動を見せる．そこで，細胞を顕微鏡上で培養するためのステージ上インキュベータを製作し，一定の環境下において細胞の拍動運動を非侵襲に長時間計測する測定系を構築した．この測定系を用いることで，細胞の状態を損なうことなく数時間以上の連続的な測定が可能になる． 
: この測定系を用いて，孤立した単一心室筋細胞の拍動タイミングの統計的性質を詳細に調べた．その結果，定常的な拍動や，拍動が断続的に続くバースト的な拍動など，いくつかの特徴的なパターンが存在し，場合によっては単一細胞内でもそれらのパターンのゆっくりとした遷移が見られることが分かった．また，数分以上の長い時間スケールにおいて，拍動時間間隔の時系列に長時間相関が見られ，1/fゆらぎとして特徴付けられる事が分かった．また，時系列には様々な指数を持つ成分が混在していること（マルチフラクタル性）などが明らかになった．これらは，単一の細胞については初めて得られた知見である [1]．さらにこうした性質は，環境の温度などのパラメータにもほとんど依存せず見られ，頑強な性質である事が分かった． 
: 心室筋細胞について得られた結果の一般性を明らかにするため，同様の解析を心房由来の細胞についても行った．心房筋細胞では，心室筋細胞よりも拍動の周波数が顕著に高く，またバースト的な拍動パターンはほとんど現れないという違いが見られたが，長時間スケールにおける1/fゆらぎは心房筋細胞についても観測された．このことから，長時間スケールにおけるべき的な拍動タイミングの長時間相関は特定の細胞種に依らない一般的な性質である事が示唆された． 
: 現在，以上で見られた拍動タイミングの長時間相関の物理的・細胞生物学的メカニズムを明らかにするための研究を進めている．ここで見たような遅い時間スケールの現象には，細胞内外における様々な制御因子が関与することが予想されるが，時間スケールの大きな極限では，細胞機能の制御機構について，その詳細にあまり依存しない一般的な性質を抽出することが可能になるのではないかと期待している． 
: [1] T. Harada, T. Yokogawa, T. Miyaguchi and H. Kori, Biophys. J. in press (2008).

===細胞レベルと細胞集団の自己組織化 ===
*講演者：澤井　哲
細胞性粘菌は、動物の初期胚のように極性があらかじめ与えられていないにも関わらず、オーガナイザー的な役割をもつ細胞が出現し、サイクリックAMPの振動と波の自己組織化と、走化性によって多細胞体制を構築します。蛍光タンパクとFRETを利用したcAMPの計測、PIP3などのリン脂質シグナリング、F-アクチンの同時可視化についても紹介し、１細胞レベルの入出力応答と細胞内シグナル伝達の特性をふまえて、パターン形成の機構と、生物の自発性とゆらぎの起源の問題について議論したいと思います。

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年会2009定量細胞生物学

2008-12-24T08:45:31Z

Tsuzuki: /* 概要 */

==第一回年会（セッション5）定量細胞生物学 ==
===日時===
2008/01/11 13:00-14:30 セッション5

=== 企画担当者===
*鈴木　誉保

=== 概要 ===
細胞を対象とした生物研究は、このわずか数十年の間に関与する分子を枚挙し、網羅的な列挙を可能にしました。近年では、細胞内で起きている反応を定量的に計測し解析することで、生命現象の背後に潜んでいる設計原理が明らかにしつつあります。本セッションでは、高解像度かつ高精度な計測技術によって見えてきた細胞メカニズムのダイナミックな現象の数々を紹介し、個別的な記述から“物理学的”現象としての細胞ダイナミクスの記述の可能性について議論したいと思います。『生物システムを理解する』とはどういうことなのか？網羅的な記載に加えて、定量的に高精度に高密度に計測するということは、これまでにない情報を与えてくれるだけでなく、私たちの生命システムにたいする理解の仕方そのものに変革を迫るものになるのかもしれません。

== プログラム ==
===分光イメージング手法を用いて細胞内タンパク質の凝集体形成を解析する===
*講演者：北村　朗
:細胞内で生合成されるタンパク質は，最初，ポリペプチド鎖の状態で合成されるが，ポリペプチド鎖は折り畳む（フォールディングする）ことで機能的なタンパク質へと変化する．ところが，遺伝子の変異によってフォールディングに時間を要したり，さらにはまったくフォールディングができなくなっているタンパク質も存在する．このようなタンパク質は凝集体を形成し，アルツハイマー病，プリオン病などに代表される神経変性疾患のような重篤な病因となることが知られている．しかしながら，タンパク質のフォールディング過程を細胞内で時空間的に解析することは，従来の生化学的な手法ではきわめて難しいことから，分光学的な解析を試みようという発想に至った．分光器を用いた蛍光測定は今に始まったものではなく，古典的に使われてきた
:解析手法であるが，顕微鏡での分光測定を行うことで，従来，分光器で行っていた解析が生細胞内で可能になるということである． 
:　生細胞イメージングを用いた解析において重要となる情報は，タンパク質間相互作用と拡散・輸送などの動的挙動である．これらの事項を解析する手法として，従来より注目されていたのは，フェルスター機構による共鳴エネルギー移動(F¨orster Resonance Energy Transfer; FRET) である．これは，蛍光共鳴エネルギー移動とも呼ばれているが，分子間相互作用の起こるナノメートル程度に蛍光分子が接近し，かつ蛍光分子間の配座（方向の重なり）が一定の条件を満たしたときに起こる物理現象である．すなわち，FRET を用いることで分子間相互作用や構造変化を，蛍光強度変化の情報に変換して引き出すことが可能となる．我々は，このFRET をより定量的に評価するため，蛍光寿命イメージング顕微鏡(Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy; FLIM)を利用している．FRET が起こると，エネルギーを供給する側の分子（ドナー）の蛍光寿命は短くなることが知られている．この蛍光寿命をイメージングして解析することができるのがFLIM である．発表では，このFLIM を用いることにより，細胞内において，タンパク質が凝集体を形成する過程をモニターした結果について説明したいと思う． 
:　また，タンパク質が相互作用や凝集を起こし，分子量が大きくなると，拡散速度が遅くなることから，拡散速度を測定することで，分子間相互作用や凝集度合いを評価することが可能となる．このように，拡散速度を測定する方法としては，蛍光褪色後の蛍光強度回復(Fluorescence Recovery After Photobleaching; FRAP) がよく用いられていたが，拡散係数が約10 cm2/s よりも大きい（拡散速度が速い）分子の評価はきわめて困難であった．蛍光相関分光法(Fluorescence Correlation Spectroscopy; FCS) を用いると，拡散係数が数百cm2/s 程度のものでも定量的に拡散係数の測定が可能であり，さらに下限は数nM オーダーと，低濃度の試料に向いているという利点がある．FCS は，励起光と共焦点光学系によって作り出された共焦点領域(Confocal volume)と呼ばれる微少領域に，蛍光分子が出入りすることによって生じる蛍光強度のゆらぎの相関を求めることで，蛍光分子が微少領域に滞留していた時間を解析できる，さらには拡散係数を算出できる手法である． 
:　このように，FRET とFCS をそれぞれ単独でもしくは組み合わせて解析することにより，タンパク質間相互作用や細胞内の挙動をより詳細に解析できるようになってきている．本講演では，これらの手法を用いて，神経変性疾患の原因となる異常タンパク質の凝集過程とその過程における構造変化を解析し，これら異常タンパク質の構造および分子量変化と細胞死の関係を明らかにした結果について話したいと思う．

===細胞機能の遅いダイナミクス===
*講演者：原田　崇広
: 改めて述べるまでもなく細胞は極めて複雑な構造体であり，もっとも簡単な機能をとってもそこには多種多様な分子が関与している．そのため，細胞の振る舞いを定量的に記述することは，単一の細胞についてさえ一般には非常に難しい課題である．様々なアプローチがある中で，統計物理学において発展してきた様々な概念や手法を発展させて，細胞機能の解析に適用することは一つの有望な方向である．たとえば，細胞内で進行する様々な素過程の特徴的な時間スケールに比べて非常に長い時間スケールでの振る舞いに着目することにより，複雑な詳細に余りとらわれない一般的な性質を抽出できることが期待される．本発表では，こうした狙いのもとに，培養心筋細胞をモデル系として採用し，詳しい解析を行った結果を報告する． 
: 実験には，生後１～３日齢のラット由来の心筋細胞（心室・心房由来）を用いた．生体から単離された細胞は，in vitroでも定常的な拍動を見せる．そこで，細胞を顕微鏡上で培養するためのステージ上インキュベータを製作し，一定の環境下において細胞の拍動運動を非侵襲に長時間計測する測定系を構築した．この測定系を用いることで，細胞の状態を損なうことなく数時間以上の連続的な測定が可能になる． 
: この測定系を用いて，孤立した単一心室筋細胞の拍動タイミングの統計的性質を詳細に調べた．その結果，定常的な拍動や，拍動が断続的に続くバースト的な拍動など，いくつかの特徴的なパターンが存在し，場合によっては単一細胞内でもそれらのパターンのゆっくりとした遷移が見られることが分かった．また，数分以上の長い時間スケールにおいて，拍動時間間隔の時系列に長時間相関が見られ，1/fゆらぎとして特徴付けられる事が分かった．また，時系列には様々な指数を持つ成分が混在していること（マルチフラクタル性）などが明らかになった．これらは，単一の細胞については初めて得られた知見である [1]．さらにこうした性質は，環境の温度などのパラメータにもほとんど依存せず見られ，頑強な性質である事が分かった． 
: 心室筋細胞について得られた結果の一般性を明らかにするため，同様の解析を心房由来の細胞についても行った．心房筋細胞では，心室筋細胞よりも拍動の周波数が顕著に高く，またバースト的な拍動パターンはほとんど現れないという違いが見られたが，長時間スケールにおける1/fゆらぎは心房筋細胞についても観測された．このことから，長時間スケールにおけるべき的な拍動タイミングの長時間相関は特定の細胞種に依らない一般的な性質である事が示唆された． 
: 現在，以上で見られた拍動タイミングの長時間相関の物理的・細胞生物学的メカニズムを明らかにするための研究を進めている．ここで見たような遅い時間スケールの現象には，細胞内外における様々な制御因子が関与することが予想されるが，時間スケールの大きな極限では，細胞機能の制御機構について，その詳細にあまり依存しない一般的な性質を抽出することが可能になるのではないかと期待している． 
: [1] T. Harada, T. Yokogawa, T. Miyaguchi and H. Kori, Biophys. J. in press (2008).

===細胞レベルと細胞集団の自己組織化 ===
*講演者：澤井　哲
細胞性粘菌は、動物の初期胚のように極性があらかじめ与えられていないにも関わらず、オーガナイザー的な役割をもつ細胞が出現し、サイクリックAMPの振動と波の自己組織化と、走化性によって多細胞体制を構築します。蛍光タンパクとFRETを利用したcAMPの計測、PIP3などのリン脂質シグナリング、F-アクチンの同時可視化についても紹介し、１細胞レベルの入出力応答と細胞内シグナル伝達の特性をふまえて、パターン形成の機構と、生物の自発性とゆらぎの起源の問題について議論したいと思います。

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年会2009定量細胞生物学

2008-12-24T08:45:00Z

Tsuzuki: /* 概要 */

==第一回年会（セッション5）定量細胞生物学 ==
===日時===
2008/01/11 13:00-14:30 セッション5

=== 企画担当者===
*鈴木　誉保

=== 概要 ===
細胞を対象とした生物研究は、このわずか数十年の間に関与する分子を枚挙し、網羅的な列挙を可能にしました。近年では、細胞内で起きている反応を定量的に計測し解析することで、生命現象の背後に潜んでいる設計原理が明らかにしつつあります。本セッションでは、高解像度かつ高精度な計測技術によって見えてきた細胞メカニズムのダイナミックな現象の数々を紹介し、加えて個別的な記述から“物理学的”現象としての細胞ダイナミクスの記述の可能性について議論したいと思います。『生物システムを理解する』とはどういうことなのか？網羅的な記載に加えて、定量的に高精度に高密度に計測するということは、これまでにない情報を与えてくれるだけでなく、私たちの生命システムにたいする理解の仕方そのものに変革を迫るものになるのかもしれません。

== プログラム ==
===分光イメージング手法を用いて細胞内タンパク質の凝集体形成を解析する===
*講演者：北村　朗
:細胞内で生合成されるタンパク質は，最初，ポリペプチド鎖の状態で合成されるが，ポリペプチド鎖は折り畳む（フォールディングする）ことで機能的なタンパク質へと変化する．ところが，遺伝子の変異によってフォールディングに時間を要したり，さらにはまったくフォールディングができなくなっているタンパク質も存在する．このようなタンパク質は凝集体を形成し，アルツハイマー病，プリオン病などに代表される神経変性疾患のような重篤な病因となることが知られている．しかしながら，タンパク質のフォールディング過程を細胞内で時空間的に解析することは，従来の生化学的な手法ではきわめて難しいことから，分光学的な解析を試みようという発想に至った．分光器を用いた蛍光測定は今に始まったものではなく，古典的に使われてきた
:解析手法であるが，顕微鏡での分光測定を行うことで，従来，分光器で行っていた解析が生細胞内で可能になるということである． 
:　生細胞イメージングを用いた解析において重要となる情報は，タンパク質間相互作用と拡散・輸送などの動的挙動である．これらの事項を解析する手法として，従来より注目されていたのは，フェルスター機構による共鳴エネルギー移動(F¨orster Resonance Energy Transfer; FRET) である．これは，蛍光共鳴エネルギー移動とも呼ばれているが，分子間相互作用の起こるナノメートル程度に蛍光分子が接近し，かつ蛍光分子間の配座（方向の重なり）が一定の条件を満たしたときに起こる物理現象である．すなわち，FRET を用いることで分子間相互作用や構造変化を，蛍光強度変化の情報に変換して引き出すことが可能となる．我々は，このFRET をより定量的に評価するため，蛍光寿命イメージング顕微鏡(Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy; FLIM)を利用している．FRET が起こると，エネルギーを供給する側の分子（ドナー）の蛍光寿命は短くなることが知られている．この蛍光寿命をイメージングして解析することができるのがFLIM である．発表では，このFLIM を用いることにより，細胞内において，タンパク質が凝集体を形成する過程をモニターした結果について説明したいと思う． 
:　また，タンパク質が相互作用や凝集を起こし，分子量が大きくなると，拡散速度が遅くなることから，拡散速度を測定することで，分子間相互作用や凝集度合いを評価することが可能となる．このように，拡散速度を測定する方法としては，蛍光褪色後の蛍光強度回復(Fluorescence Recovery After Photobleaching; FRAP) がよく用いられていたが，拡散係数が約10 cm2/s よりも大きい（拡散速度が速い）分子の評価はきわめて困難であった．蛍光相関分光法(Fluorescence Correlation Spectroscopy; FCS) を用いると，拡散係数が数百cm2/s 程度のものでも定量的に拡散係数の測定が可能であり，さらに下限は数nM オーダーと，低濃度の試料に向いているという利点がある．FCS は，励起光と共焦点光学系によって作り出された共焦点領域(Confocal volume)と呼ばれる微少領域に，蛍光分子が出入りすることによって生じる蛍光強度のゆらぎの相関を求めることで，蛍光分子が微少領域に滞留していた時間を解析できる，さらには拡散係数を算出できる手法である． 
:　このように，FRET とFCS をそれぞれ単独でもしくは組み合わせて解析することにより，タンパク質間相互作用や細胞内の挙動をより詳細に解析できるようになってきている．本講演では，これらの手法を用いて，神経変性疾患の原因となる異常タンパク質の凝集過程とその過程における構造変化を解析し，これら異常タンパク質の構造および分子量変化と細胞死の関係を明らかにした結果について話したいと思う．

===細胞機能の遅いダイナミクス===
*講演者：原田　崇広
: 改めて述べるまでもなく細胞は極めて複雑な構造体であり，もっとも簡単な機能をとってもそこには多種多様な分子が関与している．そのため，細胞の振る舞いを定量的に記述することは，単一の細胞についてさえ一般には非常に難しい課題である．様々なアプローチがある中で，統計物理学において発展してきた様々な概念や手法を発展させて，細胞機能の解析に適用することは一つの有望な方向である．たとえば，細胞内で進行する様々な素過程の特徴的な時間スケールに比べて非常に長い時間スケールでの振る舞いに着目することにより，複雑な詳細に余りとらわれない一般的な性質を抽出できることが期待される．本発表では，こうした狙いのもとに，培養心筋細胞をモデル系として採用し，詳しい解析を行った結果を報告する． 
: 実験には，生後１～３日齢のラット由来の心筋細胞（心室・心房由来）を用いた．生体から単離された細胞は，in vitroでも定常的な拍動を見せる．そこで，細胞を顕微鏡上で培養するためのステージ上インキュベータを製作し，一定の環境下において細胞の拍動運動を非侵襲に長時間計測する測定系を構築した．この測定系を用いることで，細胞の状態を損なうことなく数時間以上の連続的な測定が可能になる． 
: この測定系を用いて，孤立した単一心室筋細胞の拍動タイミングの統計的性質を詳細に調べた．その結果，定常的な拍動や，拍動が断続的に続くバースト的な拍動など，いくつかの特徴的なパターンが存在し，場合によっては単一細胞内でもそれらのパターンのゆっくりとした遷移が見られることが分かった．また，数分以上の長い時間スケールにおいて，拍動時間間隔の時系列に長時間相関が見られ，1/fゆらぎとして特徴付けられる事が分かった．また，時系列には様々な指数を持つ成分が混在していること（マルチフラクタル性）などが明らかになった．これらは，単一の細胞については初めて得られた知見である [1]．さらにこうした性質は，環境の温度などのパラメータにもほとんど依存せず見られ，頑強な性質である事が分かった． 
: 心室筋細胞について得られた結果の一般性を明らかにするため，同様の解析を心房由来の細胞についても行った．心房筋細胞では，心室筋細胞よりも拍動の周波数が顕著に高く，またバースト的な拍動パターンはほとんど現れないという違いが見られたが，長時間スケールにおける1/fゆらぎは心房筋細胞についても観測された．このことから，長時間スケールにおけるべき的な拍動タイミングの長時間相関は特定の細胞種に依らない一般的な性質である事が示唆された． 
: 現在，以上で見られた拍動タイミングの長時間相関の物理的・細胞生物学的メカニズムを明らかにするための研究を進めている．ここで見たような遅い時間スケールの現象には，細胞内外における様々な制御因子が関与することが予想されるが，時間スケールの大きな極限では，細胞機能の制御機構について，その詳細にあまり依存しない一般的な性質を抽出することが可能になるのではないかと期待している． 
: [1] T. Harada, T. Yokogawa, T. Miyaguchi and H. Kori, Biophys. J. in press (2008).

===細胞レベルと細胞集団の自己組織化 ===
*講演者：澤井　哲
細胞性粘菌は、動物の初期胚のように極性があらかじめ与えられていないにも関わらず、オーガナイザー的な役割をもつ細胞が出現し、サイクリックAMPの振動と波の自己組織化と、走化性によって多細胞体制を構築します。蛍光タンパクとFRETを利用したcAMPの計測、PIP3などのリン脂質シグナリング、F-アクチンの同時可視化についても紹介し、１細胞レベルの入出力応答と細胞内シグナル伝達の特性をふまえて、パターン形成の機構と、生物の自発性とゆらぎの起源の問題について議論したいと思います。

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年会2009定量細胞生物学

2008-12-24T08:44:03Z

Tsuzuki: /* 概要 */

==第一回年会（セッション5）定量細胞生物学 ==
===日時===
2008/01/11 13:00-14:30 セッション5

=== 企画担当者===
*鈴木　誉保

=== 概要 ===
細胞を対象とした生物研究は、このわずか数十年の間に関与する分子を枚挙し、網羅的な列挙を可能にしました。近年では、細胞内で起きている反応を定量的に計測し解析することで、生命現象の背後に潜んでいる設計原理が明らかにしつつあります。本セッションでは、高解像度かつ高精度な計測技術によって見えてきた細胞メカニズムのダイナミックな現象に加えて、個別的な記述から“物理学的”現象としての細胞ダイナミクスの記述の可能性について議論したいと思います。『生物システムを理解する』とはどういうことなのか？網羅的な記載に加えて、定量的に高精度に高密度に計測するということは、これまでにない情報を与えてくれるだけでなく、私たちの生命システムにたいする理解の仕方そのものに変革を迫るものになるのかもしれません。

== プログラム ==
===分光イメージング手法を用いて細胞内タンパク質の凝集体形成を解析する===
*講演者：北村　朗
:細胞内で生合成されるタンパク質は，最初，ポリペプチド鎖の状態で合成されるが，ポリペプチド鎖は折り畳む（フォールディングする）ことで機能的なタンパク質へと変化する．ところが，遺伝子の変異によってフォールディングに時間を要したり，さらにはまったくフォールディングができなくなっているタンパク質も存在する．このようなタンパク質は凝集体を形成し，アルツハイマー病，プリオン病などに代表される神経変性疾患のような重篤な病因となることが知られている．しかしながら，タンパク質のフォールディング過程を細胞内で時空間的に解析することは，従来の生化学的な手法ではきわめて難しいことから，分光学的な解析を試みようという発想に至った．分光器を用いた蛍光測定は今に始まったものではなく，古典的に使われてきた
:解析手法であるが，顕微鏡での分光測定を行うことで，従来，分光器で行っていた解析が生細胞内で可能になるということである． 
:　生細胞イメージングを用いた解析において重要となる情報は，タンパク質間相互作用と拡散・輸送などの動的挙動である．これらの事項を解析する手法として，従来より注目されていたのは，フェルスター機構による共鳴エネルギー移動(F¨orster Resonance Energy Transfer; FRET) である．これは，蛍光共鳴エネルギー移動とも呼ばれているが，分子間相互作用の起こるナノメートル程度に蛍光分子が接近し，かつ蛍光分子間の配座（方向の重なり）が一定の条件を満たしたときに起こる物理現象である．すなわち，FRET を用いることで分子間相互作用や構造変化を，蛍光強度変化の情報に変換して引き出すことが可能となる．我々は，このFRET をより定量的に評価するため，蛍光寿命イメージング顕微鏡(Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy; FLIM)を利用している．FRET が起こると，エネルギーを供給する側の分子（ドナー）の蛍光寿命は短くなることが知られている．この蛍光寿命をイメージングして解析することができるのがFLIM である．発表では，このFLIM を用いることにより，細胞内において，タンパク質が凝集体を形成する過程をモニターした結果について説明したいと思う． 
:　また，タンパク質が相互作用や凝集を起こし，分子量が大きくなると，拡散速度が遅くなることから，拡散速度を測定することで，分子間相互作用や凝集度合いを評価することが可能となる．このように，拡散速度を測定する方法としては，蛍光褪色後の蛍光強度回復(Fluorescence Recovery After Photobleaching; FRAP) がよく用いられていたが，拡散係数が約10 cm2/s よりも大きい（拡散速度が速い）分子の評価はきわめて困難であった．蛍光相関分光法(Fluorescence Correlation Spectroscopy; FCS) を用いると，拡散係数が数百cm2/s 程度のものでも定量的に拡散係数の測定が可能であり，さらに下限は数nM オーダーと，低濃度の試料に向いているという利点がある．FCS は，励起光と共焦点光学系によって作り出された共焦点領域(Confocal volume)と呼ばれる微少領域に，蛍光分子が出入りすることによって生じる蛍光強度のゆらぎの相関を求めることで，蛍光分子が微少領域に滞留していた時間を解析できる，さらには拡散係数を算出できる手法である． 
:　このように，FRET とFCS をそれぞれ単独でもしくは組み合わせて解析することにより，タンパク質間相互作用や細胞内の挙動をより詳細に解析できるようになってきている．本講演では，これらの手法を用いて，神経変性疾患の原因となる異常タンパク質の凝集過程とその過程における構造変化を解析し，これら異常タンパク質の構造および分子量変化と細胞死の関係を明らかにした結果について話したいと思う．

===細胞機能の遅いダイナミクス===
*講演者：原田　崇広
: 改めて述べるまでもなく細胞は極めて複雑な構造体であり，もっとも簡単な機能をとってもそこには多種多様な分子が関与している．そのため，細胞の振る舞いを定量的に記述することは，単一の細胞についてさえ一般には非常に難しい課題である．様々なアプローチがある中で，統計物理学において発展してきた様々な概念や手法を発展させて，細胞機能の解析に適用することは一つの有望な方向である．たとえば，細胞内で進行する様々な素過程の特徴的な時間スケールに比べて非常に長い時間スケールでの振る舞いに着目することにより，複雑な詳細に余りとらわれない一般的な性質を抽出できることが期待される．本発表では，こうした狙いのもとに，培養心筋細胞をモデル系として採用し，詳しい解析を行った結果を報告する． 
: 実験には，生後１～３日齢のラット由来の心筋細胞（心室・心房由来）を用いた．生体から単離された細胞は，in vitroでも定常的な拍動を見せる．そこで，細胞を顕微鏡上で培養するためのステージ上インキュベータを製作し，一定の環境下において細胞の拍動運動を非侵襲に長時間計測する測定系を構築した．この測定系を用いることで，細胞の状態を損なうことなく数時間以上の連続的な測定が可能になる． 
: この測定系を用いて，孤立した単一心室筋細胞の拍動タイミングの統計的性質を詳細に調べた．その結果，定常的な拍動や，拍動が断続的に続くバースト的な拍動など，いくつかの特徴的なパターンが存在し，場合によっては単一細胞内でもそれらのパターンのゆっくりとした遷移が見られることが分かった．また，数分以上の長い時間スケールにおいて，拍動時間間隔の時系列に長時間相関が見られ，1/fゆらぎとして特徴付けられる事が分かった．また，時系列には様々な指数を持つ成分が混在していること（マルチフラクタル性）などが明らかになった．これらは，単一の細胞については初めて得られた知見である [1]．さらにこうした性質は，環境の温度などのパラメータにもほとんど依存せず見られ，頑強な性質である事が分かった． 
: 心室筋細胞について得られた結果の一般性を明らかにするため，同様の解析を心房由来の細胞についても行った．心房筋細胞では，心室筋細胞よりも拍動の周波数が顕著に高く，またバースト的な拍動パターンはほとんど現れないという違いが見られたが，長時間スケールにおける1/fゆらぎは心房筋細胞についても観測された．このことから，長時間スケールにおけるべき的な拍動タイミングの長時間相関は特定の細胞種に依らない一般的な性質である事が示唆された． 
: 現在，以上で見られた拍動タイミングの長時間相関の物理的・細胞生物学的メカニズムを明らかにするための研究を進めている．ここで見たような遅い時間スケールの現象には，細胞内外における様々な制御因子が関与することが予想されるが，時間スケールの大きな極限では，細胞機能の制御機構について，その詳細にあまり依存しない一般的な性質を抽出することが可能になるのではないかと期待している． 
: [1] T. Harada, T. Yokogawa, T. Miyaguchi and H. Kori, Biophys. J. in press (2008).

===細胞レベルと細胞集団の自己組織化 ===
*講演者：澤井　哲
細胞性粘菌は、動物の初期胚のように極性があらかじめ与えられていないにも関わらず、オーガナイザー的な役割をもつ細胞が出現し、サイクリックAMPの振動と波の自己組織化と、走化性によって多細胞体制を構築します。蛍光タンパクとFRETを利用したcAMPの計測、PIP3などのリン脂質シグナリング、F-アクチンの同時可視化についても紹介し、１細胞レベルの入出力応答と細胞内シグナル伝達の特性をふまえて、パターン形成の機構と、生物の自発性とゆらぎの起源の問題について議論したいと思います。

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年会2009定量細胞生物学

2008-12-24T08:43:02Z

Tsuzuki: /* 概要 */

==第一回年会（セッション5）定量細胞生物学 ==
===日時===
2008/01/11 13:00-14:30 セッション5

=== 企画担当者===
*鈴木　誉保

=== 概要 ===
細胞を対象とした生物研究は、このわずか数十年の間に関与する分子を枚挙し、網羅的な列挙を可能にしました。近年では、細胞内で起きている反応を定量的に計測し解析することで、生命現象の背後に潜んでいる設計原理が明らかにしつつあります。本セッションでは、高精度に計測し解析することで見えてきたダイナミックな現象に加えて、個別的な記述から“物理学的”現象としての細胞ダイナミクスの記述の可能性について議論したいと思います。『生物システムを理解する』とはどういうことなのか？網羅的な記載に加えて、定量的に高精度に高密度に計測するということは、これまでにない情報を与えてくれるだけでなく、私たちの生命システムにたいする理解の仕方そのものに変革を迫るものになるのかもしれません。

== プログラム ==
===分光イメージング手法を用いて細胞内タンパク質の凝集体形成を解析する===
*講演者：北村　朗
:細胞内で生合成されるタンパク質は，最初，ポリペプチド鎖の状態で合成されるが，ポリペプチド鎖は折り畳む（フォールディングする）ことで機能的なタンパク質へと変化する．ところが，遺伝子の変異によってフォールディングに時間を要したり，さらにはまったくフォールディングができなくなっているタンパク質も存在する．このようなタンパク質は凝集体を形成し，アルツハイマー病，プリオン病などに代表される神経変性疾患のような重篤な病因となることが知られている．しかしながら，タンパク質のフォールディング過程を細胞内で時空間的に解析することは，従来の生化学的な手法ではきわめて難しいことから，分光学的な解析を試みようという発想に至った．分光器を用いた蛍光測定は今に始まったものではなく，古典的に使われてきた
:解析手法であるが，顕微鏡での分光測定を行うことで，従来，分光器で行っていた解析が生細胞内で可能になるということである． 
:　生細胞イメージングを用いた解析において重要となる情報は，タンパク質間相互作用と拡散・輸送などの動的挙動である．これらの事項を解析する手法として，従来より注目されていたのは，フェルスター機構による共鳴エネルギー移動(F¨orster Resonance Energy Transfer; FRET) である．これは，蛍光共鳴エネルギー移動とも呼ばれているが，分子間相互作用の起こるナノメートル程度に蛍光分子が接近し，かつ蛍光分子間の配座（方向の重なり）が一定の条件を満たしたときに起こる物理現象である．すなわち，FRET を用いることで分子間相互作用や構造変化を，蛍光強度変化の情報に変換して引き出すことが可能となる．我々は，このFRET をより定量的に評価するため，蛍光寿命イメージング顕微鏡(Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy; FLIM)を利用している．FRET が起こると，エネルギーを供給する側の分子（ドナー）の蛍光寿命は短くなることが知られている．この蛍光寿命をイメージングして解析することができるのがFLIM である．発表では，このFLIM を用いることにより，細胞内において，タンパク質が凝集体を形成する過程をモニターした結果について説明したいと思う． 
:　また，タンパク質が相互作用や凝集を起こし，分子量が大きくなると，拡散速度が遅くなることから，拡散速度を測定することで，分子間相互作用や凝集度合いを評価することが可能となる．このように，拡散速度を測定する方法としては，蛍光褪色後の蛍光強度回復(Fluorescence Recovery After Photobleaching; FRAP) がよく用いられていたが，拡散係数が約10 cm2/s よりも大きい（拡散速度が速い）分子の評価はきわめて困難であった．蛍光相関分光法(Fluorescence Correlation Spectroscopy; FCS) を用いると，拡散係数が数百cm2/s 程度のものでも定量的に拡散係数の測定が可能であり，さらに下限は数nM オーダーと，低濃度の試料に向いているという利点がある．FCS は，励起光と共焦点光学系によって作り出された共焦点領域(Confocal volume)と呼ばれる微少領域に，蛍光分子が出入りすることによって生じる蛍光強度のゆらぎの相関を求めることで，蛍光分子が微少領域に滞留していた時間を解析できる，さらには拡散係数を算出できる手法である． 
:　このように，FRET とFCS をそれぞれ単独でもしくは組み合わせて解析することにより，タンパク質間相互作用や細胞内の挙動をより詳細に解析できるようになってきている．本講演では，これらの手法を用いて，神経変性疾患の原因となる異常タンパク質の凝集過程とその過程における構造変化を解析し，これら異常タンパク質の構造および分子量変化と細胞死の関係を明らかにした結果について話したいと思う．

===細胞機能の遅いダイナミクス===
*講演者：原田　崇広
: 改めて述べるまでもなく細胞は極めて複雑な構造体であり，もっとも簡単な機能をとってもそこには多種多様な分子が関与している．そのため，細胞の振る舞いを定量的に記述することは，単一の細胞についてさえ一般には非常に難しい課題である．様々なアプローチがある中で，統計物理学において発展してきた様々な概念や手法を発展させて，細胞機能の解析に適用することは一つの有望な方向である．たとえば，細胞内で進行する様々な素過程の特徴的な時間スケールに比べて非常に長い時間スケールでの振る舞いに着目することにより，複雑な詳細に余りとらわれない一般的な性質を抽出できることが期待される．本発表では，こうした狙いのもとに，培養心筋細胞をモデル系として採用し，詳しい解析を行った結果を報告する． 
: 実験には，生後１～３日齢のラット由来の心筋細胞（心室・心房由来）を用いた．生体から単離された細胞は，in vitroでも定常的な拍動を見せる．そこで，細胞を顕微鏡上で培養するためのステージ上インキュベータを製作し，一定の環境下において細胞の拍動運動を非侵襲に長時間計測する測定系を構築した．この測定系を用いることで，細胞の状態を損なうことなく数時間以上の連続的な測定が可能になる． 
: この測定系を用いて，孤立した単一心室筋細胞の拍動タイミングの統計的性質を詳細に調べた．その結果，定常的な拍動や，拍動が断続的に続くバースト的な拍動など，いくつかの特徴的なパターンが存在し，場合によっては単一細胞内でもそれらのパターンのゆっくりとした遷移が見られることが分かった．また，数分以上の長い時間スケールにおいて，拍動時間間隔の時系列に長時間相関が見られ，1/fゆらぎとして特徴付けられる事が分かった．また，時系列には様々な指数を持つ成分が混在していること（マルチフラクタル性）などが明らかになった．これらは，単一の細胞については初めて得られた知見である [1]．さらにこうした性質は，環境の温度などのパラメータにもほとんど依存せず見られ，頑強な性質である事が分かった． 
: 心室筋細胞について得られた結果の一般性を明らかにするため，同様の解析を心房由来の細胞についても行った．心房筋細胞では，心室筋細胞よりも拍動の周波数が顕著に高く，またバースト的な拍動パターンはほとんど現れないという違いが見られたが，長時間スケールにおける1/fゆらぎは心房筋細胞についても観測された．このことから，長時間スケールにおけるべき的な拍動タイミングの長時間相関は特定の細胞種に依らない一般的な性質である事が示唆された． 
: 現在，以上で見られた拍動タイミングの長時間相関の物理的・細胞生物学的メカニズムを明らかにするための研究を進めている．ここで見たような遅い時間スケールの現象には，細胞内外における様々な制御因子が関与することが予想されるが，時間スケールの大きな極限では，細胞機能の制御機構について，その詳細にあまり依存しない一般的な性質を抽出することが可能になるのではないかと期待している． 
: [1] T. Harada, T. Yokogawa, T. Miyaguchi and H. Kori, Biophys. J. in press (2008).

===細胞レベルと細胞集団の自己組織化 ===
*講演者：澤井　哲
細胞性粘菌は、動物の初期胚のように極性があらかじめ与えられていないにも関わらず、オーガナイザー的な役割をもつ細胞が出現し、サイクリックAMPの振動と波の自己組織化と、走化性によって多細胞体制を構築します。蛍光タンパクとFRETを利用したcAMPの計測、PIP3などのリン脂質シグナリング、F-アクチンの同時可視化についても紹介し、１細胞レベルの入出力応答と細胞内シグナル伝達の特性をふまえて、パターン形成の機構と、生物の自発性とゆらぎの起源の問題について議論したいと思います。

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年会2009定量細胞生物学

2008-12-24T08:41:42Z

Tsuzuki: /* 概要 */

==第一回年会（セッション5）定量細胞生物学 ==
===日時===
2008/01/11 13:00-14:30 セッション5

=== 企画担当者===
*鈴木　誉保

=== 概要 ===
細胞を対象とした生物研究は、このわずか数十年の間に関与する分子を枚挙し、網羅的な列挙を可能にしました。近年では、細胞内で起きている反応を定量的に計測し解析することで、生命現象の背後に潜んでいる設計原理が明らかにしつつあります。本セッションでは、細胞内で起きている反応を定量的に計測し解析することで見えてきたダイナミックな現象に加えて、個別的な記述から“物理学的”現象としての細胞ダイナミクスの記述の可能性について議論したいと思います。『生物システムを理解する』とはどういうことなのか？網羅的な記載に加えて、定量的に高精度に高密度に計測するということは、これまでにない情報を与えてくれるだけでなく、私たちの生命システムにたいする理解の仕方そのものに変革を迫るものになるのかもしれません。

== プログラム ==
===分光イメージング手法を用いて細胞内タンパク質の凝集体形成を解析する===
*講演者：北村　朗
:細胞内で生合成されるタンパク質は，最初，ポリペプチド鎖の状態で合成されるが，ポリペプチド鎖は折り畳む（フォールディングする）ことで機能的なタンパク質へと変化する．ところが，遺伝子の変異によってフォールディングに時間を要したり，さらにはまったくフォールディングができなくなっているタンパク質も存在する．このようなタンパク質は凝集体を形成し，アルツハイマー病，プリオン病などに代表される神経変性疾患のような重篤な病因となることが知られている．しかしながら，タンパク質のフォールディング過程を細胞内で時空間的に解析することは，従来の生化学的な手法ではきわめて難しいことから，分光学的な解析を試みようという発想に至った．分光器を用いた蛍光測定は今に始まったものではなく，古典的に使われてきた
:解析手法であるが，顕微鏡での分光測定を行うことで，従来，分光器で行っていた解析が生細胞内で可能になるということである． 
:　生細胞イメージングを用いた解析において重要となる情報は，タンパク質間相互作用と拡散・輸送などの動的挙動である．これらの事項を解析する手法として，従来より注目されていたのは，フェルスター機構による共鳴エネルギー移動(F¨orster Resonance Energy Transfer; FRET) である．これは，蛍光共鳴エネルギー移動とも呼ばれているが，分子間相互作用の起こるナノメートル程度に蛍光分子が接近し，かつ蛍光分子間の配座（方向の重なり）が一定の条件を満たしたときに起こる物理現象である．すなわち，FRET を用いることで分子間相互作用や構造変化を，蛍光強度変化の情報に変換して引き出すことが可能となる．我々は，このFRET をより定量的に評価するため，蛍光寿命イメージング顕微鏡(Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy; FLIM)を利用している．FRET が起こると，エネルギーを供給する側の分子（ドナー）の蛍光寿命は短くなることが知られている．この蛍光寿命をイメージングして解析することができるのがFLIM である．発表では，このFLIM を用いることにより，細胞内において，タンパク質が凝集体を形成する過程をモニターした結果について説明したいと思う． 
:　また，タンパク質が相互作用や凝集を起こし，分子量が大きくなると，拡散速度が遅くなることから，拡散速度を測定することで，分子間相互作用や凝集度合いを評価することが可能となる．このように，拡散速度を測定する方法としては，蛍光褪色後の蛍光強度回復(Fluorescence Recovery After Photobleaching; FRAP) がよく用いられていたが，拡散係数が約10 cm2/s よりも大きい（拡散速度が速い）分子の評価はきわめて困難であった．蛍光相関分光法(Fluorescence Correlation Spectroscopy; FCS) を用いると，拡散係数が数百cm2/s 程度のものでも定量的に拡散係数の測定が可能であり，さらに下限は数nM オーダーと，低濃度の試料に向いているという利点がある．FCS は，励起光と共焦点光学系によって作り出された共焦点領域(Confocal volume)と呼ばれる微少領域に，蛍光分子が出入りすることによって生じる蛍光強度のゆらぎの相関を求めることで，蛍光分子が微少領域に滞留していた時間を解析できる，さらには拡散係数を算出できる手法である． 
:　このように，FRET とFCS をそれぞれ単独でもしくは組み合わせて解析することにより，タンパク質間相互作用や細胞内の挙動をより詳細に解析できるようになってきている．本講演では，これらの手法を用いて，神経変性疾患の原因となる異常タンパク質の凝集過程とその過程における構造変化を解析し，これら異常タンパク質の構造および分子量変化と細胞死の関係を明らかにした結果について話したいと思う．

===細胞機能の遅いダイナミクス===
*講演者：原田　崇広
: 改めて述べるまでもなく細胞は極めて複雑な構造体であり，もっとも簡単な機能をとってもそこには多種多様な分子が関与している．そのため，細胞の振る舞いを定量的に記述することは，単一の細胞についてさえ一般には非常に難しい課題である．様々なアプローチがある中で，統計物理学において発展してきた様々な概念や手法を発展させて，細胞機能の解析に適用することは一つの有望な方向である．たとえば，細胞内で進行する様々な素過程の特徴的な時間スケールに比べて非常に長い時間スケールでの振る舞いに着目することにより，複雑な詳細に余りとらわれない一般的な性質を抽出できることが期待される．本発表では，こうした狙いのもとに，培養心筋細胞をモデル系として採用し，詳しい解析を行った結果を報告する． 
: 実験には，生後１～３日齢のラット由来の心筋細胞（心室・心房由来）を用いた．生体から単離された細胞は，in vitroでも定常的な拍動を見せる．そこで，細胞を顕微鏡上で培養するためのステージ上インキュベータを製作し，一定の環境下において細胞の拍動運動を非侵襲に長時間計測する測定系を構築した．この測定系を用いることで，細胞の状態を損なうことなく数時間以上の連続的な測定が可能になる． 
: この測定系を用いて，孤立した単一心室筋細胞の拍動タイミングの統計的性質を詳細に調べた．その結果，定常的な拍動や，拍動が断続的に続くバースト的な拍動など，いくつかの特徴的なパターンが存在し，場合によっては単一細胞内でもそれらのパターンのゆっくりとした遷移が見られることが分かった．また，数分以上の長い時間スケールにおいて，拍動時間間隔の時系列に長時間相関が見られ，1/fゆらぎとして特徴付けられる事が分かった．また，時系列には様々な指数を持つ成分が混在していること（マルチフラクタル性）などが明らかになった．これらは，単一の細胞については初めて得られた知見である [1]．さらにこうした性質は，環境の温度などのパラメータにもほとんど依存せず見られ，頑強な性質である事が分かった． 
: 心室筋細胞について得られた結果の一般性を明らかにするため，同様の解析を心房由来の細胞についても行った．心房筋細胞では，心室筋細胞よりも拍動の周波数が顕著に高く，またバースト的な拍動パターンはほとんど現れないという違いが見られたが，長時間スケールにおける1/fゆらぎは心房筋細胞についても観測された．このことから，長時間スケールにおけるべき的な拍動タイミングの長時間相関は特定の細胞種に依らない一般的な性質である事が示唆された． 
: 現在，以上で見られた拍動タイミングの長時間相関の物理的・細胞生物学的メカニズムを明らかにするための研究を進めている．ここで見たような遅い時間スケールの現象には，細胞内外における様々な制御因子が関与することが予想されるが，時間スケールの大きな極限では，細胞機能の制御機構について，その詳細にあまり依存しない一般的な性質を抽出することが可能になるのではないかと期待している． 
: [1] T. Harada, T. Yokogawa, T. Miyaguchi and H. Kori, Biophys. J. in press (2008).

===細胞レベルと細胞集団の自己組織化 ===
*講演者：澤井　哲
細胞性粘菌は、動物の初期胚のように極性があらかじめ与えられていないにも関わらず、オーガナイザー的な役割をもつ細胞が出現し、サイクリックAMPの振動と波の自己組織化と、走化性によって多細胞体制を構築します。蛍光タンパクとFRETを利用したcAMPの計測、PIP3などのリン脂質シグナリング、F-アクチンの同時可視化についても紹介し、１細胞レベルの入出力応答と細胞内シグナル伝達の特性をふまえて、パターン形成の機構と、生物の自発性とゆらぎの起源の問題について議論したいと思います。

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年会2009定量細胞生物学

2008-12-24T08:40:22Z

Tsuzuki: /* 概要 */

==第一回年会（セッション5）定量細胞生物学 ==
===日時===
2008/01/11 13:00-14:30 セッション5

=== 企画担当者===
*鈴木　誉保

=== 概要 ===
細胞を対象とした生物研究は、このわずか数十年の間に関与する分子を枚挙し、網羅的な列挙を可能にしました。近年では、細胞内で起きている反応を定量的に計測し解析することで、生命現象の背後に潜んでいる設計原理が明らかにしつつあります。本セッションでは、細胞内で起きている反応を定量的に計測し解析することで見えてきたダイナミックな現象に加えて、個別の現象論的な記述から“物理学的”現象としての細胞ダイナミクスの記述の可能性について議論したいと思います。『生物システムを理解する』とはどういうことなのか？網羅的な記載に加えて、定量的に高精度に高密度に計測するということは、これまでにない情報を与えてくれるだけでなく、私たちの生命システムにたいする理解の仕方そのものに変革を迫るものになるのかもしれません。

== プログラム ==
===分光イメージング手法を用いて細胞内タンパク質の凝集体形成を解析する===
*講演者：北村　朗
:細胞内で生合成されるタンパク質は，最初，ポリペプチド鎖の状態で合成されるが，ポリペプチド鎖は折り畳む（フォールディングする）ことで機能的なタンパク質へと変化する．ところが，遺伝子の変異によってフォールディングに時間を要したり，さらにはまったくフォールディングができなくなっているタンパク質も存在する．このようなタンパク質は凝集体を形成し，アルツハイマー病，プリオン病などに代表される神経変性疾患のような重篤な病因となることが知られている．しかしながら，タンパク質のフォールディング過程を細胞内で時空間的に解析することは，従来の生化学的な手法ではきわめて難しいことから，分光学的な解析を試みようという発想に至った．分光器を用いた蛍光測定は今に始まったものではなく，古典的に使われてきた
:解析手法であるが，顕微鏡での分光測定を行うことで，従来，分光器で行っていた解析が生細胞内で可能になるということである． 
:　生細胞イメージングを用いた解析において重要となる情報は，タンパク質間相互作用と拡散・輸送などの動的挙動である．これらの事項を解析する手法として，従来より注目されていたのは，フェルスター機構による共鳴エネルギー移動(F¨orster Resonance Energy Transfer; FRET) である．これは，蛍光共鳴エネルギー移動とも呼ばれているが，分子間相互作用の起こるナノメートル程度に蛍光分子が接近し，かつ蛍光分子間の配座（方向の重なり）が一定の条件を満たしたときに起こる物理現象である．すなわち，FRET を用いることで分子間相互作用や構造変化を，蛍光強度変化の情報に変換して引き出すことが可能となる．我々は，このFRET をより定量的に評価するため，蛍光寿命イメージング顕微鏡(Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy; FLIM)を利用している．FRET が起こると，エネルギーを供給する側の分子（ドナー）の蛍光寿命は短くなることが知られている．この蛍光寿命をイメージングして解析することができるのがFLIM である．発表では，このFLIM を用いることにより，細胞内において，タンパク質が凝集体を形成する過程をモニターした結果について説明したいと思う． 
:　また，タンパク質が相互作用や凝集を起こし，分子量が大きくなると，拡散速度が遅くなることから，拡散速度を測定することで，分子間相互作用や凝集度合いを評価することが可能となる．このように，拡散速度を測定する方法としては，蛍光褪色後の蛍光強度回復(Fluorescence Recovery After Photobleaching; FRAP) がよく用いられていたが，拡散係数が約10 cm2/s よりも大きい（拡散速度が速い）分子の評価はきわめて困難であった．蛍光相関分光法(Fluorescence Correlation Spectroscopy; FCS) を用いると，拡散係数が数百cm2/s 程度のものでも定量的に拡散係数の測定が可能であり，さらに下限は数nM オーダーと，低濃度の試料に向いているという利点がある．FCS は，励起光と共焦点光学系によって作り出された共焦点領域(Confocal volume)と呼ばれる微少領域に，蛍光分子が出入りすることによって生じる蛍光強度のゆらぎの相関を求めることで，蛍光分子が微少領域に滞留していた時間を解析できる，さらには拡散係数を算出できる手法である． 
:　このように，FRET とFCS をそれぞれ単独でもしくは組み合わせて解析することにより，タンパク質間相互作用や細胞内の挙動をより詳細に解析できるようになってきている．本講演では，これらの手法を用いて，神経変性疾患の原因となる異常タンパク質の凝集過程とその過程における構造変化を解析し，これら異常タンパク質の構造および分子量変化と細胞死の関係を明らかにした結果について話したいと思う．

===細胞機能の遅いダイナミクス===
*講演者：原田　崇広
: 改めて述べるまでもなく細胞は極めて複雑な構造体であり，もっとも簡単な機能をとってもそこには多種多様な分子が関与している．そのため，細胞の振る舞いを定量的に記述することは，単一の細胞についてさえ一般には非常に難しい課題である．様々なアプローチがある中で，統計物理学において発展してきた様々な概念や手法を発展させて，細胞機能の解析に適用することは一つの有望な方向である．たとえば，細胞内で進行する様々な素過程の特徴的な時間スケールに比べて非常に長い時間スケールでの振る舞いに着目することにより，複雑な詳細に余りとらわれない一般的な性質を抽出できることが期待される．本発表では，こうした狙いのもとに，培養心筋細胞をモデル系として採用し，詳しい解析を行った結果を報告する． 
: 実験には，生後１～３日齢のラット由来の心筋細胞（心室・心房由来）を用いた．生体から単離された細胞は，in vitroでも定常的な拍動を見せる．そこで，細胞を顕微鏡上で培養するためのステージ上インキュベータを製作し，一定の環境下において細胞の拍動運動を非侵襲に長時間計測する測定系を構築した．この測定系を用いることで，細胞の状態を損なうことなく数時間以上の連続的な測定が可能になる． 
: この測定系を用いて，孤立した単一心室筋細胞の拍動タイミングの統計的性質を詳細に調べた．その結果，定常的な拍動や，拍動が断続的に続くバースト的な拍動など，いくつかの特徴的なパターンが存在し，場合によっては単一細胞内でもそれらのパターンのゆっくりとした遷移が見られることが分かった．また，数分以上の長い時間スケールにおいて，拍動時間間隔の時系列に長時間相関が見られ，1/fゆらぎとして特徴付けられる事が分かった．また，時系列には様々な指数を持つ成分が混在していること（マルチフラクタル性）などが明らかになった．これらは，単一の細胞については初めて得られた知見である [1]．さらにこうした性質は，環境の温度などのパラメータにもほとんど依存せず見られ，頑強な性質である事が分かった． 
: 心室筋細胞について得られた結果の一般性を明らかにするため，同様の解析を心房由来の細胞についても行った．心房筋細胞では，心室筋細胞よりも拍動の周波数が顕著に高く，またバースト的な拍動パターンはほとんど現れないという違いが見られたが，長時間スケールにおける1/fゆらぎは心房筋細胞についても観測された．このことから，長時間スケールにおけるべき的な拍動タイミングの長時間相関は特定の細胞種に依らない一般的な性質である事が示唆された． 
: 現在，以上で見られた拍動タイミングの長時間相関の物理的・細胞生物学的メカニズムを明らかにするための研究を進めている．ここで見たような遅い時間スケールの現象には，細胞内外における様々な制御因子が関与することが予想されるが，時間スケールの大きな極限では，細胞機能の制御機構について，その詳細にあまり依存しない一般的な性質を抽出することが可能になるのではないかと期待している． 
: [1] T. Harada, T. Yokogawa, T. Miyaguchi and H. Kori, Biophys. J. in press (2008).

===細胞レベルと細胞集団の自己組織化 ===
*講演者：澤井　哲
細胞性粘菌は、動物の初期胚のように極性があらかじめ与えられていないにも関わらず、オーガナイザー的な役割をもつ細胞が出現し、サイクリックAMPの振動と波の自己組織化と、走化性によって多細胞体制を構築します。蛍光タンパクとFRETを利用したcAMPの計測、PIP3などのリン脂質シグナリング、F-アクチンの同時可視化についても紹介し、１細胞レベルの入出力応答と細胞内シグナル伝達の特性をふまえて、パターン形成の機構と、生物の自発性とゆらぎの起源の問題について議論したいと思います。

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年会2009定量細胞生物学

2008-12-24T08:39:47Z

Tsuzuki: /* 概要 */

==第一回年会（セッション5）定量細胞生物学 ==
===日時===
2008/01/11 13:00-14:30 セッション5

=== 企画担当者===
*鈴木　誉保

=== 概要 ===
細胞を対象とした生物研究は、このわずか数十年の間に関与する分子を枚挙し、網羅的な列挙を可能にしました。近年では、細胞内で起きている反応を定量的に計測し解析することで、生命現象の背後に潜んでいる設計原理が明らかになりつつあります。本セッションでは、細胞内で起きている反応を定量的に計測し解析することで見えてきたダイナミックな現象に加えて、個別の現象論的な記述から“物理学的”現象としての細胞ダイナミクスの記述の可能性について議論したいと思います。『生物システムを理解する』とはどういうことなのか？網羅的な記載に加えて、定量的に高精度に高密度に計測するということは、これまでにない情報を与えてくれるだけでなく、私たちの生命システムにたいする理解の仕方そのものに変革を迫るものになるのかもしれません。

== プログラム ==
===分光イメージング手法を用いて細胞内タンパク質の凝集体形成を解析する===
*講演者：北村　朗
:細胞内で生合成されるタンパク質は，最初，ポリペプチド鎖の状態で合成されるが，ポリペプチド鎖は折り畳む（フォールディングする）ことで機能的なタンパク質へと変化する．ところが，遺伝子の変異によってフォールディングに時間を要したり，さらにはまったくフォールディングができなくなっているタンパク質も存在する．このようなタンパク質は凝集体を形成し，アルツハイマー病，プリオン病などに代表される神経変性疾患のような重篤な病因となることが知られている．しかしながら，タンパク質のフォールディング過程を細胞内で時空間的に解析することは，従来の生化学的な手法ではきわめて難しいことから，分光学的な解析を試みようという発想に至った．分光器を用いた蛍光測定は今に始まったものではなく，古典的に使われてきた
:解析手法であるが，顕微鏡での分光測定を行うことで，従来，分光器で行っていた解析が生細胞内で可能になるということである． 
:　生細胞イメージングを用いた解析において重要となる情報は，タンパク質間相互作用と拡散・輸送などの動的挙動である．これらの事項を解析する手法として，従来より注目されていたのは，フェルスター機構による共鳴エネルギー移動(F¨orster Resonance Energy Transfer; FRET) である．これは，蛍光共鳴エネルギー移動とも呼ばれているが，分子間相互作用の起こるナノメートル程度に蛍光分子が接近し，かつ蛍光分子間の配座（方向の重なり）が一定の条件を満たしたときに起こる物理現象である．すなわち，FRET を用いることで分子間相互作用や構造変化を，蛍光強度変化の情報に変換して引き出すことが可能となる．我々は，このFRET をより定量的に評価するため，蛍光寿命イメージング顕微鏡(Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy; FLIM)を利用している．FRET が起こると，エネルギーを供給する側の分子（ドナー）の蛍光寿命は短くなることが知られている．この蛍光寿命をイメージングして解析することができるのがFLIM である．発表では，このFLIM を用いることにより，細胞内において，タンパク質が凝集体を形成する過程をモニターした結果について説明したいと思う． 
:　また，タンパク質が相互作用や凝集を起こし，分子量が大きくなると，拡散速度が遅くなることから，拡散速度を測定することで，分子間相互作用や凝集度合いを評価することが可能となる．このように，拡散速度を測定する方法としては，蛍光褪色後の蛍光強度回復(Fluorescence Recovery After Photobleaching; FRAP) がよく用いられていたが，拡散係数が約10 cm2/s よりも大きい（拡散速度が速い）分子の評価はきわめて困難であった．蛍光相関分光法(Fluorescence Correlation Spectroscopy; FCS) を用いると，拡散係数が数百cm2/s 程度のものでも定量的に拡散係数の測定が可能であり，さらに下限は数nM オーダーと，低濃度の試料に向いているという利点がある．FCS は，励起光と共焦点光学系によって作り出された共焦点領域(Confocal volume)と呼ばれる微少領域に，蛍光分子が出入りすることによって生じる蛍光強度のゆらぎの相関を求めることで，蛍光分子が微少領域に滞留していた時間を解析できる，さらには拡散係数を算出できる手法である． 
:　このように，FRET とFCS をそれぞれ単独でもしくは組み合わせて解析することにより，タンパク質間相互作用や細胞内の挙動をより詳細に解析できるようになってきている．本講演では，これらの手法を用いて，神経変性疾患の原因となる異常タンパク質の凝集過程とその過程における構造変化を解析し，これら異常タンパク質の構造および分子量変化と細胞死の関係を明らかにした結果について話したいと思う．

===細胞機能の遅いダイナミクス===
*講演者：原田　崇広
: 改めて述べるまでもなく細胞は極めて複雑な構造体であり，もっとも簡単な機能をとってもそこには多種多様な分子が関与している．そのため，細胞の振る舞いを定量的に記述することは，単一の細胞についてさえ一般には非常に難しい課題である．様々なアプローチがある中で，統計物理学において発展してきた様々な概念や手法を発展させて，細胞機能の解析に適用することは一つの有望な方向である．たとえば，細胞内で進行する様々な素過程の特徴的な時間スケールに比べて非常に長い時間スケールでの振る舞いに着目することにより，複雑な詳細に余りとらわれない一般的な性質を抽出できることが期待される．本発表では，こうした狙いのもとに，培養心筋細胞をモデル系として採用し，詳しい解析を行った結果を報告する． 
: 実験には，生後１～３日齢のラット由来の心筋細胞（心室・心房由来）を用いた．生体から単離された細胞は，in vitroでも定常的な拍動を見せる．そこで，細胞を顕微鏡上で培養するためのステージ上インキュベータを製作し，一定の環境下において細胞の拍動運動を非侵襲に長時間計測する測定系を構築した．この測定系を用いることで，細胞の状態を損なうことなく数時間以上の連続的な測定が可能になる． 
: この測定系を用いて，孤立した単一心室筋細胞の拍動タイミングの統計的性質を詳細に調べた．その結果，定常的な拍動や，拍動が断続的に続くバースト的な拍動など，いくつかの特徴的なパターンが存在し，場合によっては単一細胞内でもそれらのパターンのゆっくりとした遷移が見られることが分かった．また，数分以上の長い時間スケールにおいて，拍動時間間隔の時系列に長時間相関が見られ，1/fゆらぎとして特徴付けられる事が分かった．また，時系列には様々な指数を持つ成分が混在していること（マルチフラクタル性）などが明らかになった．これらは，単一の細胞については初めて得られた知見である [1]．さらにこうした性質は，環境の温度などのパラメータにもほとんど依存せず見られ，頑強な性質である事が分かった． 
: 心室筋細胞について得られた結果の一般性を明らかにするため，同様の解析を心房由来の細胞についても行った．心房筋細胞では，心室筋細胞よりも拍動の周波数が顕著に高く，またバースト的な拍動パターンはほとんど現れないという違いが見られたが，長時間スケールにおける1/fゆらぎは心房筋細胞についても観測された．このことから，長時間スケールにおけるべき的な拍動タイミングの長時間相関は特定の細胞種に依らない一般的な性質である事が示唆された． 
: 現在，以上で見られた拍動タイミングの長時間相関の物理的・細胞生物学的メカニズムを明らかにするための研究を進めている．ここで見たような遅い時間スケールの現象には，細胞内外における様々な制御因子が関与することが予想されるが，時間スケールの大きな極限では，細胞機能の制御機構について，その詳細にあまり依存しない一般的な性質を抽出することが可能になるのではないかと期待している． 
: [1] T. Harada, T. Yokogawa, T. Miyaguchi and H. Kori, Biophys. J. in press (2008).

===細胞レベルと細胞集団の自己組織化 ===
*講演者：澤井　哲
細胞性粘菌は、動物の初期胚のように極性があらかじめ与えられていないにも関わらず、オーガナイザー的な役割をもつ細胞が出現し、サイクリックAMPの振動と波の自己組織化と、走化性によって多細胞体制を構築します。蛍光タンパクとFRETを利用したcAMPの計測、PIP3などのリン脂質シグナリング、F-アクチンの同時可視化についても紹介し、１細胞レベルの入出力応答と細胞内シグナル伝達の特性をふまえて、パターン形成の機構と、生物の自発性とゆらぎの起源の問題について議論したいと思います。

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年会2009定量細胞生物学

2008-12-24T08:34:20Z

Tsuzuki: /* 概要 */

==第一回年会（セッション5）定量細胞生物学 ==
===日時===
2008/01/11 13:00-14:30 セッション5

=== 企画担当者===
*鈴木　誉保

=== 概要 ===
細胞を対象とした生物研究は、このわずか数十年の間に関与する分子を枚挙し、網羅的な列挙を可能にしました。近年では細胞内で起きている反応を定量的に計測し解析することで、その背景にあるダイナミックな現象が見えてきつつあります。本セッションでは、細胞内で起きている反応を定量的に計測し解析することで見えてきたダイナミックな現象に加えて、個別の現象論的な記述から“物理学的”現象としての細胞ダイナミクスの記述の可能性について議論したいと思います。網羅的な記載に加えて、定量的に高精度に高密度に計測するということは、これまでにない情報を与えてくれるだけでなく、私たちの生命システムにたいする理解の仕方そのものに変革を迫るものになるのかもしれません。

== プログラム ==
===分光イメージング手法を用いて細胞内タンパク質の凝集体形成を解析する===
*講演者：北村　朗
:細胞内で生合成されるタンパク質は，最初，ポリペプチド鎖の状態で合成されるが，ポリペプチド鎖は折り畳む（フォールディングする）ことで機能的なタンパク質へと変化する．ところが，遺伝子の変異によってフォールディングに時間を要したり，さらにはまったくフォールディングができなくなっているタンパク質も存在する．このようなタンパク質は凝集体を形成し，アルツハイマー病，プリオン病などに代表される神経変性疾患のような重篤な病因となることが知られている．しかしながら，タンパク質のフォールディング過程を細胞内で時空間的に解析することは，従来の生化学的な手法ではきわめて難しいことから，分光学的な解析を試みようという発想に至った．分光器を用いた蛍光測定は今に始まったものではなく，古典的に使われてきた
:解析手法であるが，顕微鏡での分光測定を行うことで，従来，分光器で行っていた解析が生細胞内で可能になるということである． 
:　生細胞イメージングを用いた解析において重要となる情報は，タンパク質間相互作用と拡散・輸送などの動的挙動である．これらの事項を解析する手法として，従来より注目されていたのは，フェルスター機構による共鳴エネルギー移動(F¨orster Resonance Energy Transfer; FRET) である．これは，蛍光共鳴エネルギー移動とも呼ばれているが，分子間相互作用の起こるナノメートル程度に蛍光分子が接近し，かつ蛍光分子間の配座（方向の重なり）が一定の条件を満たしたときに起こる物理現象である．すなわち，FRET を用いることで分子間相互作用や構造変化を，蛍光強度変化の情報に変換して引き出すことが可能となる．我々は，このFRET をより定量的に評価するため，蛍光寿命イメージング顕微鏡(Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy; FLIM)を利用している．FRET が起こると，エネルギーを供給する側の分子（ドナー）の蛍光寿命は短くなることが知られている．この蛍光寿命をイメージングして解析することができるのがFLIM である．発表では，このFLIM を用いることにより，細胞内において，タンパク質が凝集体を形成する過程をモニターした結果について説明したいと思う． 
:　また，タンパク質が相互作用や凝集を起こし，分子量が大きくなると，拡散速度が遅くなることから，拡散速度を測定することで，分子間相互作用や凝集度合いを評価することが可能となる．このように，拡散速度を測定する方法としては，蛍光褪色後の蛍光強度回復(Fluorescence Recovery After Photobleaching; FRAP) がよく用いられていたが，拡散係数が約10 cm2/s よりも大きい（拡散速度が速い）分子の評価はきわめて困難であった．蛍光相関分光法(Fluorescence Correlation Spectroscopy; FCS) を用いると，拡散係数が数百cm2/s 程度のものでも定量的に拡散係数の測定が可能であり，さらに下限は数nM オーダーと，低濃度の試料に向いているという利点がある．FCS は，励起光と共焦点光学系によって作り出された共焦点領域(Confocal volume)と呼ばれる微少領域に，蛍光分子が出入りすることによって生じる蛍光強度のゆらぎの相関を求めることで，蛍光分子が微少領域に滞留していた時間を解析できる，さらには拡散係数を算出できる手法である． 
:　このように，FRET とFCS をそれぞれ単独でもしくは組み合わせて解析することにより，タンパク質間相互作用や細胞内の挙動をより詳細に解析できるようになってきている．本講演では，これらの手法を用いて，神経変性疾患の原因となる異常タンパク質の凝集過程とその過程における構造変化を解析し，これら異常タンパク質の構造および分子量変化と細胞死の関係を明らかにした結果について話したいと思う．

===細胞機能の遅いダイナミクス===
*講演者：原田　崇広
: 改めて述べるまでもなく細胞は極めて複雑な構造体であり，もっとも簡単な機能をとってもそこには多種多様な分子が関与している．そのため，細胞の振る舞いを定量的に記述することは，単一の細胞についてさえ一般には非常に難しい課題である．様々なアプローチがある中で，統計物理学において発展してきた様々な概念や手法を発展させて，細胞機能の解析に適用することは一つの有望な方向である．たとえば，細胞内で進行する様々な素過程の特徴的な時間スケールに比べて非常に長い時間スケールでの振る舞いに着目することにより，複雑な詳細に余りとらわれない一般的な性質を抽出できることが期待される．本発表では，こうした狙いのもとに，培養心筋細胞をモデル系として採用し，詳しい解析を行った結果を報告する． 
: 実験には，生後１～３日齢のラット由来の心筋細胞（心室・心房由来）を用いた．生体から単離された細胞は，in vitroでも定常的な拍動を見せる．そこで，細胞を顕微鏡上で培養するためのステージ上インキュベータを製作し，一定の環境下において細胞の拍動運動を非侵襲に長時間計測する測定系を構築した．この測定系を用いることで，細胞の状態を損なうことなく数時間以上の連続的な測定が可能になる． 
: この測定系を用いて，孤立した単一心室筋細胞の拍動タイミングの統計的性質を詳細に調べた．その結果，定常的な拍動や，拍動が断続的に続くバースト的な拍動など，いくつかの特徴的なパターンが存在し，場合によっては単一細胞内でもそれらのパターンのゆっくりとした遷移が見られることが分かった．また，数分以上の長い時間スケールにおいて，拍動時間間隔の時系列に長時間相関が見られ，1/fゆらぎとして特徴付けられる事が分かった．また，時系列には様々な指数を持つ成分が混在していること（マルチフラクタル性）などが明らかになった．これらは，単一の細胞については初めて得られた知見である [1]．さらにこうした性質は，環境の温度などのパラメータにもほとんど依存せず見られ，頑強な性質である事が分かった． 
: 心室筋細胞について得られた結果の一般性を明らかにするため，同様の解析を心房由来の細胞についても行った．心房筋細胞では，心室筋細胞よりも拍動の周波数が顕著に高く，またバースト的な拍動パターンはほとんど現れないという違いが見られたが，長時間スケールにおける1/fゆらぎは心房筋細胞についても観測された．このことから，長時間スケールにおけるべき的な拍動タイミングの長時間相関は特定の細胞種に依らない一般的な性質である事が示唆された． 
: 現在，以上で見られた拍動タイミングの長時間相関の物理的・細胞生物学的メカニズムを明らかにするための研究を進めている．ここで見たような遅い時間スケールの現象には，細胞内外における様々な制御因子が関与することが予想されるが，時間スケールの大きな極限では，細胞機能の制御機構について，その詳細にあまり依存しない一般的な性質を抽出することが可能になるのではないかと期待している． 
: [1] T. Harada, T. Yokogawa, T. Miyaguchi and H. Kori, Biophys. J. in press (2008).

===細胞レベルと細胞集団の自己組織化 ===
*講演者：澤井　哲
細胞性粘菌は、動物の初期胚のように極性があらかじめ与えられていないにも関わらず、オーガナイザー的な役割をもつ細胞が出現し、サイクリックAMPの振動と波の自己組織化と、走化性によって多細胞体制を構築します。蛍光タンパクとFRETを利用したcAMPの計測、PIP3などのリン脂質シグナリング、F-アクチンの同時可視化についても紹介し、１細胞レベルの入出力応答と細胞内シグナル伝達の特性をふまえて、パターン形成の機構と、生物の自発性とゆらぎの起源の問題について議論したいと思います。

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