From Japanese society for quantitative biology

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The Thomas N. Sato BioMEC-X Laboratories, Advanced Telecommunications Research Institute Internationa, Kyoto <br>
 
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We take integrative approaches toward deciphering human body homeostasis, diseases and longevity. We combine molecular/cellular biology and genomics approaches with informatics, machine learning, mathematics and computer sciences using both animal models (mouse and zebrafish) and clinical subjects/data. Using these inter-disciplinary methods and concepts, we aim to understand how human physiology works and how human disease onset, progression and also longevity is regulated. We also conduct multiple large-scale multi-feature (multi-omics, physiology, clinical) studies with both healthy and disease human subjects. <br>
 
We take integrative approaches toward deciphering human body homeostasis, diseases and longevity. We combine molecular/cellular biology and genomics approaches with informatics, machine learning, mathematics and computer sciences using both animal models (mouse and zebrafish) and clinical subjects/data. Using these inter-disciplinary methods and concepts, we aim to understand how human physiology works and how human disease onset, progression and also longevity is regulated. We also conduct multiple large-scale multi-feature (multi-omics, physiology, clinical) studies with both healthy and disease human subjects. <br>
 
Our ultimate goal is to develop mathematical models capturing the human’s whole-body level comprehensive physiology and disease and aging processes in the computer. <br>
 
Our ultimate goal is to develop mathematical models capturing the human’s whole-body level comprehensive physiology and disease and aging processes in the computer. <br>

Revision as of 06:45, 7 February 2020

Contents

News

定量生物学に関わる研究者間の情報交換を促進するために、新しく News page を設けました。

情報掲載に関する問い合わせ先

当ページへの情報の掲載を希望される方は、ご所属、連絡先、掲載内容及びいつまでに情報を掲載してほしいかを明記の上、下記メールアドレスまでご連絡頂きますようよろしくお願い致します。世話人が掲載手続きを進めさせて頂きます。尚、定量生物学の会のメンバーでなくても情報の掲載を受け付けますので、ぜひ積極的にご活用下さい。

連絡先:q.biology at gmail.com (迷惑メール対策のため@をatと表示しています。at を @ に置換してください)

研究費などのお知らせ

これまでに掲載したお知らせ

  • JST戦略的創造研究推進事業(CREST、さきがけ)平成27年度研究提案の募集(第1期)について
  • JST戦略的創造研究推進事業(CREST、さきがけ)平成27年度CREST・さきがけ研究提案募集(第1期)の予告及び説明会の開催について
  • CREST「生命動態」領域 H26年度領域説明会の御案内
  • 「統合データベース講習会」受入れ機関募集のお知らせ
  • ライフサイエンスデータベース統合推進事業「統合データ解析トライアル」平成25年度研究開発提案募集
  • 戦略的創造研究推進事業 (CREST、さきがけ)  平成25年度研究提案の募集開始
  • 独立行政法人科学技術振興機構(JST) 平成25年度CREST・さきがけ研究提案募集説明会のご案内

研究会やセミナー,特別講義などのお知らせ

New!! 案内:The 1st International Symposium on Human InformatiX - X-Dimensional Human Informatics and Biology -:国際シンポジウム参加者およびポスター発表者の募集

・テーマ: The 1st International Symposium on Human InformatiX - X-Dimensional Human Informatics and Biology -
・日時:  2020年2月27日(木)~28日(金)
・場所:  (株)国際電気通信基礎技術研究所(ATR)京都府相楽郡精華町光台二丁目2-2(けいはんな学研都市)
・言語:  英語
・参加費:  アカデミック参加者 無料(希望者のみ昼食代、懇親会費別途)
・昼食代:  1,000円(28日のみ)
・懇親会費:  7,000円
・参加申し込み・ポスター演題提出: ホームページより事前申し込み
・締め切り:  2020年2月13日(木)
・URL: https://human-informatix.atr.jp/
・内容 近年の生命科学の分野は、従来のバイオや医学のみの概念や手法だけではなく、数理科学、計算科学、情報科学、工学、物理学などの概念や手法を取り入れ、全身全細胞全遺伝子レベルで統合的にとらえる研究が活発に行われている。 また、これらの異分野融合的なアプローチにより、破壊的技術革新による新たな医療産業が生まれようとしている。そこで、本シンポジウムは、国内外よりシステムバイオロジー、バイオインフォマティクス、機械学習の分野で活躍するトップレベルの研究者を演者として招聘し、関連分野の最先端の研究を発表していただく。 それにより、国内外の産官学の機関で研究開発や事業に携わる方々に当該分野の勉強および分野を超えた交流の場を提供する。さらに、本研究分野は(特に国内)現状、女性研究者が極度のUnderrepresentedである。したがって、招待講演者の半分を女性のトップレベル研究者にすることで、この分野における女性研究者の活性化(特に国内)を促進する。本シンポジウムではV-iCliniXに関連する発表を中心にプログラムを構成し、2日目にはERATO佐藤ライブ予測制御プロジェクトの最終成果を含め、様々な情報を社会に発信し報告する機会を設ける。
・連絡先 シンポジウム事務局:tns-sec@atr.jp

New!! 案内:BDRシンポジウム2020:参加・演題申し込み募集中!

・テーマ: Emergence in Biosystems
・日時:  2020年3月2日(月)~4日(水)
・場所:  理化学研究所 生命機能科学研究センター(兵庫県神戸市ポートアイランド)
・言語:  英語
・参加費:  無料(希望者のみ昼食代、懇親会費別途)
・昼食代:  3,000円(3日間)
・懇親会費:  一般5,000円/学生1,000円
・参加申し込み・演題提出: ホームページより事前申し込み
・締め切り:  2019年12月6日(金)
・URL: https://www2.bdr.riken.jp/sympo/2020/

・トピックス:
(i) Origin of life
(ii) Protein/RNA self-assembly
(iii) Intracellular organelle formation
(iv) Cell assembly and organ formation
(v) Brain function and its underlying principle

本会を活発な情報交換の場とするため、一般参加者によるポスター発表を募り、一部の演題には口頭発表をお願いする予定です。また、海外からの参加者(大学院生、研究員)を対象としたTravel Fellowshipを用意し、国内外からの多数の参加申込をお待ちいたしております。

また、本シンポジウムに引き続き、シンシナティ小児病院オルガノイド医学研究センター(CuSTOM)との合同シンポジウム2020 RIKEN BDR-CuSTOM Joint Symposium "Integrated organoid science: Stem cells, Engineering, Medicine”を開催いたしますので、是非こちらにもあわせてご参加ください。 https://www2.bdr.riken.jp/joint-organoid/2020/

お問い合わせ: 国立研究開発法人 理化学研究所 生命機能科学研究センター センター長室(学術集会担当) E-mail: bdr-sympo2020@ml.riken.jp


New!! 案内:RIKEN BDR-CuSTOM Joint Symposium: 参加・演題申し込み募集中!

・テーマ: Integrated organoid science: Stem cells, Engineering, Medicine
・日時:  2020年3月4日(水)~5日(木)
・場所:  理化学研究所 生命機能科学研究センター(兵庫県神戸市ポートアイランド)
・言語:  英語
・参加費:  無料(希望者のみ昼食代、懇親会費別途)
・昼食代: 1,000円(3月5日(木)分のみ)
・懇親会費: 一般5,000円/学生1,000円
・参加申し込み・演題提出: ホームページより事前申し込み
・締め切り:  2019年12月6日(金)
・URL: https://www2.bdr.riken.jp/joint-organoid/2020/

・キーノードスピーカー:
Jurgen Knoblich (Institute of Molecular Biotechnology, Austria) Masayo Takahashi (Vision Care Inc./ RIKEN BDR, Japan)

・トピックス:
(1)幹細胞の自己組織化、(2)発生、再生、疾患モデル、(3)工学アプローチ、(4)新技術によるアプローチ、(5)脳オルガノイド (笹井芳樹メモリアルセッション)

若手研究者にも発表の機会を提供いたします。本会を活発な情報交換の場とするため、一般参加者によるポスター発表を募り、複数の演題には口頭発表をお願いする予定です。

本シンポジウムは、2020年3月2日(月)~4日(水)に同じ会場で開催いたしますBDRシンポジウム「Emergence in biosystems」に続けて開催いたします。両シンポジウムのご参加を是非ご検討ください。 https://www2.bdr.riken.jp/sympo/2020/

多数のご参加をお待ちいたしております。

・お問い合わせ: 国立研究開発法人 理化学研究所 生命機能科学研究センター センター長室(学術集会担当) E-mail: bdrcustom2020@ml.riken.jp

これまでに掲載したお知らせ

  • 3 Days Exploration of Reinforcement Learning & Biological Intelligence
  • BDRシンポジウム2019参加者募集中!
  • CDBシンポジウム2018のご案内
  • 4th International Workshop on Quantitative Biology (IWQB2017) Registration Open
  • CDBシンポジウム2017参加者募集中!
  • 第28回CDBミーティング “Cilia and Centrosomes: Current Advances and Future Directions”開催のご案内
  • The 28th CDB Meeting “Cilia and Centrosomes: Current Advances and Future Directions” Call for Application and Abstract Submission!
  • 第27回CDBミーティング Body Surface Tactics: Cellular crosstalk for the generation of super-biointerfaces のお知らせ
  • The 27th CDB Meeting. Body Surface Tactics: Cellular crosstalk for the generation of super-biointerfaces
  • CDBシンポジウム2016/CDB Symposium 2016 参加者募集中!
  • 第26回CDBミーティング Mechanistic Perspectives of Multicellular Organization開催のご案内
  • CDBシンポジウム2015案内
  • 2015年度「統合データベース講習会」受入れ機関募集
  • バイオイメージデータ解析の公開講座のご案内
  • 数理生物学サマーレクチャーコース第2回~データ解析入門~」のお知らせ
  • 京都大学生命科学研究科特別講義のお知らせ
  • 光イメージング若手研究会「光塾」のお知らせ

求人情報のお知らせ

New!! Systems Human Biology and Medicine, Several Postdoctoral Fellows and Senior Scientists Positions Available

The Thomas N. Sato BioMEC-X Laboratories, Advanced Telecommunications Research Institute Internationa, Kyoto
Website:http://www.tnsl.atr.jp/en/index.html

We take integrative approaches toward deciphering human body homeostasis, diseases and longevity. We combine molecular/cellular biology and genomics approaches with informatics, machine learning, mathematics and computer sciences using both animal models (mouse and zebrafish) and clinical subjects/data. Using these inter-disciplinary methods and concepts, we aim to understand how human physiology works and how human disease onset, progression and also longevity is regulated. We also conduct multiple large-scale multi-feature (multi-omics, physiology, clinical) studies with both healthy and disease human subjects.
Our ultimate goal is to develop mathematical models capturing the human’s whole-body level comprehensive physiology and disease and aging processes in the computer.
We are looking for several self-motivated and interdisciplinary-minded scientists who are willing to take challenges to tackle ambitious projects by joining our international and inter-disciplinary team.

Preferred backgrounds and skills: PhD, MD, or MD/PhD in informatics, mathematics, data sciences, physics, computer sciences, biological sciences, medical sciences, or other related areas. (Some BS or MS levels are also considered for engineers or programmers positions that are also available in our lab)

Applications: Please send/email CV (including the publication list) to: Thomas N. Sato, Ph.D. The Thomas N. Sato BioMEC-X Laboratories, ATR 2-2-2 Hikaridai, Seika-cho, Soraku-gun, Kyoto, Japan 619-0288 Email: island1005@gmail.com

References: T. Akanuma, C. Chen, T. Sato, R.M.H. Merks, T.N. Sato (2016) Memory of cell shape biases stochastic fate decision-making despite mitotic rounding. Nature Communications, 7:11963.

S. Kozawa, T. Akanuma, T. Sato, Y.D. Sato, K. Ikeda, T.N. Sato (2016) Read-time prediction of cell division timing in developing zebrafish embryo. Scientific Reports, 6:32962.

N. Takada, M. Omae, F. Sagawa, N.C. Chi, S. Endo, S. Kozawa, T.N. Sato (2017) Re-evaluating the functional landscape of the cardiovascular system during development. Biology Open, 6: 1756-1770.

S. Kozawa, R. Ueda, K. Urayama, F. Sagawa, S. Endo, K. Shizaki, H. Kurosu, G. Almeida, S.M. Hasan, K. Nakazato, S. Ozaki, Y. Yamashita, M. Kuro-o, T.N. Sato (2018). The body-wide transcriptome landscape of disease models. iScience (Cell Press), 2, 238-268.

S. Kozawa, F. Sagawa, S. Endo, G. M. De Almeida, Y. Mitsuishi, T. N.Sato (2020) Predicting Human Clinical Outcomes using Mouse Multi−Organ Transcriptome. iScience (Cell Press) doi: 10.1016/j.isci.2019.100791

New!! 理化学研究所細胞システム動態予測研究チーム研究員募集

国立研究開発法人理化学研究所 生命機能科学研究センター 細胞システム動態予測研究チーム(PI:城口克之)

募集職種: 研究員 1名

研究室の概要: 当研究室では、細胞システム動態の理解、予測、制御を目指し、新しい計測システムを構築することで、これまでに知られていない生命現象の発見、解明を試みています。特に、顕微鏡観察、オミックス計測(網羅的遺伝子発現解析など)などを組み合わせて、各細胞の特徴や内部状態を同定し、それらの細胞がシステム全体にどのような影響を与えるかなどについて研究しています。また、これらの研究により医科学への貢献も目指しています。

参考URL http://www.bdr.riken.jp/jp/research/labs/shiroguchi-k/

職務内容: 顕微鏡観察、1細胞操作、遺伝子配列・発現解析(次世代シークエンサ)、画像解析、機械・深層学習などに関連した技術や装置を開発・改良しながら、免疫、発生、再生、老化研究など(のいずれか)を実施する。

勤務地: 国立研究開発法人理化学研究所 生命機能科学研究センター 大阪府吹田市古江台6-2-3

着任時期: 早目(応相談)

研究内容についての問合せ先: 国立研究開発法人 理化学研究所 生命機能科学研究センター 城口克之 E-mail: katsuyuki.shiroguchi [at]riken.jp ※[at]は@に置き換えてくだ さい。 お気軽にご相談ください。

公募の詳細: https://www.riken.jp/careers/researchers/20190603/

New!! Seeking a Research Scientist, Laboratory for Prediction of Cell Systems Dynamics (PI: Katsuyuki Shiroguchi), RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research

Available Position: Research Scientist, one person, full-time.

Our lab: We want to develop new techniques to "see" something unknown, in order to understand biological systems and to contribute to medical science and our understanding of diseases. Especially, we are focusing on visualizing the distribution of cell states by accurate system-wide measurements with single molecule and/or single cell resolution. We are also developing a new system to study cell systems dynamics and to predict the cell fate by live imaging, cell manipulation, sequencing, etc. Biological targets may be development, differentiation, regeneration, immune system, etc.

Reference: http://www.bdr.riken.jp/en/research/labs/shiroguchi-k/index.html

Job Descriptions: A successful candidate will develop new method(s), including instruments, to measure parameters quantitatively from single cells, a few cells, or cells from tissues based on techniques of optical microscope, microfluidics, cell biology, and/or molecular biology, bioinformatics, machine learning, and will measure samples which are important in biology and medical sciences. Biological targets may be organoids, tissues, immune cells, etc, to study development, differentiation, regeneration, aging, immune system, etc.

Work location: RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research, 6-2-3 Furuedai Suita Osaka 565-0874 Japan

Start of Employment: Earlier is better (Negotiable)

Inquiries for research contents Katsuyuki Shiroguchi Email: katsuyuki.shiroguchi[at]riken.jp Laboratory for Prediction of Cell Systems Dynamics RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research

Details:https://www.riken.jp/en/careers/researchers/20190603/

これまでに掲載したお知らせ

  • 京大「大規模脳神経3次元回路抽出から計算論的神経科学へ」研究員募集
  • 国立研究開発法人理化学研究所、統合生命医科学研究センターオミクス研究ラボ 研究員または特別研究員 公募
  • Seeking Research Scientist or Postdoctoral Researcher, Laboratory for Quantitative Omics, RIKEN Center for Integrative Medical Sciences
  • 明治大学理工学部石原研究室・生命現象の数理モデリングと理論解析を行う博士研究員の公募
  • ヘルシンキ大学研究員募集 (20141010)
  • JST・ERATO 佐藤ライブ予測制御プロジェクト研究員募集
  • JST CRESTプロジェクト「細胞間接着・骨格の秩序形成メカニズムの解明と上皮バリア操作技術の開発」研究員募集
  • 京大情・論理生命学研・研究員募集
  • 独立行政法人理化学研究所、統合生命医科学研究センター統合ゲノミクスグループ 研究員または特別研究員の公募
  • 自然科学研究機構新分野創成センター特任研究員の公募
  • 沖縄科学技術大学院大学学園(OIST)バイオインフォマティシャンの求人の募集
  • 「生命動態の理解と制御のための基盤技術の創出」研究領域の「時間情報コードによる細胞制御システムの解明」(代表者:黒田真也(東京大学))研究員の募集
  • 自然科学研究機構新分野創成センター特任助教等の公募
  • 東京大学黒田研 特任助教募集募集
  • Biology/Genetics/Evolution Postdoctoral Fellow Position, Fred Hutchinson Cancer Research Center (091006)
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