年会2009硬派定量生物学
第一回年会 （セッション２）硬派定量生物学
日時
2008/01/11 15:00-16:30 セッション２
企画担当者
- 小林徹也
概要
生命現象特にそのダイナミクスを定量的に明らかにするためには、現象を構成する素過程である化学反応とその速度定数のようなものを知ることは不可欠である。
このような研究は、たとえばシステムバイオロジーの黎明期においてもその重要性が指摘されたにもかかわらず、研究として非常に堅実で派手さが少なかったため、あまりまじめに取り組まれることはなかった。
しかし近年、様々な細胞機能がタンパクレベルで実装されていることが明らかになっているため、素過程である化学反応とそれらが実装するよりマクロな現象との整合性をしっかりと検証してゆくことが以前よりも増して重要性になっている。
さらに物理の歴史を振り返ると、たとえば重力定数の定量化は、その定数を用いて地球の大きさなど天文学的なスケールの現象にアプローチすることを可能にしている。 また、量子力学では、定量的なデータとその素過程との整合性を検証した結果、全く新しい知見へのヒントが得られている。
本セッションでは、このような生命現象の素過程とより高いスケールでの挙動や機能とを結びつける硬派な研究を着実に進めている研究者に焦点を絞り、この分野と定量生物における他の分野との関係などを議論したい。
プログラム
(発表者順, 敬称略)
GPCRモノマー・ダイマーの直接観察：１分子蛍光法を用いて平衡のパラメーターを完全に調べる
- 15:00-15:30 笠井倫志
- 15:30-16:00 青木一洋(京都大学大学院 生命科学研究科 生体制御学)
- 細胞内情報伝達系の定量的反応パラメーター測定と数理モデル構築
細胞は外界からの種々の刺激を細胞膜上の受容体で感知し、その情報を細胞 内の分子へと伝えることで細胞機能の恒常性を維持している。これが細胞内情 報伝達である。細胞内情報伝達は、極論すると、生体物質の物理化学的な法則 に従った拡散や化学反応の連鎖である。従って、要素間の反応や拡散等のパラ メーターを指定することで、細胞内情報伝達をコンピューター上でシミュレー トすることができる。これまでにも多くの研究者たちによって細胞内情報伝達 をシミュレートする試みがなされてきた。例えば、最も理論研究がなされてい る情報伝達系の１つである MAPK 情報伝達系を見てみると、超感受性モデル （Hyper-sensitivity）、双安定性モデル（Bistability）、振動モデル（Oscillation） といった数理モデルなどが報告されている。しかしながら、私はこれらの数理 モデル研究に少なからず違和感を覚えてきた。同じ情報伝達系にもかかわらず、 なぜ違うモデルがいくつも存在するのか？実際の細胞はどの数理モデルに当て はまるのか？反応やパラメーターをいじれば興味深い数理システムが現れるか もしれないが、そうすることが生命の理解に役に立つのか（←言い過ぎ？）。で は、どのようにしたらよりリアルな細胞をモデル化できるのか？私は、これら の違和感は、それらのモデルで使われているパラメーター、反応系の「定量性」 の無さに要因があると考えるに至った。このような細胞内情報伝達の数理モデ ル研究の現状を打破するには、私は、①泥臭くても定量的なパラメーターを自 分の手で取得し、②それを用いてモデル化・シミュレーションし、③さらに必 要なパラメーターの取得、モデルの改善を行う、このような過程を繰り返すこ とがより生き生きとした細胞モデルに近づくために必要であると確信している。 本研究は、それを実践した一例として、MAPK 情報伝達系における定量的な モデル化と数値解析を行った。MAPK 情報伝達系をシミュレートするために必 要なパラメーター（タンパク質濃度、結合・解離速度定数、核内外移行速度、 リン酸化、脱リン酸化速度）を全て自分たちの手で定量的に測定し、反応のモ デル化、数値解析を行った。そうすることで思いがけなく見えてきた MAPK 情 報伝達系の応答特性について、本発表で紹介させていただく。
- 16:00-16:30 中嶋正人
- 概日時計システム研究における生化学的アプローチ
概日リズムは約１日周期で繰り返される動的な生命現象であり、生命システム研究のモデルシステムとして、概日時計遺伝子の同定や概日リズムの定量的測定、数理理論やシミュレーションなどの実験・理論の両面から長年研究が進められてきた。しかし周期が温度に依存しないこと（温度補償性）や周期決定などの概日時計の本質的な性質をもたらす分子機構は依然未解明である。
シアノバクテリア概日時計ではKaiCリン酸化概日リズムの試験管内再構成により、周期決定や温度補償性の分子メカニズムの解明が期待されている。また現在我々は哺乳類概日時計の素過程であるリン酸化反応が温度補償されていることを明らかにしつつある。これらの成果は、概日時計の特性が、構成分子の特性により大きく規定されていることを示すものでもある。また構成的アプローチが動的な生命システムの未解明な問題を明らかにする上でも強力な手段であることを示すものでもある。
